Одним из основных политических событий второй половины XV в. была война Алой и Белой Роз, которой посвящено значительное количество работ, прежде всего, в зарубежной историографии. Борьба за власть между Ланкастерами и Йорками перешла в военное противостояние в 1455 г., когда в битве при Сент-Олбансе победу одержали Йорки. Ричард Йорк был объявлен парламентом протектором королевства и наследником Генриха VI. Но в сражении при Уэйкфилде в 1460 г. Ричард Йорк погиб, и лидером йоркистов стал его сын Эдуард, который! 1461 г. был коронован как Эдуард IV. Уже с этого времени г. Йорк оказался в гуще событий. В 1460 г. противники Йорков во главе с граном Нортумберлендом выбрали именно город местом сбора войск. 5 ходе сражения, в котором погиб герцог Глостер, город сильно пострадал. А головы погибших и казненных йоркистов, в том числе и герцога, были вывешены на стенах города. После битвы при Таунтоне 29 марта 461 г. Эдуард IV отправился в Йорк. Город открыл перед ним ворота без сопротивления и принес клятву верности. Эдуард приказал снять с городской стены голову отца и выставить головы казненных Ланкастеров. И хотя Эдуард оставался в Йорке три недели и даже праздновал там Пасху, но его отношение к городу было довольно прохладным, что «хранилось и в будущем. Впрочем, это вполне объяснимо, если учесть, но в битве при Таунтоне на стороне Эдуарда IV сражались не только отряды лордов, но и ополчения из Лондона, Ковентри, Норгемптона, Ноттингема и Вустера, в то время как горожане Йорка, Беверли, Гулля, Ньюкасла, Экзетера — на стороне Ланкастеров. Хитрее всех поступили власти Норича. Они послали один отряд на помощь Генриху VI, а другой — Эдуарду IV.
Военные действия возобновились в 1470 г., когда на сторону Ланкатеров перешли младший брат Эдуарда IV герцог Кларенс и граф Уорик. Они восстановили на престоле Генриха VI, а Эдуарду IV и другому его брату герцогу Глостеру (будущему Эдуарду III) пришлось бежать 1 Бургундию. Весной 1471 г. Эдуард IV решил вернуться в Англию и
4 марта высадился в устье р. Хамбер. 18 марта он подошел к г. Йорку, но здесь его ждало разочарование — город отказался впустить Эдуарда месте с отрядом. Только самому королю и 15-ти его воинам в качестве охраны разрешили пройти за ворота. Часть горожан кричала здравицы королю Генриху, другая — благородному герцогу Йоркскому. На следующий день Эдуард IV был вынужден покинуть город. Такая встреча не могла прибавить доброго отношения Эдуарда к городу. После смерти наследника Генриха VI в битве при Тьюксбери ланкастерская династия пресеклась, и Эдуард IV Йорк правил до 1483 г.
Период правления Эдуарда IV не был для Йорка мирным временем. Исполняя роль северной столицы королевства, Йорк постоянно оказывался втянут не только во внутриполитические, но и внешнеполитические события и, прежде всего, в борьбу с Шотландией. Еще в 1463 и 1464 гг. в Йорке происходили встречи представителей Англии и Шотландии, связанные с подписанием договоров между двумя государствами. Так, в декабре 1463 г. именно в Йорке было подписано перемирие между Англией и Шотландией сроком на один год. Весной 1464 г. в Йорк прибыли представители Эдуарда IV для проведения мирных переговоров и заключения мира на 15 лет.
К концу правления Эдуарда IV отношения с Шотландией вновь обострились. 13 октября 1480 г. граф Нортумберленд послал письмо мэру г. Йорка, в котором сообщал о вторжении шотландцев в Нортумберленд. И ссылаясь на распоряжение короля, предложил направить людей ему на помощь. 19 октября король в своем письме поблагодарил йоркцев за помощь, оказанную в борьбе с шотландцами. В феврале 1480/81 г. король вновь направил письмо мэру и совету города с благодарностью за присланных солдат.
В 1482 г. Эдуард IV поддержал притязания на трон брата шотландского короля герцога Олбани. За оказанную помощь герцог Олбани обещал передать Англии Бервик. Во главе английской армии был поставлен герцог Глостер, который сделал г. Йорк местом сбора войск. В середине июля 1482 г. именно из Йорка Ричард двинулся к шотландской границе. В августе Глостер и Олбани вошли в Эдинбург и заключили мир. Это очень повысило престиж герцога Йоркского.
