В 1827 г. в Джунгарии началось антикитайское восстание под руководством Ходжи Джагангира. Китайские гарнизоны в крепостях Хотана, Яркенда и Янги-Гиссара были перебиты. В городе Кашгар китайцы держались 70 дней, а затем их постигла та же участь.
В 1828 г. сильное китайское войско вторглось в Джунгарию. Повстанцы были разбиты, а Ходжи Джагангир схвачен и казнен.
Но в начале 60-хгодов XIX века началось новое мощное антикитайское восстание, во главе которого стал Бузрук-Ходжа — сын Джагангира. Китайцы были изгнаны из Кашгарии, но властвовать Бузрук-Ходже пришлось недолго. Власть захватил его сподвижник Якуб-бек. Он существенно расширил свои владения, овладел городами Кучи, Курли, Карашаром, Куня-Турфаном и другими.
Поначалу Якуб-бек ограничивался титулом бадаулета, что означало «счастливый». Якуб-бек начал получать помощь от англичан и турок. Англичане везде старались навредить и русским, и китайцам, а турки мечтали создать против России единый мусульманский фронт, благо, султаны по-прежнему претендовали на роль духовной власти над всеми мусульманами. Англией и Турцией Якуб-бек был признан эмиром Джиты-шаара. (Семиградия — так стала называться Кашгария после занятия Якуб-беком Карашара; до этого страну называли Алты-шаара — Шестиградия).
Летом 1873 года в Кашгарию (Восточный Туркестан) прибыло из Индии английское посольство, которое торжественно было принято Якуб-беком. Англичане вручили ему письмо от королевы Виктории и ценные подарки: батарею артиллерийских орудий, партию винтовок и крупную сумму денег. Формально оружие шло от турецкого султана Абдул Азиза. Якуб-бек заключил с англичанами кабальный договор, предоставив им право экстерриториальности. Английские посланники разъезжали по малоизвестной для них стране, все разведывали и разнюхивали, в особенности их интересовали дороги, ведущие к русской границе. Англичане построили для Якуб-бека несколько оружейных мастерских, рассчитывая использовать Якуба и против России, и против Китая — смотря по ситуации.
Туркестанский генерал-губернатор Кауфман неоднократно называл государство Якуб-бека «излюбленным детищем англичан».
Александр II повелел закрыть Якуб-беку и англичанам путь на север. Причем, как и во многих других операциях в Средней Азии, авторство ее было приписано местным властям, в данном случае — Кауфману. В 1870 году войска генерала Г. А. Колпаковского заняли Музартский перевал на Тянь-Шане, а летом 1871 года — город Кульджу и весь Илийский край. За эту операцию Колпаковский получил орден Святого Георгия 3-й степени.
Район этот представлял собой гористую местность, изрезанную долинами реки Или, впадающей в озеро Балхаш. Иногда Илийский край называли Кульджинским краем по названию главного города Кульджа (Инин).[3]При этом Министерство иностранных дел России уведомило китайское правительство, что эта область будет возвращена Китаю, как только китайское правительство окажется в силах поддерживать в ней свою власть. Целью оккупации Илийскойго края было стремление царского правительства подавить восстание и не допустить егораспространения на русские владения в Средней Азии, восстановить выгодные торговые отношения с западными частями Китайской империи и предотвратить захват Кульджи Якуб-беком.
Якуб-бек не рискнул начать войну с Россией, и в 1872 г. вступил в переговоры с Кауфманом и даже заключил с ним взаимовыгодный торговый договор.
Оккупационные военные власти пытались придать русскому господству в крае постоянный характер, но получили указание из Петербурга «избегать всяких мер, клонящихся к упрочению нашего владычества в Илийском крае».
В начале 1870-х годов маньчжурские (китайские) войска начали наступление на владения Якуб-бека. Однако продвигались они очень медленно. В 1877 г. Якуб-бек умер, в войсках начался разброд, и уже в следующем, 1878 г. маньчжуры окончательно захватили Кашгарию. Во многих местностях маньчжурские войска поголовно истребляли восставших жителей, обращая страну в пустыню, что вызвало протесты туркестанского генерал-губернатора Кауфмана, опасавшегося, что в результате такой резни пострадает в будущем русская торговля в Западном Крае. Свыше четырех тысяч дунган, спасаясь от истребления, в жестокие январские морозы 1878 г. бежали через горные проходы в русские пределы вместе со своим предводителем Биян-ху.
