Ознакомительная версия. Доступно 15 страниц из 73
123
Безостановочное деление происходит не только тогда, когда клетка, накопившая ошибки, избегает апоптоза. Кроме апоптоза есть еще механизм клеточного старения, его тоже можно избегать при перерождении. Ну а иногда достаточно просто сломать саму контролирующую систему, ограничивающую количество делений, не дожидаясь накопления ошибок в других местах. – Прим. науч. редактора.
124
Еще раз отметим, что все вышесказанное относится к соматическим клеткам животных. Стволовые клетки животных, растительные клетки, а также разные одноклеточные организмы могут делиться бесконечно, не становясь от этого опухолевыми. – Прим. науч. редактора.
125
Биомаркером называют любую характеристику (биологический признак) организма, которая может указывать на состояние здоровья. В генетике под биомаркерами понимают последовательности ДНК (РНК), наличие которых ассоциировано с развитием заболевания.
126
Febbo, P. G., Ladanyi, M., … Birkeland, M. L. (2011). NCCN Task Force Report: Evaluating the Clinical Utility of Tumor Markers in Oncology. Journal of the National Comprehensive Cancer Network, 9(Suppl 5), S-1–S-32. doi:10.6004/jnccn.2011.0137
127
Подробнее об этой истории можно почитать, например, в книге «Кривое зеркало жизни» молекулярного биолога Марии Кондратовой. А гены BRCA1 и BRCA2 после этой истории получили неофициальное название «гены Анджелины Джоли».
128
Cancer Biomarkers / Hala Fawzy Mohamed Kamel and Hiba Saeed Bagader Al-Amodi / October 14th 2015 / DOI: 10.5772/62421. https://www.intechopen.com/chapters/50247
129
Sedighi M., Zahedi Bialvaei A., Hamblin M.R., et al. Therapeutic bacteria to combat cancer; current advances, challenges, and opportunities. Cancer Med. 2019; 8(6):3167–3181. doi:10.1002/cam4.2148 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6558487/
130
Kramer M.G., Masner M., Ferreira F.A., Hoffman R.M. Bacterial Therapy of Cancer: Promises, Limitations, and Insights for Future Directions. Front Microbiol. 2018;9:16. Published 2018 Jan 23. doi:10.3389/fmicb.2018.00016. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5810261/
131
Nagakura C., Hayashi K., Zhao M., Yamauchi K., Yamamoto N., Tsuchiya H., Tomita K., Bouvet M., Hoffman R.M. Efficacy of a genetically-modified Salmonella typhimurium in an orthotopic human pancreatic cancer in nude mice. Anticancer Res. 2009 Jun;29(6):1873–8. PMID: 19528442. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/19528442/
132
Lynch, Michael, et al. Mutation Accumulation and the Extinction of Small Populations. The American Naturalist, vol. 146, no. 4, [University of Chicago Press, American Society of Naturalists], 1995, pp. 489–518, http://www.jstor.org/stable/2462976
133
Human Genome Project FAQ. https://www.genome.gov/human-genome-project/Completion-FAQ
134
CELL BIOLOGY BY THE NUMBERS / HOW BIG IS THE “AVERAGE” PROTEIN? http://book.bionumbers.org/how-big-is-the-average-protein/
135
Когда-то давно в наших предках псевдогены тоже были генами и выполняли какие-то свои задачи. Но позже в них произошли мутации, сделавшие их непригодным – по ним стало нельзя построить работающий белок. С тех пор они остаются в геноме мертвым грузом, интересным только для биоинформатиков, которые могут с их помощью восстанавливать картину эволюции.
136
Palazzo A.F., Gregory T.R. The case for junk DNA. PLoS Genet. 2014;10(5): e1004351. Published 2014 May 8. doi:10.1371/journal.pgen.1004351. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4014423/
137
На всякий случай напомню, что применение слов «решает», «планирует» и подобных к процессу эволюции лишь красивая метафора и не более. Эволюция – довольно хаотичный процесс, основанный на последовательности случайностей, где неудачные варианты отсекаются условиями отбора (но не всегда).
