И все же в действиях Хубилая заметна непоследовательность, поскольку он продолжал привлекать мусульман на государственную службу. Мусульмане, обладавшие административными или финансовыми способностями и не отличавшиеся религиозным фанатизмом, не подвергались никаким гонениям. Например, для управления недавно завоеванной областью Юньнань Хубилай выбрал мусульманина из Средней Азии Саида Аджаля Шаме ад-дина. Этот регион, ныне являющийся провинцией в Юго-западном Китае, был единственной областью в стране, администрацию которой возглавлял мусульманин. Мотивы, которыми руководствовался Хубилай при этом назначении, туманны. Возможно, он рассматривал Юньнань как важный перевалочный пункт в торговле с Бирмой и Индией, а так как мусульмане были самыми заметными представителями купеческого сословия в монгольских владениях, ему представлялось логичным поставить в Юньнань мусульманского губернатора. Или, может быть, он считал Юньнань самым подходящим местом для переселения части мусульман, пригнанных монголами на восток из Средней Азии и Персии. Юньнань все еще была плохо заселена, а обитали здесь по большей части неграмотные народы не-китайского происхождения. Возможно, Хубилай решил, что целесообразнее будет привлечь для колонизации этой области мусульман, чем китайцев, которые более враждебно относились к монгольской власти. Или, может быть, двор доставил это назначение Саиду Аджалю, сочтя его верным и благонадежным подчиненным.
После назначения губернатором Юньнани в 1274 г., Саид занялся осуществлением первоочередной задачи — укреплением военного и экономического контроля династии Юань над этой областью. Прежде чем вступить в должность, он изучил топографию, экономику и обычаи Юньнани. Приехав на место службы, он первым делом устремил свои усилия на завоевание доверия местного не-китайского населения. Хотя он и расставил по территории края гарнизоны и караулы, но дал солдатам приказ не раздражать «варваров». Когда несколько офицеров напали на местных жителей, Саид казнил нападавших. Придерживаясь политики справедливости и беспристрастности, он быстро привлек сердца большей части местных народностей. Он также спешно создал и наладил почтовую систему для убыстрения сообщения и для обеспечения нужд обороны и торговли. Под его управлением Юньнань достигла процветания. Он способствовал развитию сельского хозяйства, приказав своим людям научить местных жителей земледелию и лесоводству. До его приезда у народов Юньнани не было ни риса, ни шелковицы, ни конопли. Наверное, самым большим вкладом, который внес Саид в развитие экономики, следует считать проекты ирригации в области Гуньмин, часть которых продолжала использоваться и в XX веке. Он построил водохранилища и дамбы, чтобы наводнения и засухи не мешали крестьянам обрабатывать землю. Мусульмане оживили торговлю, а сам Саид разрешил использовать в качестве средства обмена раковины Каури, чтобы подтолкнуть местное население к торговой деятельности. Наконец, он облегчил налоги и повинности, сделав монгольскую власть вполне приемлемой для жителей области.
Хотя Саид был правоверным мусульманином, он не стал насаждать в Юньнани ислам. Если бы он был фанатиком, Хубилай, несомненно, не доверил ему пост губернатора. Саид прививал в вверенной ему провинции китайские обычаи и культуру. Он поддерживал проведение китайских свадебных и похоронных церемоний, строил конфуцианские школы и стремился распространять классические конфуцианские сочинения. Саид возвел две мечети, но также, конфуцианский храм и буддийский монастырь. Коротко говоря, он стремился китаизировать, а не исламизировать Юньнань, и того же курса придерживались те его сыновья, которые остались жить в этой области и стали здесь чиновниками. Саид умер в 1279 г. (а в 1297 г. был посмертно возведен в сан Сяньян-вана или Князя Сяньяна). В должности губернатора Юньнани ему наследовали два его сына, Насир ад-дин и Масуд, продолжившие политику отца. Кроме того, Насир ад-дин принимал участие в военных походах в Бирму и Аннам и служил чиновником в Шэньси и столице. Однако в апреле 1292 г. он был обвинен в присвоении 130000 тинов бумажных денег и затем казнен. Четверо его братьев не были замешаны в этом деле и продолжали занимать высокие посты в Юньнани, Гуандуне и Цзянси, получая многочисленные награды и почести.
