Подводная лодка была заложена 14 августа 1936 года на голландской верфи «De Shelde», спущена на воду 15 января 1938 года и вступила в строй 2 февраля 1939 года. «Орел» имела классическую компоновку и была оснащена по последнему слову техники, но оказалась слишком большой для мелких вод Балтийского моря.
После прибытия в Гдыню, 10 февраля 1939 года подводная лодка приняла участие в параде в честь Дня ВМФ. До начала войны, «Орел» все время проводила в Боевых походах, что позволило приобрести команде необходимый опыт службы и управления подводной лодкой. В конце августа на «Орле» были проведены плановые проверки механизмов, дизелей и электромоторов, загружен полный комплект торпед.
24 августа была проведена мобилизация на всех подводных лодках польского подводного флота. Согласно военным планам, в начале войны «Орел» вышла на патрулирование в назначенный район Балтийского моря. Здесь неожиданно заболел командир подводной лодки Г.Клочковский. Симптомы болезни напоминали тиф, что создавало угрозу для всего экипажа. Поэтому 12 сентября офицерский состав «Орла» решил идти в Таллинн с целью госпитализации своего командира. Подводная лодка пришла в Таллинн в ночь с 14 на 15 сентября. На следующее утро Г.Клочковского поместили в госпиталь, где медики установили, что он просто переутомился.
Германское посольство потребовало интернировать подводную лодку. Несомненно, поляки снова ушли бы в море. Но, днем 15 сентября из Таллинна отправилось немецкое грузовое судно «Talata». По морскому праву, интервал между выходом из нейтральных портов военных кораблей и гражданских судов воюющих сторон должен составлять не менее двадцатичетырех часов. Это обстоятельство продлило пребывание «Орла» в эстонских водах свыше суток, в связи с чем подводную лодку следовало интернировать.
На совещании у генерала И. Лайд онера, Главнокомандующего эстонскими Вооруженными Силами, было решено выгрузить с подводной лодки торпеды и снаряды, конфисковать морские карты и навигационные приборы, снять замок с орудия, а команду разместить в береговой казарме. 16 сентября решили также выкачать с нее топливо. В тот же день эстонские газеты опубликовали сообщение штаба Вооруженных Сил о том, что польская подводная лодка интернирована. Но, ее охрана была плохо организована. Один эстонский часовой находился в ограждении рубки, второй ходил по верхней палубе.
Днем 16 сентября подводную лодку повернули форштевнем в сторону моря – иначе портальный кран не мог выгружать оставшиеся торпеды.
17 сентября резко изменилась международная обстановка: СССР начал военные действия против Речи Посполитой. Польское и английское посольства в Таллинне срочно информировали об этом команду подводной лодки. Поляки решили бежать. Инициаторами побега стали помощник командира Я.Грудзиньский и минер А.Пясецкий. В воскресенье работы по разоружению не велись, помешать команде «Орла» никто не мог.
В ночь на 18 сентября польские подводники разогрели дизель-моторы, арестовали двоих эстонских моряков, которые охраняли подводную лодку, и ушли в море. Батарея на острове
Аэгна открыла предупредительный огонь. После нескольких выстрелов подводная лодка остановилась. Огонь был прекращен, но в этот момент «Орел» быстро погрузился и подводная лодка далее пошла в подводном положении.
Днем 18 сентября в иностранные посольства и в Эстонское телеграфное агентство поступила следующая информация от властей республики: подводная лодка ушла из порта около трех часов ночи. Ранее с нее успели выгрузить четырнадцать торпед, снаряды, орудийные замки. Эстонские часовые, пытавшиеся воспрепятствовать побегу, захвачены поляками.
Скандал разразился грандиозный. В Таллинне началось расследование. Берлинские газеты писали об «утопленных» эстонских часовых. 20 сентября были уволены со службы командующий ВМС Эстонии В.Мере и начальник штаба ВМС Эстонии Р.Линнусте. В ходе проведенного служебного расследования не удалось доказать, что беглецам оказывалось преднамеренное содействие. Однако поведение эстонских моряков можно было квалифицировать как косвенное содействие: они разоружали подводную лодку медленно, команду с нее не сняли, топливо не выкачали. Эстонское командование не решилось действовать более жестко, так как оно учитывало всеобщее сочувствие к Польше со стороны эстонского народа.
Непонятно, правда, каким образом «Орел» смогла позже дойти до Великобритании через Датские проливы и Северное море без навигационных карт. Предполагается, что карты польским морякам доставил
представитель посольства Соединенного Королевства, сообщивший им 17 сентября о советском вторжении и привезший ящик виски. Благодаря этой карте подводная лодка смогла обогнуть Данию, пройти проливами и выйти в Северное море. На своем пути подводная лодка преодолела несколько мелей и сделала несколько попыток атаковать противника.
В ночь на 21 сентября «Орел» всплыл неподалеку от шведского острова Готланд. Поляки спустили шлюпку, посадили в нее захваченных эстонцев, дали им бутылку виски, несколько банок консервов, сухари и письмо к эстонским властям, в котором подтвердили, что оба моряка увезены силой. Кроме того, исполняющий обязанности командира Я.Грудзиньский вручил им сто долларов и произнес напутствие: «Помните, с того света следует возвращаться только в вагоне первого класса», после чего отправил к берегу. Боцманмат Р.Кирикмаа и матрос Б.Мальстейн прошли на веслах восемь миль (14,6 км) и высадились на Готланде. Уже 24 сентября они самолетом вернулись из Швеции домой.
12 октября подводная лодка легла на курс 253 градуса на запад. При пересечении Северного моря «Орел» попала в шторм, была повреждена радиостанция. Подводная лодка остановилась вблизи берегов Великобритании, не решаясь двигаться вперед, так как на ней не знали карт британских минных полей. 14 октября удалось отремонтировать радиостанцию, и радист стал передавать открытым текстом информацию для британского флота. Последний направил для встречи подводной лодки эсминец, который и встретил подводную лодку «Орел» в 11.00 возле острова Мейн. Весь путь из польской Гдыни до британской военно-морской базы Россайт занял у подводной лодки сорок четыре дня.
После ремонта, переоборудования и дозаправки, подводная лодка была введена во 2-ю подводную флотилию Королевского флота. 8 апреля 1940 года подводная лодка потопила немецкий транспорт «Rio de Ganeiro» возле южного побережья Норвегии с немецкими солдатами на борту, которые должны были принять участие во вторжении в Норвегию. Через два дня «Орел» выпустила торпеду по немецкому тральщику, но вынуждена был погрузиться до того, как торпеда попала в цель. К 23 мая 1940 года «Орел» принял участие в семи Боевых походах. 1 и 2 июня с базы Россайт были переданы приказы о передислокации подводной лодки в район пролива Скаггерак, но ответы о получении приказа не поступили. Поэтому 5 июня поступил приказ вернуться на базу, но ответ от подводной лодки так и не был получен.
Подводная лодка «Орел» погибла 8 июня 1940 года в результате подрыва на мине в Северном море, из личного состава подводной лодки никто не уцелел. В июня 1940 года было принято решение считать подводную лодку пропавшей без вести.