138
По последним данным, частота ошибок может быть распределена не равновероятно по длине генома. Важные кодирующие регионы реже подвергаются мутациям, чем некодирующие. Предполагается, что это связано с эпигенетическими надстройками и пространственной структурой молекул (Monroe, J.G., Srikant, T., Carbonell-Bejerano, P. et al. Mutation bias reflects natural selection in Arabidopsis thaliana. Nature 602, 101–105 (2022). https://doi.org/10.1038/s41586–021–04269–6). Несомненно, этот факт вносит некоторые поправки в проведенные в главе расчеты, но оставляет их достаточно корректными.
139
UniProtKB/Swiss-Prot protein knowledgebase release 2022_01 statistics. https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/previous_releases/release-2022_01/knowledgebase/UniProtKB_SwissProt-relstat.html
140
UniProtKB/TrEMBL PROTEIN DATABASE RELEASE 2022_01 STATISTICS. https://ftp.uniprot.org/pub/databases/ uniprot/previous_releases/release-2022_01/knowledgebase/UniProtKB_TrEMBL-relstat.html
141
The Protein Puzzle / 3 | 17 MaxPlanckResearch. https://www.mpg.de/11447687/W003_Biology_medicine_054–059.pdf
142
Wang, E. T., Sandberg, R., Luo, S., Khrebtukova, I., Zhang, L., Mayr, C., … Burge, C. B. (2008). Alternative isoform regulation in human tissue transcriptomes. Nature, 456(7221), 470–476. doi:10.1038/nature07509. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18978772/
143
Human Genome Project FAQ. https://www.genome.gov/human-genome-project/Completion-FAQ
144
Lei Q, Li C, Zuo Z, Huang C, Cheng H, Zhou R. Evolutionary Insights into RNA trans-Splicing in Vertebrates. Genome Biol Evol. 2016;8(3):562–577. Published 2016 Mar 10. doi:10.1093/gbe/evw025. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4824033/
145
Nigro, J. M., Cho, K. R., Fearon, E. R., Kern, S. E., Ruppert, J. M., Oliner, J. D., … Vogelstein, B. (1991). Scrambled exons. Cell, 64(3), 607–613. doi:10.1016/0092–8674(91)90244-S. https://www.cell.com/fulltext/0092–8674(91)90244-S. Caldas, C., So, C. W., MacGregor, A., Ford, A. M., McDonald, B., Chan, L. C., & Wiedemann, L. M. (1998). Exon scrambling of MLL transcripts occur commonly and mimic partial genomic duplication of the gene. Gene, 208(2), 167–176. doi:10.1016/S0378–1119(97)00640–9. https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0378111997006409
146
Здесь, мне кажется, любопытной для читателя будет информация о соотношении размеров экзонов и интронов. Для генома человека они таковы: большинство (около 80 %) экзонов в длину меньше 200 нуклеотидов, а большинство (около 90 %) интронов состоят из более чем 20, но менее чем 11 000 нуклеотидов. Поэтому на иллюстрациях обычно принято обозначать экзоны намного более короткими, чем интроны. Хотя теперь вы знаете, что это не всегда так75.
147
Sakharkar M.K., Chow V.T., Kangueane P. Distributions of exons and introns in the human genome. In Silico Biol. 2004;4(4):387–93. PMID: 15217358. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15217358/
148
MLL (Gene). https://www.sciencedirect.com/topics/neuroscience/mll-gene.
149
Lamolle, G., Musto, H. Why Prokaryotes Genomes Lack Genes with Introns Processed by Spliceosomes?. J Mol Evol 86, 611–612 (2018). https://doi.org/10.1007/s00239–018–9874–4. https://link.springer.com/article/10.1007/s00239–018–9874–4
150
Liti, G. (2015). The fascinating and secret wild life of the budding yeast S. cerevisiae. eLife, 4. doi:10.7554/eLife.05835.
151
Fraczek M.G.,
Ознакомительная версия. Доступно 15 страниц из 73