Несмотря на достижения Саида и доверие, которое Хубилай выказывал ему и его сыновьям, отношения великого хана с мусульманами оставались далекими от идеальных на протяжении 1280-х гг. Прежний взвешенный подход уступил место настороженности и даже враждебности. В прежние времена Хубилай прилагал большие усилия, чтобы не допустить официально санкционированных гонений против мусульман, опасаясь сложностей, которые могли бы возникнуть, если бы он восстановил против себя малочисленную, но влиятельную мусульманскую общину в Китае. В 1280-х гг. эта терпимость внезапно сошла на нет, и Хубилай на время отказался от основных принципов своей религиозной политики.
Сходный кризис омрачил взаимоотношения Хубилая с буддистами и даосами. Диспут 1258 г. между буддистами и даосами, на котором председательствовал Хубилай, по-видимому, положил конец борьбе этих религий. Однако лежавшая в основе споров враждебность неоднократно прорывалась наружу, а завоевание Южной Сун усугубило разлад. Вместо того, чтобы соблюдать решения, принятые на диспуте 1258 г., даосы при любой возможности выступали против буддистов.
Ряд противостояний достиг своего пика в 1281 г. Еще в 1276 г. сын Хубилая Манггала предупреждал даосов не совершать беззаконий, говоря, что у них есть приказ. Очевидно, даосы не прислушались к предупреждениям, поскольку в конце 1280 г. они, по сообщениям китайских источников, подожгли даосский храм Чанчунь в Даду и попытались переложить вину на буддийского монаха Гуан Юаня. Хубилай назначил для разбирательства подозрительных обстоятельств поджога нескольких чиновников, и они раскрыли умысел даосов. Великий Хан безжалостно покарал виновных. Два даоса были казнены, одному отрубили нос и уши, шестеро других были отправлены в изгнание. Эти события побудили буддистов потребовать от правительства расследования прочих правонарушений и эксцессов со стороны даосов. Согласно буддийским источникам, двор обнаружил, что даосские тексты, запрещенные в 1258 г., все еще продолжают распространяться и что сохранились печатные доски, с которых печатались эти сочинения. Хубилай был разгневан этими свидетельствами непокорности. В конце 1281 г. он приказал сжечь все даосские тексты, кроме «Дао дэ цзин», написанного Лао Цзы, и уничтожить печатные доски. Он ввел ограничения на даосские талисманы, заклинания и магию. Даосы продавали талисманы и амулеты, сулившие прибыль торговцам, долгую жизнь людям, счастливый брак мужчинам и женщинам и многочисленное потомство всем семьям. Хубилай, осуждавший эту практику, запретил продавать талисманы. Одновременно он принудил некоторых даосских монахов перейти в буддизм. Наконец, он разослал уполномоченных из числа буддистов для надзора за выполнением этих предписаний.
Меры, принятые Хубилаем, разрешили затруднения с даосами, хотя победившая сторона, буддисты, продолжала создавать сложности для великого хана и его династии, как мы уже отмечали и как мы увидим далее. Хубилай не собирался преследовать даосизм, его главная цель заключалась в усмирении даосских перегибов. Демонстрируя свое благоволение к более ответственным и менее воинственным даосам, он намеренно привлекал их вождей к разбирательству дел их единоверцев. Чжан Цзунъянь, Тяньши или «Небесный учитель» (часто неточно воспринимаемый на Западе как «даосский папа»), входил в состав комиссии, изучавшей даосские книги и отбиравшей подложные сочинения, подлежащие уничтожению. Хубилай назначил Чжана смотрителем по делам даосов в Южном Китае. Император несколько раз посылал даосскому вождю ему в дар шелк и благовония, чтобы поддерживать с ним хорошие отношения. Взамен Чжан приносил жертвы предкам, возносил молитвы во времена засухи и занимался магией для перемены погоды и исцеления больных.