Теперь Россия должна была выполнить свое обещание и вернуть Китаю Илийский край. Для переговоров по этому вопросу в Петербург прибыл китайский посол — сановник Чун Хоу. Многие русские администраторы советовали правительству оставить Илийский край за Россией, тем более что тамошнее местное население, состоявшее из различных народностей, и в особенности уйгуры, в подавляющем большинстве с ужасом ожидали возвращения властей и войск маньчжурского правительства. Опасаясь всеобщей резни и полного физического истребления, население края умоляло русские войска не покидать его.
В сентябре 1879 г. Чун Хоу отправился в Ливадию, где отдыхал Александр II с княгиней Юрьевской. Там 20 сентября Чун Хоу и Н. К. Гирс подписали так называемый Ливадийский договор. Договор предусматривал передачу России небольшого западного участка Илийской долины, долины реки Текеса и Музартского прохода через Тянь-Шань. Город Кульджа с окрестностями возвращался Китаю. За расходы по оккупации и управлению Илийским краем Китай должен был выплатить России 5 млн. рублей. Договор предоставлял русским подданным право беспошлинной торговли в Монголии и застенном Западном Китае, разрешал отправку караванов не только через Калган на Тянь-цзинь, но, кроме того, через Цзяюй-Гуань (Сучжоу) на Ханькоу, предоставлял право вести торговлю в нескольких городах Китая, указанных в договоре. В городах Западного Китая и в Монголии учреждалось 7 новых русских консульств.
Однако Ливадийский договор не получил в Пекине одобрения. Недовольство китайского правительства было вызвано главным образом содержавшимися в договоре постановлениями об изменении границы в долине реки Текес. Китайское правительство отказалось ратифицировать Ливадийский договор. Дипломат Чун Хоу был присужден к смертной казни посредством отсечения головы. Командующий войсками в Западном Китае Цзо Цзун-тан призывал к войне с Россией. Под началом у Цзун-тана было 70 тысяч солдат, он предлагал собрать еще 200 тысяч и начать вторжение в Россию.
В ответ русское правительство увеличило сухопутные силы у западных границ Китая, а в Печилийский залив (ныне залив Бохайвань) была введена эскадра вице-адмирала С.С. Лесовского. В составе эскадры были новейшие броненосные фрегаты «Минин» и «Князь Пожарский», крейсеры «Европа», «Азия» и «Африка» и клиперы «Джигит», «Наездник», «Стрелок», «Пластун», «Крейсер», «Разбойник», «Забияка» и «Абрек».
Принятые меры несколько отрезвили горячие головы в Пекине. Чун Хоу был прощен, а в Петербург был отправлен новый посланник маркиз Цзен Цзи-цзе. 24 февраля 1881 г. между Россией и Китаем в Петербурге был подписан взамен Ливадийского новый договор. Русские власти отказывались от приобретений в долине Текеса и Сузартского перевала. За Россией остался западный клочок Илийской долины «для поселения в оной тех жителей этого края, которые примут российское подданство», иначе говоря, не пожелают жить под владычеством Цинской династии. Кроме того, для русских караванов по Петербургскому договору был сохранен лишь один путь, а именно через Калган и Тун-Чжоу в Тяньцзинь, а не два пути, как это предусматривалось Ливадийским договором. Русским подданным предоставлялось право отправляться для торговых дел в Сучжоу, но далее этого пункта русские караваны не имели права проходить. В этом состояло одно из отличий Петербургского договора от постановлений Ливадийского, согласно которому русским купцам разрешалось направлять караваны вплоть до Ханькоу. По новому договору сохранялась выговоренная Россией по Ливадийскому договору амнистия для участников восстания. Тем не менее, большая часть дунган и свыше 80 процентов уйгур при передаче Кульджи Китаю, опасаясь расправы, переселилась в русское Семиречье, где русские власти наделили их землей.