После Платонова тема Смуты — одно из самых плодотворных направлений исторической науки. Особенно много было сделано для изучения Смуты, начиная с 1970-х гг. Работы А. А. Зимина, В. И. Корецкого, Р. Г. Скрынникова и других исследователей были посвящены социально-политической борьбе в Смутное время, экономическому кризису и процессу крестьянского закрепощения, борьбе против иностранной интервенции. Оригинальную трактовку событий Смуты предложил В. Б. Кобрин. Ученый был убежден в «альтернативности исторического развития, возможности разных вариантов хода истории» и рассматривал перипетии Смуты как цепь упущенных возможностей для развития России по пути становления правовых и более цивилизованных отношений, нежели царившие в XVII–XVIII в. Ученый показал, что правление Бориса Годунова, Лжедмитрия I, Василия Шуйского и даже русско-польский договор о призвании на престол королевича Владислава содержали перспективы установления в России правового, а не авторитарного государства и открывали возможности культурного взаимодействия с Западной Европой. Избрание царя Михаила Романова было возвращением к прежнему идеалу самодержавного царства, шагом, отметающим перспективы модернизации государства и общества. Исследования А. Л. Станиславского детально раскрыли ту важнейшую роль, которую сыграло в событиях гражданской войны начала XVII в. казачество. В последние десятилетия были опубликованы интереснейшие исследования о Смутном времени — А. П. Павлова — о «государевом дворе» и политической борьбе при Борисе Годунове, И. О. Тюменцева — о Лжедмитрии II и так называемом «архиве» гетмана Я. П. Сапеги, В. И. Ульяновского — о роли Церкви в событиях Смуты, Ю. М. Эскина — о биографии князя Д. М. Пожарского, В. Н. Козлякова — о деятелях той эпохи и Смутном времени в целом. Изучение Смутного времени в настоящее время является одним из важнейших направлений исторической науки. Особенно оживились исследования, посвященные Смуте, в юбилейном, 2012 г. В Москве, Санкт-Петербурге, Ярославле, Рязани, Иваново, Галиче и в других городах прошли общероссийские международные научные конференции, посвященные Смутному времени. Год 400-летия преодоления Смуты принес много новых открытий и научных достижений в исследовании этого сложнейшего периода отечественной истории.
Наряду с исследованием причин и хода событий в Смутное время не менее активно изучается вопрос о его последствиях, своеобразных «уроках» Смуты. Глубокие общественные потрясения, через которые прошла Россия в начале XVII в., не разрушили общественного и государственного устройства страны, хотя и поставили его существование под угрозу. Между самодержавием Ивана Грозного и самодержавием царей XVII в. больше общего, нежели различного.
Историки сходятся в том, что политическим ориентиром для деятелей Второго ополчения и той общественной группы, которая оказалась во главе управления государством после освобождения Москвы от поляков, были времена «прежних царей». Освободители ориентировались даже не на конкретную эпоху или правителя, они стояли за «старину», представлявшуюся идеалом. Им виделась традиционная схема «Святорусского государства», во главе которого стоит «богоизбранный» и «богобоязненный» царь, который правит с «правдой» и щедростью по отношению к верным слугам и с «грозой» — к преступникам. В реальности подобная политическая идеология вела к восстановлению прежних самодержавных форм управления.
Между тем политические последствия Смуты сказывались не только в правление царя Михаила Федоровича, но ощущались еще и во времена cm преемника Алексея Михайловича. В первые десять лет царствования Михаила Романова практически не распускался Земский собор 1613 г. Причин этого было несколько. Во-первых, в событиях Смутного времени роль Соборов и земских советов существенно возросла. Преодоление разрушительных последствий Смуты не могло быть успешным без тесного союза царя с представителями «земли». Соборам приходилось принимать решения о весьма непопулярных мерах — введении экстренных налогов и сборов для ведения войны с поляками, шведами, казаками, атаманом Заруцким и другими врагами. Авторитет Соборов способствовал скорейшему воплощению этих решений в жизнь. Была и другая причина активности Соборов — царь Михаил был молод и неопытен, до тех пор пока из польского плена не возвратился Филарет Романов, земские выборные были верными советниками государя и оказывали значительное влияние на дела управления.
Другим, уже отрицательным, политическим следствием Смуты явилось распространение самозванчества. Вплоть до середины XVII и. в народе еще жила вера в «доброго царя Дмитрия». Несмотря на то что претендентов на это имя в правление Михаила и Алексея Романовых не появлялось, тень «царя Дмитрия» объединяла недовольных, наводя угнетенных на мысли о возмездии. При царе Михаиле появились три самозванца — двое из них принимали имя «царевича Ивана Дмитриевича», несчастного «Воренка», казненного в Москве в 1614 г., а еще один назвался именем никогда не существовавшего «царевича» Семена Шуйского, якобы сына царя Василия. Один из «Иванов» и «Семен Шуйский» действовали в Речи Посполитой, а другой «царевич» (казачий сын Иван Вергуненок) — в Крыму. Об их приключениях можно узнать лить из дипломатических документов, внутри страны новые самозванцы не были известны. Гораздо опаснее для царя было явление «царевича Алексея Алексеевича» на стругах Степана Разина в 1670 г. Вместе с лжецаревичем на стороне казачьего атамана выступал и лжепатриарх — «Никон». Наконец, наиболее масштабным было восстание Емельяна Пугачева, принявшего имя «императора Петра Федоровича» и в течении трех лет сотрясавшего основы государства. XVIII в. породил большое число самозванцев, принимавших имя Петра III и действовавших на огромных пространствах от Сибири до Черногории.
В сфере внешней политики Смута имела своими последствиями неизбежные территориальные потери и упадок престижа России. Длительное время Москве пришлось обороняться от претензий польского королевича Владислава на русский престол. Русско-польские войны первой четверти XVII в. повлекли за собой новые жертвы, но так и не решили главной задачи — возвращения Смоленска и западных русских земель. Попытка отвоевать Смоленск в 1632–1634 гг. также не удалась — сказывалась военная и экономическая отсталость России, вызванная разрухой Смутного времени. Мир с Польшей и Швецией был достигнут ценой русских земель, отданных противникам. И если Смоленск и Северская земля были возвращены во время русско-польской войны 1654–1667 гг., то за северные русские земли, в том числе за выход к Балтийскому морю, изнурительную Северную войну вел уже Петр I.
В то же время польское и шведское вторжения объективно способствовали расширению дипломатических контактов Российского государства. Правительство Михаила Федоровича в поисках посредников для примирения с соседними державами было вынуждено обратиться не только к Англии, торговые и внешнеполитические отношения с которой были установлены еще при Иване Грозном, но и к таким европейским странам, как Голландские штаты, Дания и Франция. С целью найти союзника в борьбе с Польшей было отправлено посольство в Турцию.
Тяжелыми были и экономические последствия Смуты — хозяйственное разорение и запустение городов и сельскохозяйственных угодий, обнищание торгово-ремесленного сословия. Правительству царя Михаила Федоровича пришлось вести долгую и тщательную работу по возрождению российской экономики. Восстановление народного хозяйства шло тем успешнее, что в стране наконец воцарились долгожданный мир и спокойствие. В результате уже в конце 1620-х гг. Россия настолько укрепила свою экономику, что вышла на мировой рынок как крупнейший поставщик хлеба. Русское зерно покупали сотнями тысяч пудов крупнейшие европейские державы — Дания, Швеция, Англия, Голландия, Голштиния и Франция.