Вошел в Алатырь Борятинский 23 ноября. Ушли в леса разинские атаманы вместе с Мурзакайкой и стали собираться с новыми силами. Сидели они по лесным деревням, прятались на заимках и починках, везли к ним крестьяне по сырому бурелому и бездорожью еству и питье. Потом подморозило, оделись бунташные люди в овчинные тулупы и армяки, поставили пушки на сани, колесили по уезду, сбивались снова в большую кучу, разбредались, и снова собирались, и сходились друг к другу разинские атаманы, звали именем батюшки Степана Тимофеевича постоять за черных людей. И имя это поддерживало в людях веру и надежду, помогало терпеть и ждать.
Наступила зима. И гремело имя Разина по всему уезду по-прежнему, будто и не было боя под Симбирском, будто не бежал Степан раненый и разбитый невесть куда. И обнадеживались крестьяне, и ждали нового выхода казаков с Дона к себе на помощь. И жестокие бои шли по всему уезду.
Взяли в конце концов Мурзакайку в мордовской деревне Костяшеве. Нагрянули конные дворяне в деревню внезапно, наездом. Пошли по домам… Мурзакайка не запирался, гордо сказал, что есть он мордовский атаман и товарищ Степана Разина и идут все они — мордва за вольность и правое дело. Не дрогнул Акай Беляев и перед казнью, не отрекся от Разина. Писал в середине декабря Юрий Долгорукий в Москву письмо: «А вора и изменника и бунтовщика Мурзакайка велел я, холоп твой, за многое его воровство… казнить смертью, четвертовать».
Погиб мурза Акай Боляев, а мордовские деревни долго еще бурлили, приносили вины и опять поднимались против государевых воевод, и казнили они крестьян великое множество, и виселицы стояли по селам, деревням и дорогам, и качались на них застывшие от лютых морозов трупы, и были то товарищи Осипова, Беляева, Иванова…
Брали воеводы город за городом, село за селом, овладевали дорогами, сбивали бунташные крестьянские лесные засеки, и снова собирались крестьяне, стояли насмерть, не боялись ни пушек, ни рейтар, ни лютых морозов, которые ударили уже в конце ноября. Дрались крестьяне за волю, которую принес им Разин с товарищами, и стоила теперь им эта воля большой крови. Но уж, раз почуяв ее, трудно было им вернуться в прежнее ярмо, и шли они против мушкетов и пушек с рогатинами, и гибли на виселицах и на колах, клали головы на плахи, умывалось крестьянской кровью все междуречье Оки и Волги. И с каждым днем все больше стервенели воеводы; требовал князь и боярин Юрий Алексеевич Долгорукий не давать пощады, карать воров смертной казнью, и сечь головы, и четвертовать, и вешать, и сажать на кол. А вскоре пали разинские города Кадом и Темников.
Еще 4 декабря Долгорукий находился в двух верстах от Темникова. А навстречу ему уже вышли лучшие городские люди с иконами и крестами, винились, обещали указать на всех оставшихся в городе воров.
И начал сразу же сыск воевода. Одного за другим приводили к приказной избе разинских товарищей, и всех после короткого расспроса вершил смертью Долгорукий. Захватили в Темникове одного из главных заводчиков бунта в Темниковском уезде, а был тот заводчик, на удивление всех, монастырская старица Алена. Стояла она в Темникове вместе с Федором Сидоровым и атаманствовала. Писал о сем небывалом случае в Москву Долгорукий: «А вор старица в роспросе и с пытки сказалась. Аленою зовут, родиною де, государь, она города Арзамаса. Выездные слободы крестьянская дочь, и была замужем тое ж слободы за крестьянином; и как де муж ее умер, и она постриглась. И была во многих местах на воровстве… А в нынешнем де, государь, во 179-м году, пришед она из Арзамаса в Темников, и збирала с собою на воровство многих людей и с ними воровала, и стояла в Темникове на воевоцком дворе с атаманом с Федькою Сидоровым…» Всех пленных приказал Долгорукий казнить отсечением головы, а старицу велел сжечь в срубе как ведунью. Сошлись все воеводы вместе с Долгоруким смотреть, как будет гореть ведунья.
