Секст Помпей, унаследовавший, как и его брат, имя Великий (Магн), родился, как предполагают некоторые ученые, между 68 и 66 гг. до н. э. Во всяком случае, ко времени начала гражданской войны он еще в военную службу не вступал, а находился со своей мачехой Корнелией в Митилене на острове Лесбос. Там их навестил отец, и они сопровождали его в последнем плавании в Египет. Там Секст и Корнелия стали свидетелями предательского убийства отца и мужа. Египтяне пытались захватить и их корабль, но, пользуясь благоприятным ветром, они сумели уйти от преследования и направиться в провинцию Африку. В Африке, где помпеянцы отбились от цезаревских войск еще в 49 г. до н. э., собралась довольно значительная сила. Там находились и все авторитетные противники Цезаря, которые еще не сдались на милость победителя. Тогда же на помощь им пришел нумидийский царь Юба. Новая надежда у помпеянцев появилась в связи с событиями в Испании.
После сдачи Варрона в 49 г. до н. э. Цезарь назначил правителем Дальней Испании Квинта Кассия Лонгина, который за несколько лет до этого был в этой же провинции квестором. Еще раньше квестором, а затем и наместником (пропретором) Дальней Испании был сам Цезарь, который успешно воевал с лузитанами и приобрел в провинции обширную клиентелу. Именно наличие этой клиентелы, по-видимому, и заставило помпеянского правителя южной части Дальней Испании Варрона без боя сдаться Цезарю. Так что основная часть провинции, в которой романизация уже достигла значительных успехов, была вполне лояльна Цезарю. Но бездарное и жестокое управление Кассия изменило положение. Пользуясь случаем, попытались восстать лузитаны. Кассий их разбил, а затем по приказу Цезаря стал набирать новые войска для похода в Мавританию, чтобы с запада ударить на Нумидию. Но прежде чем он переправился через пролив, пришла весть о победе Цезаря при Фарсале. Кассий, хотя надобность в немедленной экспедиции отпала (Цезарь, по-видимому, после фарсальской победы не предполагал, что помпеянцы укрепятся в Африке), не собирался распускать ни старые, в значительной степени унаследованные от Варрона, войска, ни новые, им набранные. Этот набор и жестокие поборы, переходившие чуть ли не в подлинные грабежи, вызвали огромное возмущение в провинции. Результатом стал заговор на жизнь Кассия, и тот, раненый, едва сумел избежать смерти. Неудачное покушение стало предлогом для новых казней и поборов. Тогда в Кордубе, в то время самом значительном городе Дальней Испании, вспыхнуло восстание. К восставшим присоединились и часть легионов и вспомогательных единиц. При этом одни восставшие объявили себя сторонниками Помпея (даже после его смерти), другие утверждали, что они — цезарианцы, но выступают против Кассия. Дело дошло до настоящей гражданской войны. С помощью мавританского царя Богуда Кассий сумел удержать некоторые позиции, но положение было тяжелым. В дело вмешался проконсул Ближней Испании Марк Эмилий Лепид. Он выступил посредником между Кассием и восставшими и на некоторое время успокоил провинцию. Цезарь же счел за благо вообще Кассия отозвать и прислать ему на смену Гая Требония. Кассий отплыл из Испании, но его корабль попал в зимнюю бурю и погиб вместе с неудачливым наместником.
