Во время вышеупомянутых раскопок поверх древнейшего культурного слоя была обнаружена массивная каменная стена. Она была построена из красноватого известняка — строительного материала, который во многих точно датированных новгородских церквях появляется не позднее XIV века. Также при ранних проломах городского вала констатировали остатки каменных конструкций, но только теперь впервые смогли установить, что речь не шла о башенном фундаменте или поддерживающих конструкциях земляного вала, а дело имели с остатками каменной стены. В 1335 году летописи впервые упоминают городскую стену из камня. Стена не имеет какой-либо единой истории, она строилась кусок за куском; отдельные части поздние и относятся к концу XV века, а на некоторых отрезках никогда не было ничего, кроме земли и деревянных укреплений. Городская стена была оборудована башнями, из которых уцелела лишь одна, прочная круглая башня в южном конце вала Софийской стороны.
После того как Новгород утратил свою независимость в 1478 году, роль руководителя строительства перешла к великому князю Московскому. Самое позднее — в начале XVI века изрядно обветшавшая стена была превращена в земляной вал, который до сих пор удивляет своими размерами. Он был увенчан бревенчатой стеной с крытыми галереями для стрелков и оборудован воротной башней из камней и бревен.
Подобно большинству других древнерусских городов Новгород имел обнесенный стеной внутренний город, кремль. Древнейшее летописное известие об укреплении цитадели относится к 1044 году, но оно является полулегендарным и не было подтверждено. Первые более конкретные сведения относятся к 1331 году, когда стена ремонтировалась со стороны реки. Результаты этой работы можно идентифицировать также археологическим путем. После этого ремонт стены упоминается неоднократно до 1437 года, когда мы узнаем о том, что стена была разрушена.
Свой современный облик и свои современные башни кремль приобрел впервые в 1484–1490 годах, когда московский великий князь Иван Васильевич перестроил всю стену. При современных реставрационных работах цитадель пытаются восстановить в том виде, в каком она была в XVI веке. Эта задача трудна, поскольку почти вся верхушка стены была перестроена при Петре I. Крытые галереи тогда были перестроены в батарейные места, и в башнях были сделаны амбразуры для тяжелых орудий. От романтических башенок XVI века в оригинале осталась лишь пара фрагментов в стене XVIII века.
В XVII веке кремль был обнесен построенным в соответствии с бастионным принципом внутренним поясом из земляных укреплений, а также эспланадой, которая в конце XVIII века выровнялась в парковую зону.
Во время самостоятельности Новгорода кремль, очевидно, не играл сколько-нибудь значительной роли. Конечно, внутри его стен находились Софийский собор и резиденции воеводы и митрополита, но настоящий центр города находился на другой стороне реки на Ярославове дворище. Там жил князь, во всяком случае, со времени Ярослава (978–1054) до государственного переворота 1136 года, когда князь был детронизирован и стал чисто номинальным господином. Там собиралось народное собрание, и там была канцелярия административных органов. Вокруг Ярославова дворища находились патронажные церкви купеческих гильдий с их складскими помещениями, и, кроме того, там были Готский и Любский дворы.
В 988 году великий киевский князь Владимир принял крещение, и уже в 989 году в Новгороде был поставлен первый епископ. Прямых сведений или остатков первых деревянных церквей не сохранилось. Епископская церковь Софийский собор, церковь Премудрости Божьей, была построена в 1045–1052 годах и несомненно похожа на построенный в 1037 году Софийский собор в Киеве, основой которого является крест с высоким куполом над центром креста. Из-за пристроек и изменений церковь много утратила от своего первоначального облика, но все-таки со своим позолоченным куполом, абсидами и приделами все еще является замечательным памятником архитектуры. Тем больше бросается в глаза контраст между ее прискорбным образом лишенным драгоценного убранства интерьером и сверкающим свежепобеленным известью экстерьером. Остатки убранства собраны в небольшом музее в находящейся вблизи Грановитой палате, а из недвижимой отделки сохранились двое всемирно известных врат. Западные врата сделаны в Магдебурге в начале XII века и, вероятно, первоначально находились в Плоцке в Мазурии, а в XIVвеке были привезены ганзейскими купцами в Новгород. 28 квадратных клейм иллюстрируют библейскую историю в литых фигурах, которые являются прекраснейшими из того, что дало романское церковное искусство. Другие врата стоят внутри церкви слева от иконостаса. Согласно традиции эти врата были вывезены в 1187 году из разграбленной Сигтуны. Рамы врат украшены ренессансным орнаментом, но орнамент шести их филенок выглядит как орнамент XI века. Орнамент все же византийский, а не скандинавский.
Возле Софийского собора находится колокольня, построенная в 1436 году по псковскому образцу.
В городе и его ближайших окрестностях находятся 72 церкви и десяток монастырей. Все монастыри пусты, а из церквей действующей является только построенный в 1113 году Никольский собор. Все остальные лишены своего убранства и стоят со своими беленными известкой стенами как пустая яичная скорлупа. Многие наиболее известные новгородские церкви лежат к востоку от города, и большая их часть сегодня в руинах — они разрушены немецкой артиллерией во время последней войны. Линия фронта проходила по окраинам города. Внутри города и на левом берегу Волхова церкви сохранились лучше — вероятно, русская артиллерия получила приказ пощадить церкви.
XIV век был временем подлинного расцвета Новгорода, в это время были построены его прекраснейшие церкви. Их тип абсолютно тождественный. В их основе лежит квадрат с одной или тремя полукруглыми абсидами на восточной стороне. На остальных сторонах — порталы. Высокие подкупольные барабаны стоят на четырех мощных четырехугольных столбах, которые придают интерьеру форму креста с высокими сводами и более низким сводом между ними. В этих церквах больше всего импонирует изысканная игра линий в переплетениях круглых сводов и освещения, которое идет главным образом через окна подкупольного барабана.
Тем хуже стены, в большинстве своем покрытые шаблонной живописью декаданса церковного искусства XIX века. Только в некоторых церквах можно увидеть фрагменты — часто в труднодоступных местах — раскрытых в последнее время фресок. Самые удивительные из них находятся в церквах Федора Стратилата (1360) и Спаса на Ильине (1374) и созданы Феофаном Греком, византийским художником, который во второй половине XIV века кроме Новгорода работал в Константинополе, Москве и Нижнем Новгороде. Церковь Федора Стратилата интересна также готическими чертами, которые видны в ее архитектуре, это единственная церковь в Новгороде с заостренными дугами порталов и профилем на готический манер.
Уже в XV веке новгородская архитектура утрачивает свои самобытные черты и начинает следовать московской линии. Возможно, что среди поздних церковных строений имеются свои жемчужины, но в таком случае их трудно отыскать. Реставрационные работы начались с древнейших церквей. В работе некоторые церкви XV века, но почти все поздние находятся в плачевном состоянии. Некоторые стоят как открытые развалины, некоторые используются в мирских целях, в некоторых находятся даже трущобные поселения.