Перед тем как взойти на сруб, обернулась она к Долгорукому и сказала спокойно, что если бы побольше ее товарищей бились так же, как она, то спасался бы давно уже князь Юрий из этих мест. Потом осенила себя крестом, легла на сруб. Горела Алена молча.
14 декабря после жестокого боя, который длился с 10 часов утра до 6 часов вечера, взял полковой воевода Яков Хитрово Керенск.
Из Керенска написал воевода увещевательные грамоты в Нижний и Верхний Ломовы, предлагал и им добить челом, но молчали бунташные города. В это время шли на Нижний и Верхний Ломовы ратные люди воеводы Константина Щербатова, и, разметав крестьянские отряды, взял воевода оба Ломова 18 декабря, привел жителей к кресту, а заводчиков пытал накрепко и казнил.
Рассыпались теперь крестьянские отряды все чаще и чаще, выбили у них из-под ног воеводы прочную опору — побрали главные разинские города, и уж потом продвигались дальше по уездам.
Цеплялись крестьяне еще за крупные села и деревни, за засеки, но много ли высидишь в засеках в декабрьские морозы, а села и деревни стоят без острогов — все открыты для пушечного боя, и воевать обозом хорошо еще не научились крестьяне, да и оружия не хватало. После того как в главных боях похватали у них государевы люди пушки и пищали, оставались они с мелким ружьем и с рогатинами.
30 декабря пал последний из крупных восставших городов — Пенза.
Но не кончилась война. Лишь стихло немного в южных городах. Отчаянно еще дрались крестьяне в Тамбовском и Шацком уездах — там, где стояли с ними Михаил Харитонов, Тимофей Мещеряков. Они еще надеялись отсидеться осень и зиму в лесах и встретить будущей весной Степана Тимофеевича, который совсем недавно обещал быть у них под Конобеевом, другие же, зная, что стал весь край их бунташный, яростно лезли на Шацки Тамбов и не верили, что стоят еще эти два воеводских города среди безбрежного моря их вольных сел, деревень, городков и острожков. Медленно доходили вести до лесных засек, и кто зная там, где Долгорукий, где Борятинский, а знали крестьяне одно — идет с ними разинский товарищ Миша Харитонов и шлет везде свои прелестные грамоты, и сидят дрожат в Шацке и Тамбове государевы ратные люди.
Месяц бился в Тамбовском уезде Бутурлин, но так и не освободил Тамбов от осады. Доставал он крестьян, а они переходили на другое место и вновь из лесов упорно и яростно шли на Тамбов, выполняли наказ Степана Разина — взять город и ударить оттуда на Москву.
Только в декабре разгромил крестьян под Тамбовом Бутурлин и вызволил город из сидения. В Лысогорском остроге настигли конные дворяне Тимофея Мещерякова, схватили его и тут же начали пытать накрепко, с огнем.
Разбежались по всему уезду люди Мещерякова, пробивались к Михаилу Харитонову в тамбовский лес и выходили оттуда весь декабрь, и много шкоды учинили еще Бутурлину и товарищу его воеводе Алексею Еропкину.
Гнались воеводы в ноябре по пятам и за Ильей Ивановым. Послан был на Ветлугу и в Галич стольник и воевода Иван Вельяминов. Петлял Иванов по Ветлуге, писал письма ко всем черным людям Галичского уезда, поднял за собой на Унже всех земских старост и посадских людей, призывал встать против бояр и воевод за батюшку Степана Тимофеевича Разина. И забунтовали галичане. Многих государевых людей на Унже посажали в тюрьму вместо выпущенных тюремных сидельцев. И как приезжал Илья в село, так встречали его все крестьяне с попами, иконами и крестами, и провозглашал всюду Илюшка волю от Степана Тимофеевича, и сам называл себя его товарищем и атаманом. За время, что шел Иванов по Ветлуге, убили его люди десять человек в разных вотчинах и поместьях.