Однако спокойствие в Дальней Испании продолжалось недолго. По-видимому, Требонию удалось успокоить провинцию только на очень короткое время. Теперь все недовольные, а также ранее взбунтовавшиеся солдаты, боявшиеся наказания, открыто заявили о своем присоединении к помпеянцам. В Новом Карфагене, который, правда, находился в Ближней Испании, но у самых границ с Дальней и поэтому во многом разделял симпатии и антипатии этой провинции, в 47 г. до н. э. даже стали чеканить монету с именем Гнея Магна, т. е. покойного Помпея. Правда, уже в том же 47 г. цезарианцы в этом городе, вероятнее всего, все же взяли верх. Но Кордуба и некоторые другие города долины реки Бетис остались непримиримыми врагами Цезаря. Во главе восстания встали богатый житель Кордубы Тит Квинций Скапула и римский всадник Квинт Апоний. Не надеясь на собственные силы, они обратились к Сципиону, командовавшему войсками в Африке, с просьбой прислать им помощь. Присоединение к помпеянскому делу южной части Испании резко расширяло фронт антицезарианской борьбы, и Сципион, разумеется, откликнулся на эту просьбу. Он направил в Испанию часть армии во главе с Гнеем Помпеем младшим. Этим он достигал нескольких целей. С одной стороны, он оказывал военную поддержку своим сторонникам в Испании и усиливал этот новый фронт борьбы с Цезарем, а с другой — отсылал туда старшего сына Помпея, который мог бы стать его опасным соперником.
Приморские районы Испании были в отличие от долины Бетиса настроены процезариански, и поэтому Гней Помпей не высадился сразу на южном побережье Пиренейского полуострова, а направился на Балеарские острова. Ими он овладел практически без труда; только город Эбес оказал ему сопротивление, но и оно было довольно быстро сломлено. И только укрепившись на островах, Гней, еще на некоторое время задержавшийся там из-за болезни, решил переправиться на полуостров, а для начала овладеть Новым Карфагеном, еще совсем недавно так выразительно проявившим свои пропомпеянские настроения. Но к этому времени сторонники Цезаря там победили, и город оказал сыну Помпея упорное сопротивление. Туда к нему явились восставшие во главе со Скапулой, который, оттеснив Апония, стал главой помпеянцев в Испании, и признали Помпея своим верховным главнокомандующим.
Тем временем в битве при Тапсе помпеянцы были разгромлены, и Цезарь овладел Африкой. Нумидия была превращена в римскую провинцию, а остатки помпеянцев перебрались на юг Испании и влились в армию Гнея Помпея. Среди них был и Секст Помпей. Сципион и Юба погибли, так что теперь у старшего сына Помпея соперников не было.
Вначале Цезарь не придал особого значения испанским событиям. Но скоро положение приняло нежелательный для него оборот. Справиться с помпеянцами своими силами его наместники в Испании Квинт Фабий Максим и Квинт Педий не могли и стали просить Цезаря как можно скорее явиться в Испанию самому и с большими силами. И в самом конце 46 г. до н. э., несмотря на трудности зимнего времени, Цезарю пришлось отправиться в Испанию. В январе 45 г. до н. э., передвигаясь со своей обычной быстротой, он уже был на театре военных действий. Еще до этого Помпей, предвидя появление Цезаря и, видимо, не чувствуя особой поддержки на побережье, отступил в долину реки Бетис, где у него имелась сильная опора, особенно в Кордубе. После некоторых стычек и осад отдельных городов Цезарь приступил к осаде Кордубы. Помпей же, полагая, что Цезарь зимой никаких активных действий не предпримет, практически ничего не сделал для организации обороны. В Кордубе со своим отрядом находился Секст, а Гней с основной армией почти беспорядочно двигался по долине Бетиса, дабы не дать отпасть от него как можно большему числу городов. 17 марта 45 г. до н. э. произошла последняя битва этой гражданской войны. Она разворачивалась около небольшого города Мунды недалеко от Кордубы. Долгое время ни то, ни другое войско не могло одержать победу, и лишь смелый рейд мавританской конницы во фланг помпеянской армии решил дело. Армия Помпея младшего была полностью разгромлена.
Вар и Лабиен погибли в этой битве. Гней был ранен и бежал в приморский город Картею. Однако в этом городе после долгих споров победили сторонники Цезаря, так что укрепиться там Помпей не смог. Тогда с отрядом еще верных ему воинов Помпей захватил несколько кораблей, чтобы уйти из Картеи, но картейцы помешали ему выйти из гавани. Высадившись снова на берег, Гней с отрядом стал пробираться внутрь материка. Цезарь направил отряд во главе с Цезеннием Лентоном на его поиски. Лентон сумел обнаружить убежище, где прятался Помпей. В завязавшейся схватке Гней Помпей младший был убит.
