Самым важным свидетельством того, что Беломорская флотилия была создана как военно-морское соединение, является факт поднятия на ее кораблях бело-сине-красного флага, который до 1705 года был исключительно военно-морским. И только с введением на Военно-морском флоте России Андреевского флага он стал специальным флагом российских торговых судов.
Уезжая из Архангельска в 1693 году, Петр Первый свой трехцветный с орлом штандарт, впервые затрепетавший над волнами Белого моря, передает как дорогую реликвию архиепископу Холмогорскому и Важскому Афанасию. Поморский владыка по достоинству оценил царский дар и определил ему почетное место в крестовой архиерейской церкви. Позднее штандарт Петра Великого был перенесен в Архангельский кафедральный собор, где своим присутствием напоминал об истоках Военно-морского флота России.
17 (28) декабря 1700 года по указу Петра Первого в 19 километрах от Архангельска на взморье была заложена Новодвинская (Петропавловская) крепость. Это была первая в России морская крепость бастионного типа. Внутри беломорской цитадели находились казармы для гарнизона, дом коменданта и деревянная церковь во имя апостолов Петра и Павла, поэтому крепость первоначально называлась Петропавловской. 25 июня 1701 года под стенами строящейся крепости была одержана первая военно-морская победа над шведами в Северной войне (1700–1721). В ходе сражения были захвачены два корабля с флагами, артиллерией, боеприпасами, продовольствием и одной шлюпкой. Царь, получивший донесение об этой славной виктории, поделился радостью с главным начальником Адмиралтейского приказа бывшим двинским воеводой Ф. М. Апраксиным. Письмо начиналось восторженной фразой: «Я не мог Вашему превосходительству оставить без ведома, что ныне учинилося у города Архангельскова зело чудесно».
В 1702 году Петр Первый в третий раз посетил Архангельск. С ним прибыли четыре тысячи солдат-преображенцев и многочисленная свита. Около трех месяцев находился царь в Архангельске. Это было самое продолжительное его пребывание на Русском Севере. Времени зря он не терял: при нем было спущено на воду два фрегата и заложен еще один — 26-пушечный.
В августе морская флотилия из 13 кораблей, половина которых была архангельской постройки, отправилась в Соловецкий монастырь, а затем к поморскому селу Нюхча. К этому времени через леса и топи северными крестьянами и солдатами была проложена «осударева дорога» к городу Повенцу. Строительством этой дороги руководил сержант гвардейского Преображенского полка Михаил Щепотев (Щепотьев). Корабли «Курьер» и «Святой дух», установленные на специальных полозьях и закрепленные многочисленными канатами, по-бурлацки тянули по мостовому настилу сотни лошадей и около двухсот крестьян и солдат. Это была грандиозная картина. Весь 160-верстный путь занял десять суток, днем и ночью (тем более что северные ночи светлые) продолжался этот беспримерный по трудности переход. По «осударевой дороге» прошли петровские войска, а протащенные на бревенчатых катках из Белого моря в Онежское озеро фрегаты совершили затем переход по реке Свири в Ладожское озеро. По шведским крепостям был нанесен внезапный и успешный удар. Возвращение России захваченной шведами в 1611 году крепости Орешек, которую Петр Первый переименовал в Шлиссельбург (Ключ-город), существенно изменило военное положение страны. Внесшие достойный вклад в эту победу два военных фрегата северной постройки вошли в состав будущего Балтийского флота.
В годы Северной войны на Соломбальской верфи продолжалось строительство военных судов — линейных кораблей, фрегатов. В 1710 году фрегаты «Святой Илья» и «Святой Петр» на пути из Архангельска в Копенгаген загнали в шхеры шведскую бригантину и захватили два корабля. На следующий год они пленили еще три шведских торговых судна, а фрегат «Святой Павел» взял на абордаж 11-пушечный капер, занимавшийся грабежом купеческих судов с военными припасами на пути Лондон — Амстердам — Архангельск. Русский посланник в Копенгагене князь Долгоруков воскликнул тогда: «Слава больше прибыла, где от начала света русские фрегаты не бывали, ныне воюют».
Всего за годы Северной войны на Соломбальской верфи было построено семь линейных кораблей (52-пушечных), четыре фрегата (32-пушечных — три, 24-пушечных — один). Эти суда отличались превосходными мореходными качествами. Четыре линейных корабля («Рафаил», «Ягудиил», «Уриил» и «Варахаил») под командованием Д. А. Сенявина участвовали в знаменитом сражении у острова Эзель (Сааремаа) в мае 1719 года. Здесь была одержана первая победа русских кораблей в открытом море без абордажа, которую Петр Первый назвал «добрым почином Российского флота».
Основу молодого Балтийского флота составляли галеры. Отметим, что история строительства русского галерного флота также неразрывно связана с Русским Севером.
Еще в 1694 году Петр Первый заказал в Голландии постройку 32-весельной галеры. В 1695 году она была переправлена из Амстердама в Архангельск. Этот необычный заказ осуществил большой друг царя Петра — судовладелец и амстердамский бургомистр Н. Витсен. В разобранном виде судно было перевезено в село Преображенское. Сюда же доставили вологодских плотников, бывших с царем во время первого похода под Азов. Под руководством голландского мастера они изготовили детали и части для двадцати двух новых галер. Царскую галеру, названную «Принципиум», что в переводе с латыни означает «основа», «начало», «руководящая идея», собирал опытный вологодский плотник Осип Щека «с товарищи 24 человека». 3 апреля 1696 года эта сорокаметровая галера была спущена на воду в Воронеже.
Матросов на боевые галеры и другие военные корабли в основном набирали с Русского Севера — Беломорья. В 1713–1714 годах на российский флот было призвано 1550, а в 1715 году — две тысячи поморов. Процитируем один из петровских указов (от 3 декабря 1713 года), выданный капитану-поручику И. А. Сенявину: «Ехать ему ж к городу Архангельску и, приехав, как там у города, так в Колмском и в Сумском острогах и в других местах, где есть лутчие работники, которые ходят на море за рыбным и звериным промыслом на качах, морянках и протчих судах, набрать в матрозы четыреста человек…» Поморы не подвели, они своими умелыми действиями и мужеством принесли славу и победы молодому Балтийскому флоту. Приведем слова российских академиков Д. Лихачева и В. Янина: «Европа удивлялась, каким образом мелкие петровские весельные суда — галеры смогли одолеть первоклассный парусный флот Швеции в битве при Гангуте? Как могла осуществиться эта первая беспримерная победа России на Балтийском море? Причин можно назвать немало, но одна из главных заключалась в том, что на веслах сидели поморы…»
Вернемся к деятельности Соломбальской судоверфи, которая с середины XVIII века стала именоваться Архангельским адмиралтейством. После окончания Северной войны (1721) она была временно закрыта. В 1733 году Архангельское адмиралтейство возобновило свою работу. За время существования верфи было построено около семисот больших и малых морских судов.
Архангельское адмиралтейство занимало ведущее место среди судостроительных предприятий страны и интенсивно строило военные корабли для Беломорской флотилии и Балтийского флота. Историк В. А. Пальмин тщательно исследовал каждый этап деятельности самого северного адмиралтейства. Так, за 10 лет правления Анны Иоанновны (1730–1740) в Соломбале было построено 8 линейных кораблей (53 % от общего числа построенных в России) и 5 фрегатов (100 %), за годы царствования Елизаветы Петровны (1741–1761) — 27 линейных кораблей (67 %) и 8 фрегатов (100 %).
