Между тем король попытался облегчить положение католиков, но это встретило противодействие не только парламента, но и большинства населения. Многие подозревали, что Карл защищает католиков под влиянием леди Каслмен или французов. До своего роспуска в 1663 году парламент успел трижды отклонить предложения короля отменить налоги на католиков и позволить им совершать богослужения. Правда, король укрепил свою популярность во время турне по западным графствам, когда народу раздавались щедрые подарки. Но тут на севере восстали республиканцы, и празднества пришлось свернуть. Вновь собравшийся в ноябре 1664 года парламент дружно проголосовал за войну с Голландией. Король сначала сопротивлялся, поскольку помнил о дружеском отношении к нему голландцев, но смирился, как только ему выдали новые субсидии. В феврале 1665 года война началась; английский флот нанес поражения голландцам в Индии и Северной Америке и захватил несколько фортов, среди которых был и Новый Амстердам — нынешний Нью-Йорк.
Однако королю и большинству англичан было не до войны: впервые за многие годы в Лондон вернулась чума. Столица сильно разрослась, но санитарное состояние в ней оставалось на уровне Средневековья. Крысы, принесшие заразу из дальних стран, беспрепятственно разносили ее по лондонским помойкам. Весной 1665 года были отмечены первые больные, и чума быстро охватила город и окрестности. Сэмюэль Пипс, очевидец печальных событий, записывал в дневнике: «16 октября. Прошелся до Тауэра. Боже, как пустынны и печальны улицы! Пока шел, услышал столько печальных историй; только и говорят, что этот умер, а тот заболел, в этом месте столько покойников, а в другом еще больше. А еще мне сказали, что в Вестминстере не осталось не только ни одного врача, но и ни одного аптекаря, все мертвы». Король распустил парламент до осени, а сам уехал в Солсбери; на улицах вновь появились пуританские проповедники, говорившие о гневе Господнем. Осенью в Оксфорде собрался парламент, где король выступил с прочувствованной речью; он предложил объединить силы нации для борьбы с чумой и голландским флотом. Правда, картину подпортили несколько лондонских купцов, явившихся требовать с короля свои долги — а он-то надеялся, что они умерли от чумы! Эпидемия постепенно шла на убыль, хотя от чумы продолжали умирать до осени; всего ее жертвами стали до 100 тысяч человек. Мрачные картины зачумленного города вдохновляли не только пуритан, но и писателей; один из них, Уилсон, написал трагедию «Чумной город», по мотивам которой Пушкин создал свой «Пир во время чумы».
Болезнь окончательно прекратилась после другого знаменитого бедствия — Большого лондонского пожара, начавшегося 2 сентября 1666 года. После жаркого лета оказалось достаточно искры из трубы, попавшей на соломенную крышу пекарни, чтобы выгорело почти полгорода. Сгорели 13 ООО домов на сорока улицах; огонь уничтожил 150 церквей, включая собор Святого Павла, десятки общественных зданий и памятников старины. Правда, погибло всего лишь восемь человек. Пожар вспыхнул около двух часов ночи на Пуддингс-лейн и быстро перебросился на доки, где хранилось множество легковоспламеняющихся товаров. Потом запылал Сити; разбуженные люди спасали свои пожитки, и никто не тушил огонь. Пипс, который тогда был секретарем Адмиралтейства, бросился к королю, и тот приказал сносить дома, к которым подходил пожар. Однако пожарные и добровольцы не успевали делать это — огонь распространялся быстрее. Мемуарист в бессилии следил за стихией и оставил яркое описание ее в своем дневнике: «Куда хватало глаз, мы могли видеть лишь это жуткое, зловещее, кровавое пламя, совсем не похожее на мирный огонь домашнего очага… Я горько плакал, наблюдая сие зрелище. Церкви, дома — и все это в огне одновременно, и страшное гудение пламени, и треск и грохот рушащихся домов».
