Одной из серьёзнейших проблем отечественного флота XIX века было обеспечение его топливом. Кроме того, паровые суда требовали иного тылового обеспечения, требовались специальные предприятия для ремонта как самих кораблей, так и их силовых установок.
Если первые пароходы в качестве топлива использовали дрова, то уже в начале XIX века начинают использовать каменный уголь. Однако качество угля значительно различалось в различных месторождениях. Дальность плавания и скорость корабля зависели от этого показателя. Лучшими сортами угля являлись антрациты, добываемые в Уэльсе (Великобритания) на шахтах у г. Кардифф. Сдерживающим фактором в развитии паровой энергетики в России был недостаток качественного топлива. Для промышленности Петербургского района в первой половине XIX века топливо (уголь) завозилось из Британии. Разработкой донбасских месторождений начали заниматься только после возникновения угрозы разрыва с Англией в середине XIX века. Уголь, добываемый в то время на русских шахтах, значительно уступал по качеству британскому. Для снабжения топливом кораблей российского флота в Тихом океане приходилось организовывать силами корабельных экипажей добычу угля на о. Сахалин и в заливе Посьета. Хотя уголь этот был низкого качества, но залегал недалеко от поверхности, и его добыча позволяла снизить расходы на содержание кораблей в отдалённых районах страны. Одной из причин, вызвавшей интерес к занятию Приморья, было то, что в районе Сучана (ныне Партизанска) имелись месторождения каменного угля.
Поскольку запаса топлива хватало лишь на несколько дней плавания под парами, то начинается захват океанских островов и заморских территорий великими державами для создания на них угольных станций.
Для действий на океанских коммуникациях строились крейсерские суда различной конструкции, сначала из дерева, а затем композитные и металлические. К ним относились парусно-винтовые клипера (корабли 2-го ранга)[7] и корветы, а также броненосные и бронепалубные фрегаты (корабли 1-го ранга). В 80-е гг. XIX века все эти классы кораблей были объединены в единый класс крейсеров, официально утверждённый в 1892 г. Недостатком российских кораблей этого класса была скорость, не превышающая скорость крупных коммерческих судов. Броненосные крейсера строились с расчётом наиболее возможной автономности для действий в условиях отсутствия заграничных баз у нашего флота. Поэтому на них до конца XIX века сохранялось парусное вооружение.
Одним из важных элементов морской мощи государства, резервом его ВМФ, является торговый флот, однако в России его развитие не соответствовало требованиям времени. Правительство пыталось принимать меры, но слабая судостроительная база страны не позволяла развернуть массового строительства коммерческих судов. Крупнейшие судостроительные заводы занимались созданием кораблей для военно-морского флота, а имевшиеся заводики коммерческого судостроения имели малые мощности и строили небольшие суда. Значительное количество судов, занимавшихся морскими перевозками, находилось на Каспийском море (в 1898 г. на внешних морях — 391 пароход, а на Каспии — 213). Суда были небольших размеров, количество судов водоизмещением более 2000 т под российским флагом составляло всего 16 единиц. Из 600 паровых судов, поступивших в русский коммерческий флот с 1880 по 1905 г., только 150 было построено на отечественных верфях. Эксплуатация российских судов обходилась минимум на 23% дороже, чем судна аналогичного водоизмещения за границей. Перевозки грузов в российских портах осуществлялись в основном на иностранных судах. В 1882 г. из 12 200 судов, заходивших в российские порты, только 1400 были под российским флагом. Государство было заинтересовано в развитии коммерческого флота — ведь транспортный флот в годы войны использовался для перевозки войск, а его суда переоборудовались во вспомогательные корабли обеспечения (штабные, госпитальные, плавбазы, топливозаправщики). Переоборудовались крупные транспортные суда и в боевые корабли — вспомогательные крейсера. Этот класс кораблей предназначался для нарушения океанских коммуникаций противника, и большинство пригодных для этих целей кораблей входили в состав Добровольного флота. Он был создан для создания резерва судов, пригодных для оборудования в военные корабли, 11 апреля 1878 г. Сумма пожертвований на его создание составила более 2 млн. руб., при этом более 500 рублей внесли всего 42 человека. В первую очередь закупались на добровольные пожертвования крупные быстроходные суда, в мирное время занимавшиеся перевозкой грузов на Дальний Восток. Для приобретаемых Добровольным флотом судов устанавливались следующие требования: скорость не менее 13 узлов; возможность установки 8-дюймовых орудий; запас угля на 20 дней плавания полным ходом и стоимость не более 650 тыс. рублей. Впервые в качестве вспомогательных суда Добровольного флота были использованы для обеспечения действий эскадры адмирала С.С. Лесовского в 1880 г., во время обострения отношений с Китаем.
Царское правительство проявляло заботу о развитии транспортного флота, хотя и далеко не достаточную. Поэтому в случае угрозы военных конфликтов приходилось прибегать к закупке предназначенных для переоборудования судов за границей. Так пришлось действовать во время войны с Турцией в 1877—1878 гг. и во время Русско-японской войны. Резерв для флота могли бы составить рыбопромысловые суда, но большая часть рыболовецкого промысла осуществлялась на парусных лодках в прибрежной зоне. Только с конца XIX века начинается строительство рыболовных и промысловых судов для добычи морского зверя. Так, в конце века только в промысле рыбы в Амурском регионе участвовали 5 пароходов, 16 паровых и 14 моторных катеров, 14 парусно-моторных и 6 парусных шхун, а также 1000 мелких судов. Эти корабли и суда могли бы привлекаться для создания сил флота для решения таких задач, как борьба с минами. Особое значение для России с её замерзающими морями имело развитие такого класса кораблей, как ледоколы. Так, построенный по идее С.О. Макарова ледокол «Ермак» сделал Кронштадт доступным для судов круглый год. Для Владивостока был построен ледокол «Надёжный», прибывший в порт 23 мая 1897 г.
В 1891—1897 гг. во Владивостоке был построен сухой док цесаревича Николая длиной 183 м, но судоремонтные возможности порта оставались недостаточными, для ремонта крупным тихоокеанским кораблям приходилось уходить или в Японию, или на Балтику. С 1890 г. начинается строительство приморской крепости во Владивостоке. В 1889 г. 11 сентября правительственным указом Владивосток был преобразован в крепость 4-го разряда. Начинается возведение цепи фортов для защиты города со стороны суши. До этого в 1870—1888 г. шло строительство береговых батарей для защиты от нападения с моря. По табели 1893 г. предполагалось иметь в её гарнизоне две бригады с частями усиления и 189 орудий. Недостатком береговых батарей крепости было то, что они были сосредоточены на берегах пролива Босфор Восточный и не защищали город от обстрела из Уссурийского залива.
Во второй половине XIX века постоянной практикой станет посылка корабельных соединений в дальние походы — в Средиземное море и в Тихий океан. Эти походы станут школой подготовки моряков и командиров кораблей. Наибольшей интенсивности эти походы достигнут на рубеже веков. Так, в январе 1902 г. в плавании находилось 44 военных корабля. Однако, несмотря на активные походы большого числа кораблей, уровень подготовки морских офицеров продолжал оставаться недостаточным. Особенно слабо была развита у русских морских офицеров самостоятельность и активность в достижении поставленных целей.
