Успешно действовала подводная лодка Щ-304 (командир капитан-лейтенант Я.П. Афанасьев). 15 июня в районе маяка Порккалан-Каллбода эта подводная лодка обнаружила и потопила двумя торпедами транспортное судно с военной техникой, направлявшееся в Таллинн. За время боевого похода лодку четырнадцать раз атаковали противолодочные корабли, семь раз — самолеты, дважды — подводные лодки. Три раза она была обстреляна вражеской артиллерией.
Последней из подводных лодок первого эшелона ушла в море Щ-303 (командир капитан-лейтенант И.В. Травкин). 12 июля, еще не дойдя до позиции, подводная лодка обнаружила транспорт, шедший в сопровождении тральщика и катеров, и атаковала его. После успешного торпедного залпа подводная лодка, уклоняясь от преследования, ушла на глубину. 20 июля в районе маяка Утё Щ-303 повредила торпедой конвоируемый шестью кораблями транспорт «Aldebaran».
Подводные лодки первого эшелона, практически сами нащупавшие режим и характер действий противника на его коммуникациях, прекрасно справились с задачей. Они уничтожили 14 судов и повредили один транспорт противника, заставили немецко-фашистское командование подумать о привлечении боевых кораблей к охранению транспортных судов, об организации на Балтике конвойной службы.
9 августа, когда часть подводных лодок первого эшелона еще продолжала действовать на позициях, началось развертывание второго эшелона. Первой проникла в Балтийское море Л-3 (командир капитан 3 ранга П.Д. Грищенко). 18 августа, находясь в районе о. Борнхольм, подводная лодка обнаружила большой конвой противника. Прорвав линию охранения, Л-3 заняла позицию для торпедной атаки и, выбрав наиболее крупный транспорт, выпустила по нему две торпеды. Одна из торпед попала в цель. Транспорт, разломившись на две части, затонул. После залпа подводная лодка попала в неблагоприятную ситуацию. Не удержав глубину, она показалась на поверхности и была замечена противником. Корабли охранения атаковали подводную лодку. На нее было сброшено около 40 глубинных бомб, но Л-3, успевшая быстро изменить курс и погрузиться, серьезных повреждений не получила. Для устранения недостатков в управлении подводной лодкой по глубине в момент выстрела, командир решил отойти мористее и заняться тренировкой личного состава. Двое суток отрабатывалось выполнение учебных торпедных атак. Когда
экипаж стал уверенно удерживать подводную лодку на заданной глубине, командир снова вывел ее на позицию. Вечером 25 и ночью 26 августа западнее о. Борнхольм Л-3 поставила 20 мин тремя банками на которых подорвались и затонули подводная лодка U416, два транспорта и шхуна.
Другая подводная лодка второго эшелона С-13 (командир капитан-лейтенант П.Н. Маланченко, на борту командир дивизиона капитан 3 ранга Е.Г. Юнаков) действовала по методу крейсерства в Ботническом заливе, на подходах к которому противник еще не успел организовать противолодочного рубежа. Вечером 11 сентября, находясь в надводном положении, подводная лодка обнаружила и атаковала транспорт противника, следовавший в направлении порта Раума. Торпеда попала в середину судна. Переломившись, транспорт через полминуты скрылся под водой. На следующий день С-13 уничтожила транспорт «Ussi X». Посланная в него торпеда взорвалась в кормовой части от взрыва второй торпеды транспорт переломился пополам и затонул. 18 сентября в районе финского порта Каскё С-13 в надводном положении атаковала еще один транспорт, который потопила огнем артиллерийских орудий.
25 августа в северную часть Балтийского моря вышла подводная лодка «Лембит» (командир капитан-лейтенант А.М. Матиясевич). Ей предстояло действовать в торпедном варианте в районе маяка Богшер и близ о. Утё, где обычно формировались вражеские конвои. 4 сентября был обнаружен отряд кораблей и судов. Пропустив головной транспорт и два корабля охранения, двухторпедным залпом подводная лодка уничтожила более крупный транспорт, остальные суда, увеличив ход, укрылись в шхерах. 14 сентября был обнаружен еще один конвой: пять транспортов в охранении трех кораблей и сторожевого катера. С дистанции 7 кабельтов был произведен двухторпедный залп, торпеды поразили одновременно два транспорта.
