Эта группа получила название 90-й отдельной дальнеразведывательной эскадрильи особого назначения. Вскоре к Ту-16Р присоединились два самолета радиотехнической разведки Ан-12РР, а 19 августа 1968 г. — три Бе-12 из состава черноморского 318-го оплап дц (командир группы — подполковник В.И. Элян).
Самолеты с опознавательными знаками АРЕ перегонялись на аэродром Каир-Западный через Венгрию и Югославию. Впоследствии их перебазировали поближе к береговой черте на аэродром Мерса-Матрух. Прибывшие экипажи уже через неделю приступили к полетам на новом месте базирования, правда, из-за непривычной жары летать старались в основном в утренние часы.
Через два месяца, проведя ряд учений, Бе-12 совместно с противолодочным крейсером «Москва», БПК «Решительный» и «Отважный» участвовали в первой поисковой операции в Средиземном море.
В марте — апреле 1970 г. группа участвовала в самых крупных в истории ВМФ СССР маневрах «Океан», проходивших в акваториях практически всех морей и океанов. Летающие лодки приняли участие в крупной поисковой операции в Средиземном море, в которой участвовали противолодочные крейсеры «Москва» и «Ленинград» (на них базировались 28 корабельных вертолетов Ка-25ПЛ), 20 надводных кораблей и 10 ПЛ. Бе-12 произвели 10 самолето-вылетов с аэродрома Мерса-Матрух, выставили 360 буев. За обнаруженной на одном из барьеров подводной лодкой слежение продолжалось 12 мин, после чего контакт передали корабельным вертолетам. В июне 1971 г. Бе-12 в Египте сменили самолеты Ил-38.
Первых обнаружений ПЛ на ТОФ экипажи Бе-12 добились в 1968 г. в Японском море, на БФ — в 1973 г. визуально, на СФ сразу по прибытии самолетов на флот — в 1968 г. По мере накопления опыта увеличивались масштабы работы. Одна из операций прошла 18–23 августа 1974 г. в Баренцевом море. Она началась с постановки полей радиогидроакустических буев в заданном районе. Одному из экипажей удалось установить контакт с неопознанной подводной лодкой и передать его корабельной поисково-ударной группе, которая его сразу же потеряла.
Летчики, выставив перехватывающий барьер из буев, восстановили контакт и еще дважды пытались передать его надводным кораблям, но безуспешно. Позже в район прибыли самолеты Ил-38 и Ту-142. В итоге самое длительное в истории противолодочной авиации слежение продолжалось 59 ч 15 мин, из них самолетами и вертолетами — 58 ч. Было израсходовано 1682 буя, установлено 90 контактов.
Надо отметить, что кроме авиации флота амфибии с 1971 по 1983 г. эксплуатировались и в ВВС — в 163-м учебном авиационном полку (уап), а затем в составе эскадрильи — в 130-м уап Ворошиловградского высшего военного авиационного училища штурманов. На них обучались курсанты по профилю ПЛО.
Общий налет авиации ВМФ на боевой службе по поиску ПЛ с 1965 по 1981 г. составил 81 124 ч, из которых 37 205 ч пришлось на долю Бе-12. Пик активности применения Бе-12 на боевой службе пришелся на 1989–1990 гг. В 1989 г. экипажи Бе-12 обнаружили 29 иностранных подводных лодок. После распада СССР количество вылетов на боевую службу резко сократилось. Одновременно начался вывод самолетов этого типа в резерв.
В 1992 г. приказом ГК ОВС СНГ № 144 Бе-12 был снят с вооружения, хотя машины в частях продолжали эксплуатироваться до выработки ресурса. На этот момент Бе-12 использовали в следующих частях и подразделениях авиации ВМФ: в 555-м инструкторско-исследовательском противолодочном авиационном полку и 316-й отдельной противолодочной эскадрилье 33-го Центра боевого применения (аэродромы Очаков и Кульбакино), в 403-м оплап авиации КСФ (аэродром Североморск-2), в 318-м оплап дц авиации КЧФ (аэродром Донузлав в Крыму), в 49-й оплаэ авиации ДКБФ (аэродром Коса под Балтийском), в 289-м оплап авиации КТОФ (аэродром Николаевка в Приморье), в 317-м отдельном смешанном авиационном полку авиации КТОФ (аэродром Елизово под Петро-павловском-Камчатским).
