Первой боевого успеха на Балтике добилась подводная лодка С-11 (командир капитан-лейтенант А.М. Середа, на борту командир дивизиона капитан 3 ранга И.Н. Тузов), которая 19 июля 1941 года торпедировала и потопила в районе Паланги вражеский сетепрорыватель №-11. 10 августа в том же районе подводная лодка С-4 (командир капитан-лейтенант Д.С. Абросимов) потопила танкер противника «Kaiy».
После захвата противником Либавы, Риги, Таллинна и выхода его частей на южное побережье Финского залива подводные лодки стали базироваться на Ленинград и Кронштадт. Теперь, чтобы выйти на основные морские коммуникации в Балтийском море, им надо было пройти узкий и мелководный Финский залив, контролируемый неприятельскими береговыми наблюдательными постами и корабельными дозорами. Наши подводные силы понесли потери, многие подводные лодки получили серьезные повреждения и стали на ремонт, число боевых выходов резко сократилось. С 28 августа 1941 года в действиях подводных лодок наступил перерыв.
Противник не ослаблял усилий в своем стремлении прорваться к Ленинграду. Для ускорения продвижения на восток ему нужно было новое пополнение, требовалось усиленное снабжение войск оружием, боеприпасами, продовольствием. Ограниченные возможности шоссейных и железных дорог Прибалтики сдерживали решение этой задачи, и в сентябре враг активизировал морские перевозки. Еще более актуальной стала задача поиска и уничтожения вражеских судов в Балтийском море. Для улучшения управления боевой деятельностью подводных лодок все они были объединены в одну бригаду, состоявшую из семи дивизионов. Командиром бригады был назначен Герой Советского Союза капитан 1 ранга Н.П. Египко (вскоре его сменил Герой Советского Союза капитан 2 ранга А.В. Трипольский, а в марте 1942 года командиром бригады стал капитан 1 ранга А.М. Стеценко). Нарезка районов боевых действий подводных лодок была изменена: упразднены позиции в Финском заливе, уменьшено число позиций в Рижском заливе (оставлена одна позиция), в Балтийском море вместо 12 позиций стало семь. Размеры позиций были увеличены, что приблизило действия подводных лодок к методу крейсерства в ограниченных районах.
На втором этапе боевых действий было решено направить в Балтийское море четыре подводные лодки: Щ-320, Щ-322, Щ-323, С-8. Первой 20 сентября вышла Щ-320 (командир капитан-лейтенант И.М. Вишневский). Она должна была определить возможность форсирования Финского залива и, решив эту задачу, действовать в Данцигской бухте. Выйдя в Балтийское море, Щ-320 донесла об этом по радио в штаб. Однако радиограмма не была принята, и остальные подводные лодки вышли в море только через две недели. За это время Щ-320 успела потопить транспорт «Holland» (990 брт).
Из трех подводных лодок в район боевых действий удалось дойти лишь Щ-323, подводные лодки Щ-322 и С-8 погибли, подорвавшись на минах в Финском заливе. 10 ноября после месячного пребывания в море Щ-323 благополучно вернулась в Кронштадт. За успешные боевые действия Президиум Верховного Совета СССР наградил подводную лодку Щ-323 орденом Красного Знамени.
Для минных постановок на Балтийском флоте в начале войны могли быть использованы лишь три подводные лодки: Л-3, «Калев» и «Лембит». Подводные лодки Л-1 и Л-2 находились в капитальном ремонте. В ноябре 1941 года Л-1 затонула на Неве от повреждений, полученных при артиллерийском обстреле Ленинграда. Подводные лодки «Калев» и «Лембит» могли ставить только мины «Motala» английского производства.
Подводная лодка Л-3 (командир капитан 3 ранга П.Д. Грищенко) вышла в море в первый же день войны. Вначале ей была поставлена задача нести дозор в районе маяка Стейнорт. Однако 26 июня она получила по радио приказание перейти в район Мемеля для постановки мин. Прибыв в назначенный район, командир подводной лодки обнаружил транспорт, следовавший из Мемеля, и вскоре еще один, шедший навстречу первому. Движение транспортов свидетельствовало о наличии фарватера, которым пользовались суда противника, а место постановки мин, указанное в радиограмме, находилось в стороне от него. Выполняя боевой приказ, командир лодки поставил мины в указанном ему месте. В довоенные годы минные постановки предполагалось производить централизованно, по заранее составленным планам. Однако опыт Л-3 убедительно показал, что это не всегда целесообразно.
В июле 1941 года Л-3 вышла на минную постановку в район Данцигской бухты. С прибытием в район Л-3 в течение двух суток вела разведку района. 19 июля в 08.00 были обнаружены два тральщика противника, осуществляшие контрольное траление. После ухода тральщиков Л-3 выставила на протраленном фарватере минное заграждение, после чего отошла в сторону. В 19.00, когда подводная лодка находилась в семи милях от района минной постановки, в отсеках услышали сильный взрыв. В направлении поставленных мин в перископ был виден столб черного дыма. Спустя час после взрыва в том же направлении были слышны взрывы глубинных бомб: противник решил, что в районе фарватера действует советская подводная лодка. Второй поход Л-3 подтвердил целесообразность предоставления командирам подводных лодок инициативы в выборе мест постановки мин. В октябре-ноябре на минах, поставленных Л-3, подорвались транспорты противника «Henni», «Polluks», «Egeray» и траулер «Gunter».
В августе 1941 года в поход вышла подводная лодка «Лембит» (командир капитан-лейтенант В.А. Полещук), которая должна была поставить мины в южной части Балтийского моря. Прибыв в назначенный район, командир произвел разведку к западу от о. Борнхольм и, воспользовавшись предоставленным ему правом, поставил мины на выявленных путях движения транспортов противника. Было выставлено пять минных банок с интервалом 8-12 кабельтов, по четыре мины в каждой банке. На минах, поставленных подводной лодкой, подорвались три судна: транспорт с 9000 тонн железной руды, учебное судно «Deutchland» и морской железнодорожный паром «Shtarke».
В августе 1941 года подводная лодка «Калев» (командир капитан-лейтенант Б.А. Ныров) произвела постановку десяти мин тремя банками в районе Овиши — Ужава. 26 сентября здесь подорвалась немецкая плавбаза «Mozel», а в ноябре — транспорт «Espirait», получивший пробоину при взрыве мины, выбросился на побережье.
Всего за кампанию 1941 года подводные лодки Балтийского флота совершили 82 Боевых похода (56 — в Финский залив, 26 — в Балтийское море), большинство из которых (58) — для действий на морских коммуникациях противника. В результате 40 торпедных атак были уничтожены 5 транспортов, 2 танкера и подводная лодка, один транспорт поврежден. В большинстве случаев стрельба велась одиночными торпедами, лишь подводная лодка Щ-301 атаковала цель залпом из двух торпед. Минными заградителями было поставлено 90 мин, на которых подорвались 7 транспортов, тральщик и учебный корабль противника.
Действия подводных лодок Балтийского флота на морских коммуникациях в 1941 году сыграли положительную роль. Они не только заметно ограничили свободу плавания вражеских транспортных судов, но и заставили противника выделить значительные силы и средства для защиты своего судоходства.