Всего с середины августа 1942 года подводные лодки второго эшелона торпедным и артиллерийским оружием потопили и повредили 14 транспортов и два миноносца противника, еще два транспорта затонули, подорвавшись на поставленных Л-3 минах.
Подводные лодки третьего эшелона действовали в Балтийском море, Финском и Ботническом заливах. Условия, в которых они выполняли свои задачи, были значительно сложнее, чем у второго и особенно первого эшелонов. К моменту развертывания третьего эшелона противник имел довольно ясное представление о путях движения наших лодок. Он интенсивно ставил мины и сети, вел поиск лодок. Однако связанное с осенним периодом усиление ветров и увеличение продолжительности темного времени суток в определенной мере благоприятствовали нашим подводным лодкам. Появилась даже возможность осуществить выход на восточный гогландский плес без захода на о. Лавенсари. В целях большей безопасности для третьего эшелона было решено изменить организацию встреч и приема подводных лодок, возвращавшихся из Боевого похода, запретить использование прежних мест рандеву, изменить районы зарядки аккумуляторных батарей. Для дезинформации противника тральщики в светлое время суток вели траление на второстепенных фарватерах, не используемых подводными лодками, а траление основного фарватера для лодок выполняли ночью. Были несколько усилены действия торпедных и дозорных катеров, а также авиации в борьбе с противолодочными силами противника на участке между островами Гогланд и Большой Тютерс.
16 сентября на позицию вышла первая подводная лодка третьего эшелона С-9 (командир капитан-лейтенант А.И. Мыльников). Район ее действий располагался в Ботническом заливе, где продолжала находиться С-13. Чтобы избежать взаимных помех, Ботнический залив был разделен на две части: северную — для С-13 и южную — для С-9. Обе подводные лодки осуществляли крейсерство в ограниченном районе. Совершив трехсуточный переход, С-9 заняла назначенный район и приступила к поиску противника. 27 сентября в районе Васы (Ботнический залив) она обнаружила конвой, состоявший из четырех транспортов и четырех сторожевых кораблей. Прорвав охранение, подводная лодка с дистанции 2,5 каб выпустила по головному транспорту торпеду. В перископ было видно, как судно, объятое пламенем, начало тонуть. На другой день, следуя в подводном положении, С-9 обнаружила одиночный танкер. Сблизившись с ним на дистанцию 3,5 кабельтов, подводная лодка выпустила торпеду, но в цель не попала. Танкер увеличил ход и начал удаляться. Воспользовавшись наступающей темнотой, С-9 всплыла и стала догонять судно противника. Через 45 минут, с дистанции 2 кабельтова, подводная лодка открыла огонь из 100-мм орудия, на танкере начался пожар.
Подводную лодку С-12 (командир капитан 3 ранга В.А. Тураев) 20 сентября, после выхода из Кронштадта, заметил и атаковал самолет противника. От близких разрывов бомб были получены повреждения. Замыкание аккумуляторов на корпус вызвало пожар. 22 сентября к юго-западу от банки Калбодагрунд подводная лодка попала в противолодочную сеть и одновременно была атакована сторожевым кораблем, сбросившим на нее более тридцати глубинных бомб. В районе мыса Юминданина С-12 снова попала в заградительную сеть и с трудом от нее освободилась. Преодолев все препятствия, подводная лодка вышла в Балтийское море и, действуя там с 26 сентября по 15 ноября, уничтожила три транспортных судна: «Edit Boselman», «Malgas» и «Sabine Xovald». На обратном пути С-12 подорвалась на мине и получила повреждения, но подводная лодка смогла вернуться в базу. Совершив поход, который продолжался 58 суток С-12 почти вдвое перекрыла автономность подводных лодок тип «С» IX-бис серии. С увеличенной автономностью (более 30 суток) ходили в Боевые походы и другие подводные лодки. Удавалось это за счет принятия дополнительного количества топлива (в цистерны легкого корпуса) и продуктов. Выигрыш получался двойной: подводные лодки реже форсировали Финский залив и дольше находились в районах боевых действий.