Летный состав в целом положительно оценивал самолет-амфибию, нарекания вызывал высокий уровень шума и вибраций в кабине, а также недостаточный обзор. Для технического состава наземное обслуживание машины не представляло серьезных трудностей, тем более что доступ ко многим агрегатам и блокам, располагавшимся открыто на этажерках по бортам лодки, был свободным. Отмечалась и фирменная «бериевская» прочность планера Бе-12.
В подтверждение можно привести случай, имевший место в 49-й оплаэ. После продолжительного периода полетов с воды летчики привычно посадили свой Бе-12… на бетонную ВПП с убранным шасси! В результате такой посадки самолет стесал первый редан, но был восстановлен в технико-эксплуатационной части эскадрильи и продолжал успешно летать.
Амфибии весьма интенсивно эксплуатировались на всех флотах. Эта замечательная машина стала настоящей «рабочей лошадкой» морской авиации. Только за пятнадцать лет (с 1974 по 1988 г.) Бе-12 налетали более 182 тыс. ч, поэтому, естественно, не обошлось и без летных происшествий различной тяжести.
Первый самолет в строевой части был потерян в ночь на 26 сентября 1969 г. на ТОФ. Бе-12, базировавшийся на Елизово, выполняя в сложных метеоусловиях выход на бомбардировочный полигон на высоте 2100 м, из-за халатности руководителя полетов врезался в склон вулкана Авачинская сопка (высота 2750 м). Экипаж погиб.
Ночью 1 октября 1970 г. при взлете в Донузлаве (Крым) разбился Бе-12 318-го оплап ЧФ (серийный № 6600503, бортовой № 61). Экипаж под командованием капитана В.Ф. Жильцова погиб. По официальной версии, причиной стало столкновение со стаей птиц.
3 июня 1971 г. на полевом аэродроме Леонидово командир отряда 289-го оплап ТОФ майор А.И. Жиляков при рулении в спешке не включил систему торможения и не проверил работоспособность управления хвостовым колесом. В результате амфибия развернулась на 180° и столкнулась с рядом стоящим самолетом. Обе машины (серийные номера 9601401 и 0601903) сгорели, экипаж рулившего Бе-12 получил ожоги, а штурман скончался в госпитале.
20 июля 1972 г. потерпел катастрофу Бе-12 (серийный № 7600803, бортовой № 29) командира 318-го оплап ЧФ подполковника Ф.И. Пономаренко. Днем в простых метеоусловиях при штилевом море, выполнив задание по поиску ПЛ, командир решил выполнить тренировочную посадку и взлет в море. После плавного приводнения при скорости 160 км/час самолет носовой частью столкнулся с посторонним плавающим предметом и получил пробоину. Под напором поступающей воды передняя кабина разрушилась, самолет перевернулся.
Три члена экипажа погибли, лишь майор В.Н. Чуприн, находившийся в кормовой кабине на месте радиста, остался невредим и был подобран с воды кораблями. В районе происшествия нашли дубовую колоду для разделки мяса, окованную железными обручами, которая плавала в полузатопленном положении. Ее и сочли причиной катастрофы.
Еще одна катастрофа произошла 9 августа 1974 г. В ходе учений флота экипаж Бе-12 командира эскадрильи 318-го оплап ЧФ майора В.К. Денисова выполнял поиск подводной лодки ночью на высоте 300 м. В районе поиска находились еще две амфибии. В 4 часа 50 минут Денисов доложил об обнаружении ПЛ. По требованию командного пункта в 4 часа 54 минуты экипаж подтвердил координаты лодки и начал выполнение левого разворота, а в 4 часа 55 минут с Бе-12, которым командовал летчик Строкин, с высоты 600 м обнаружили горящий на воде самолет в 4 км от ПЛ, который быстро затонул.