Только к утру 5 сентября советник мэра Уильям Пенн взял на себя инициативу и велел пожарным не разрушать дома, а взрывать их. Это создало перед огнем преграду, и к следующему дню пожар удалось погасить. На заключительном этапе в тушении участвовал сам король, прямо на пепелище раздавший награды пожарным. Более 300 тысяч человек остались без крова и бродили по развалинам, выискивая хоть что-нибудь из имущества. После пожара была усовершенствована пожарная служба, появились первые общества страхования от огня. Должные выводы сделал и сын Уильяма Пенна, основатель церкви квакеров, — в основанной им за океаном Филадельфии все улицы были прямыми и широкими, чтобы по ним не мог распространиться огонь. Еще одним следствием пожара стала генеральная перестройка Лондона, совершенная под руководством знаменитого архитектора Кристофера Рена.
Война тем временем продолжалась, и положение Англии заметно ухудшилось. В союз с Голландией вступили Дания, Швеция, а затем и Франция. Английскому флоту пришлось отступить к родным берегам. Парламент продолжал выступать за войну, но король требовал мира, тем более что его популярность продолжала падать. Появились памфлеты, в которых Карла именовали «новым Нероном», который якобы сжег Лондон, чтобы перестроить его по своему вкусу. Даже когда он из собственных средств жертвовал на восстановление церквей, его обвиняли в том, что он хочет устроить в них «папистские капища». В мае начались переговоры о мире; тем временем голландские корабли совершили несколько нападений на побережье Англии. У Чатама им удалось сжечь на верфи несколько английских кораблей; в других местах были сожжены деревни, а жители бежали в глубь страны. Голландцы вошли даже в Темзу, где борьбой с ними руководил старый генерал Монк. Когда вокруг засвистели пули, адъютант попросил его пригнуться. «Если бы я боялся пуль, капитан, — ответил Монк, — я бы давно сменил профессию».
Успехи голландцев заставили парламент согласиться на невыгодный мир, который был заключен 21 июля. В жертву общественному негодованию был принесен канцлер Кларендон; против него давно интриговала клика леди Каслмен, да и сам король все больше тяготился нотациями своего старого наставника. После его отставки он прыгал по комнате и кричал: «Вот теперь я и вправду король!» Сам Кларендон, однако, утверждал, что только его советы помешали королю после пожара и неудач в войне отказаться от трона и покинуть Англию. Следующие семь лет страной управляло так называемое «кабальное министерство» — английское слово Cabal (клика) состояло из первых букв фамилий министров Кадлейга, Арлингтона, Бэкингема, Эшли и Лодердейла. В этот период власть разложилась до предела — процветали взятки, государственные должности продавались и сдавались внаем, а сам король почти забросил государственные дела и погрузился в бесстыдные оргии. Фактическим первым министром сделался Бэкингем, который приблизился к трону, развлекая королевских любовниц и их собачек. Лорд Эшли стал казначеем, Кадлейг — хранителем печати, а Арлингтон заведовал иностранными делами. Герцог Лодердейл продолжал управлять Шотландией, где он вызывал всеобщую ненависть. Впрочем, не жаловали и других — особенно непопулярным сделался Бэкингем после того, как убил на дуэли мужа своей любовницы, графа Шрусбери. Все семь лет во внутренних делах царил полный застой, а проведенная в 1668 году финансовая реформа была задумана еще Кларендоном.
Сам Карл больше всего заботился о деньгах, которых ему по-прежнем не хватало. Ради увеличения французских субсидий он согласился следовать политике, угодной Франции, и даже смирился с обращением в католичество своего брата герцога Йоркского. Ходили упорные слухи, что и сам король уже стал тайным католиком. Парламент начал вести самостоятельную внешнюю политику; по его поручению в январе 1668 года английский посланник Темпл заключил тройственный союз с Голландией и Швецией; тем временем французы поссорились с голландцами и требовали от Карла расторгнуть союз, угрожая лишить его субсидий. В Англии не любили голландцев, вечных соперников на море, и сам король был настроен против них из-за изгнания его родственников, штатгальтеров Оранских. Французский двор поспешил использовать это и прислал в Лондон своего посла Кольбера вместе с итальянским монахом Приньяни, выдающим себя за чародея — Карл в то время сильно увлекся магией. Французам не удалось обратить короля в католичество — в конечном счете он был равнодушен к любой вере, — но они добились союза против Испании, которая как раз начала претендовать на английские владения в Америке. Заодно Кольбер договорился о совместных действиях против Голландии. За это Людовик XIV обещал Карлу солидную премию и ежегодное пособие в 120 тысяч фунтов.