Был разработан проект структуры штаба коморси, в мае 1919 г. было запрошено утверждение созданных схем[857]. Предложенное «Поло жение…» предусматривало в составе штаба коморси следующие отделения: оперативное, техническое, распорядительное и канцелярию[858]. «Положение о командующем всеми морскими, озерными и речными силами Республики» (коморси) определяло, что он подчинен Главнокомандующему всеми вооруженными силами Республики (главком). При нем создавался штаб[859]. В структуре штаба[860] обращает на себя внимание совмещение функций разработки операций (Оперативное управление) и снабжения действующих сил (флагманские специалисты). Видимо, флагманские специалисты фактически являлись наследниками Технического отделения штаба коморси образца 1919 г.
Деятельность штаба коморси началась 3 июня 1919 г. Окончательно же «Положение» о нем было разработано в МГШ к 20 июня и послано начальнику Полевого штаба РВСР в Серпухов[861]. Отзыв едва успели получить к началу совещания по обсуждению окончательного варианта положения о коморси и о его штабе (11 августа)[862]. В это совещание входили представители Штаба РВСР, Штаба коморси и МГШ. Отсутствие «Положения…» нервировало сотрудников нового органа управления. 25 августа сотрудник штаба бывший капитан 2 ранга С. А. Изенбек и комиссар штаба А. К. Ган запрашивали, что задерживает утверждение положения о нем. Только 27 сентября 1919 г. совещание запросило утверждение приказа о введении Положений о коморси и его штабе[863]. Положение о коморси предусматривало, что он является помощником главкома по морским вопросам, но при этом не руководит операциями сам (это делают главком и командармы), а является консультантом по морским вопросам[864].
В. В. Случевский, бывший капитан 1 ранга, служивший в МГШ, записал в 1920 г.: «Недостаточная эластичность конструкции б[ывшего] Генмора особенно начала сказываться в условиях текущей (начавшейся тогда) гражданской войны, с возникновением у нас внутренних фронтов, а вместе с тем речных и озерных флотилий. Ближайшим последствием этого было то, что б[ывший] Генмор как учреждение перестал успевать за темпом вызванной новыми условиями работы и руководить оперативной деятельностью, в значительной степени принявшей характер речных операций, ему было не под силу. Работа б[ывшего] Генмора, которая, по существу, должна была сводиться главным образом к оперативному руководству, в действительности, ввиду его конструкции во многом принимала никчемный академический характер. Обстоятельство это и послужило в естественном порядке причиной к возникновению мысли об организации такого центра при командующем всеми морскими силами Республики (Коморси), который в непрерывном контакте с действительностью принял бы на себя функции оперативно-административные, не отставая от революционной жизни. Мысль эта приняла конкретную форму в 1919 г., и именно в этом году, 3 июня, в виде такого центра явился сформированный Штаб командующего всеми морскими силами Республики (Штакоморси), в состав ко торого вошло Особое оперативное управление, предназначавшееся заме нить собой впоследствии Генмор»[865].
Приказ РВСР о структуре морского ведомства за подписями Э. М. Склянского, И. И. Вацетиса и С. И. Аралова вышел в начале июня 1919 г.[866] Он подводил итоги реорганизации, проведенной весной 1919 г. Согласно ему в состав управления флотом входили: МО РВСР, Управление техническо-хозяйственной частью морского ведомства, Уполномоченный РВСР в Петрограде. Все морские вооруженные силы (и крепости) подчинялись коморси. Эту должность занимал Е. А. Беренс. При коморси состоял Штаб. Наконец, управляющему морским комиссариатом (в это время упморкомом был Н. И. Игнатьев)[867] подчинялись все подразделения, не входившие в действующую армию. Упморком имел двух помощников – начальника МГШ и поморкома (помощник управляющего делами наркомата по техническо-хозяйственной части). При этом коморси и упморкому предоставлялись права МО РВСР по принадлежности.
Е. А. Беренс и Н. И. Игнатьев в руководстве ведомством пришли на смену умершему В. М. Альтфатеру. Они возглавили флот Советской России в разгар Гражданской войны, но оба оказались на стороне красных, видимо, случайно.
Евгений Андреевич Беренс (1876–1928) закончил Морской корпус и Штурманский офицерский класс, он участвовал в легендарном бое крейсера «Варяг» с японской эскадрой, будучи старшим штурманом крейсера. Позднее Е. А. Беренс вспоминал, «что возвращаясь в Чемульпо, они думали, что их всех отдадут под суд, а оказалось… дали по Георгиевскому кресту»[868]. В 1910–1914 гг. был морским агентом в Германии, в 1915–1917 гг. – в Италии. После возвращения в МГШ, произведенного в контр-адмиралы Е. А. Беренса личный состав вскоре избрал начальником штаба. Недаром Евгений Андреевич был охарактеризован В. А. Белли как «всеми любимый и уважаемый»[869]. В марте 1918 г. по приказу Е. А. Беренса в связи с переездом МГШ в Москву были уничтожены основные документы по организации заграничной морской разведки, причиной чего были упорные слухи о том, что большевики являются немецкими агентами[870]. Еще раньше, в феврале 1918 г., МГШ передал всю свою заграничную агентуру Англии[871]. Эти действия позволяют считать, что Е. А. Беренс не доверял Советской власти. По-видимому, такие убеждения он сохранил и позднее. Летом 1919 г. он пытался уйти с поста коморси и изложил причины своего отказа от должности в письме В. И. Ленину. Тогда отставка принята не была, но полгода спустя, в феврале 1920 г., Е. А. Беренса все же переместили на почетный, но абсолютно невлиятельный пост «состоящего для особо важных поручений при РВСР». Так как никаких явных поводов для его отставки не было, остается предположить, что ее причиной было политическое недоверие. Кстати, на такой же пост был определен и А. А. Брусилов, смещенный с поста инспектора кавалерии. 1 июня 1921 г. комиссар при командующем Морскими силами И. Д. Сладков писал заместителю председателя РВСР Э. М. Склянскому: «Доношу, что для участия в комиссии, отправляющейся в Лондон, нами выдвинуты кандидатуры [Н. Н.] Струйского и [Е. А.] Беренса. Первый из них известен как человек вполне лояльный по отношению к Советской власти; второй – хороший дипломат, но человек определенно кадетских убеждений»[872]. 28 ноября (11 декабря) 1917 г. СНК объявил кадетов партией врагов народа, следовательно, в этом документе Е. А. Беренс был охарактеризован как контрреволюционер, умеющий маскировать свои политические убеждения.