Во время борьбы претендентов за трон и в ходе войны с Шотландией английским городам приходилось тратить значительные суммы денег на т.н. «займы» и «подарки» как Ланкастерам, так и Йоркам. Например, 31 декабря 1476 г. мэр и совет г. Йорка обсуждали вопрос о «подарке» герцогу Глостеру. 12 марта 1480/81 г. и 6 марта 1482/83 г. городской клерк опять сделал подобные записи в городской книге. В марте 1481 г. в инструкции короля герцогу Глостеру и графу Нортумберленду в связи с шотландской экспедицией указывалось, что г. Йорк наряду с Даремом и Ньюкаслом должны предоставить английской армии продовольствие и снаряжение, за которые нужно будет заплатить. Правда, срок оплаты не указан.
После смерти Эдуарда IV именно в Йорке Ричард Глостер привел местную знать к присяге сыну умершего короля Эдуарду V. И именно к Йорку он обратился за помощью в борьбе против королевы. 15 июня 1483 г. Ричард Рэтклифф передал Мэру Джону Ньютону письмо от «милорда Глостера». В нем герцог Йоркский писал: «Если вы любите нас, то мы сердечно просим вас прибыть в Лондон со всем возможным усердием как можно скорее после получения этого письма с как можно большим отрядом, чтобы помочь и поддержать нас против королевы, ее кровавых (blode) приверженцев и родственников, которые намеревались и ежедневно намереваются убить и полностью истребить нас и нашего кузена герцога Бэкингема и древнюю королевскую кровь этого королевства…».
После провозглашения Ричарда Глостера королем, именно в Йорке он праздновал свою коронацию и возведение сына Эдуарда в принцы Уэльские. В начале осени 1483 г. на юге Англии начались мятежи против Ричарда III. И вновь Ричард обращается с письмом к йоркцам. В городской книге под датой 13 октября 1483 г. помещено письмо с просьбой о помощи против герцога Бэкингема. Как известно, отряд из Йорка содействовал подавлению выступления против короля.
В конце XV в. г. Йорк еще не раз оказывался втянут в политические конфликты. Весной 1486 г. против нового короля Генриха VII было поднято восстание под руководством виконта Довела, а также Хамфри и Томаса Стаффордов. Сэр Хамфри Стаффорд, чтобы набрать войска, распустил слух, будто король помиловал его после битвы на Босуортском поле, и даже предъявил фальшивую королевскую грамоту. Когда начали распространяться указанные слухи, Генрих VII находился с визитом в Йорке. Правда, до серьезного сражения дело не дошло, поскольку король обещал помилование тем, кто перейдет на его сторону.
Во время мятежа Ламберта Симнела Йорк вновь оказался в гуще событий. Городской клерк Йорка подробно описал то, что произошло в начале лета 1487 г. В начале июня Ламберт Симнел, которого граф Линкольн (племянник Ричарда III) выдавал за сына герцога Кларенса Эдуарда, высадился в Англии с небольшим отрядом. Слухи об этом основывались на рассказе Джеймса Тейта, который встретил по пути в Донкастер семерых людей верхом на лошадях с предводителем на белой лошади, которую он опознал как принадлежащую графу Линкольну. От этих людей он узнал, что назревают беспорядки. Мэр Йорка Уильям Тодд немедленно информировал короля и графа Нортумберленда. Йорк был не в состоянии самостоятельно защищаться, поскольку замок напоминал руины, а стены города полуразрушены. 8 июня граф Нортумберленд сообщил, что мятежники высадились в Фернессе (графство Ланкашир). Мэр и совет Йорка в тот же день в полном составе собрались в Гилдхолле и решили, «что они будут защищать этот город своими телами и имуществом с максимальными усилиями». В этот же день отряд Ламберта Симнела достиг Машема (графство Йоркшир), и оттуда Симнел под именем короля направил письмо мэру Йорка, спрашивая разрешения войти в город, чтобы отдохнуть, поскольку он «сильно устал и измучен». Кроме того, граф Линкольн рассчитывал получить продовольствие, обещая заплатить за него. Мэр отправил ответ, в котором заявил, что народ Йорка не допустит мятежников в город. В субботу 9 июня посланные с ответом вернулись с благоприятным известием о том, что никаких действий против Йорка мятежники предпринимать не будут. На следующий день в воскресенье граф Нортумберленд и лорд Клиффорд со своими отрядами вошли в Йорк и оставались там до вторника, когда в 11 часов утра покинули город. Немедленно после этого начался штурм Бутамских ворот (“Bootham Bar”). Горожане мужественно сопротивлялись, и штурм не удался. Граф Нортумберленд, который недалеко отошел от города, узнав о штурме, тотчас вернулся в город и оставался там до четверга. В субботу мятежников разбили возле Ньюарка, и угроза городу была снята.