Тех, кто сомневался в истинности организованных чудес, ждало суровое наказание. Патриарх объявил об отлучении от церкви особенно злостных скептиков, а колеблющимся было предложено для чтения наскоро составленное житие нового святого, в котором говорилось, что неповинным страданием убиенный царевич стяжал себе нетление и дар чудес.
Москва окончательно хоронила Дмитрия, а на южных окраинах России происходило его новое рождение. Многие города не признали власть Шуйского, отказавшись верить в смерть первого Лжедмитрия. Спасшегося царя еще никто не видел, но его именем уже начался захват территорий, верных Шуйскому. Волна восстания пошла из Северской области, пограничной с Польшей. Во главе многотысячного разношерстного войска, состоявшего из запорожских и донских казаков, беглых крестьян и мелких помещиков, встал Иван Болотников, бывший боярский холоп, испытавший и седло казачьего коня, и скамью турецкой галеры. Он объявил себя воеводой царя Дмитрия и двинул свою армию на Москву. «Убивайте бояр и дворян, берите себе их жен и дочерей!» — эти воззвания Болотникова к крестьянам и городской бедноте срабатывали лучше всяких петард, открывая перед ним ворота крепостей. Взяв город, воеводы Болотникова устраивали «народный суд» над приверженцами Шуйского. Их затаскивали на колокольни и спрашивали собравшихся внизу горожан: «Судить или миловать?» Чаще всего разъяренные массы орали «Судить», и тогда несчастного тут же сбрасывали вниз, к ногам толпы.
С лета 1606 года Карл IX забрасывал Василия Шуйского предложениями о помощи против восставших, но Москва поначалу вообще отрицала факт беспорядков в государстве. Шуйский сообщал шведскому королю, что его армия вышла в поход против татар. Когда царским войскам удалось одержать несколько побед над Болотниковым, к Василию Шуйскому вернулось свойственное московским царям высокомерие. Он приказал воеводе в Кореле (Кексгольме) князю Мосальскому писать в Выборг, для передачи Карлу IX: «Великому государю нашему помощи никакой ни от кого не надобно, против всех своих недругов стоять может без вас и просить помощи ни у кого не станет, кроме Бога».
Однако пренебрежительный тон царского ответа не мог обмануть Карла IX. Наместники в Нарве и Выборге сообщали о бурлении в приграничных русских районах, о том, что важные крепости, в том числе Корела и Орешек (Нотебург), не признают Шуйского царем, сохраняя верность Дмитрию. Повсюду рыскали шайки конных казаков, грабивших всех без разбора и присягавших то Шуйскому, то Дмитрию из соображений собственной выгоды. Конечно, дела царя обстояли совсем не так хорошо, как он пытался это представить. От письма к письму тон посланий Карла IX Шуйскому становился все более угрожающим. Он предлагал срочно организовать встречу комиссаров в пограничной деревне Систербэк для обсуждения ратификации Тявзинского мира, в противном случае Карл будет искать примирения с поляками и начнет захватывать русские территории. «Не выбирайте слов, добиваясь своего», — инструктировал король своих представителей, считая, что своим обычным вежливым стилем общения дипломаты лишь испортят важное дело. Комиссары получили инструкцию требовать у русских на переговорах все важные приграничные крепости: Нотебург, Кексгольм, Ям, Копорье, Ивангород и Колахус. Впрочем, если бы русские сочли эти притязания чрезмерными, можно было уступить, согласившись лишь на ратификацию мирного договора. С начала августа 1606 года шведские комиссары кормили комаров в лесной глуши на берегу быстрой и узкой реки Сестры, ожидая прибытия русских посланцев. Прошел месяц, начался второй, наступили осенние холода, полились дожди — вести переговоры было не с кем. Царь явно уходил от ответа, сообщая, что прибытие его представителей задерживается из-за моровой язвы в России. По той же причине он не мог отпустить домой находившееся в Москве шведское посольство. Карл IX был уверен, что эпидемия в России утихнет, как только царь убедится в серьезности его угроз. В Выборг стали стягиваться войска, которым было приказано неожиданным броском захватить Кексгольм или Нотебург в качестве залога для переговоров с Россией. Если представится случай, следовало взять и куда более серьезный куш — мощную Ивангородскую крепость. Здесь Карл возлагал надежды на вербовку ивангородского воеводы князя Салтыкова, тайного противника Шуйского.
Нарвский и выборгский наместники и сидевшие без дела на Сестре комиссары получили инструкции оказывать покровительство русским перебежчикам и пытаться отделить от России Новгород. Новгородцам следовало напоминать о временах их свободы от Москвы и обещать помощь Швеции, если Новгород снова, как это было чуть более ста лет назад, захочет стать независимым. Если Новгород решит перейти под покровительство Швеции, это также следовало приветствовать.
Карлу IX не пришлось прибегать к интервенции — на него работали успехи восставших. Поняв, что без «живого царя» победить Шуйского будет трудно, Болотников послал в мае 1607 года своего атамана Заруцкого к польским рубежам с откровенно циничным поручением «искать Дмитрия». Замену первому Дмитрию искали не только болотниковцы: свой царь нужен был польским и литовским авантюристам, спасшимся после московского побоища и горевшим жаждой мести, о новом Дмитрии мечтали тысячи польских дворян, не знавших, кому предложить свой меч после закончившегося в Польше восстания против короля Сигизмунда, так называемого «рокоша». Дмитрия ждали вольные шайки казаков и холопов, расплодившиеся по всей России. И в августе 1607 года в белорусском городке Стародубе-Северском пропавший царь неожиданно обнаружился. В историю он вошел как «вор», поскольку, в отличие от первого Лжедмитрия, человека яркого и незаурядного, по своим личным качествам мог играть лишь роль марионетки в руках использовавших его людей.
Русские послы, отправленные Василием Шуйским в Польшу для улучшения отношений между двумя государствами после убийств и арестов польских подданных в Москве, так доносили в своем отчете о результатах расспросов людей, видевших очередного претендента на престол и ответивших на вопрос «каков он рожеем и волосом и возрастом»: «И они сказывали, что возрастом не мал, рожеем смугол, нос немного покляп, брови черны не малы, нависли, глаза не велики, волосы на голове черны курчеваты, ото лба вверх взглаживает, ус чорн, а бороду стрижет, на щеке бородавка с волосы, по полски говорит и грамоте полской горазд, и по латыни говорить умеет». Роль Дмитрия взял на себя нищий белорусский учитель, которого несколько мелких дворян вытащили из тюрьмы. В своих воспоминаниях поляки, служившие у «вора», рассказывают, что в его царское происхождение мало кто верил. Убедить войско не помог даже «экзамен», устроенный новому царю на глазах у всех одним из приближенных князя Рожинского, выбранного поляками своим гетманом. Этот приближенный, некий Тромбчинский, знавший первого Дмитрия, стал расспрашивать «вора» о разных событиях, случившихся при его предшественнике. Тот отвечал правильно, поправляя там, где вопрос содержал заведомые неточности. Всем было выгодно признать устроенный спектакль успешным испытанием царя. Когда бояре Василия Шуйского утверждали в письме польскому королю, что «вора водят с собою» по Московскому государству «королевские люди князь Р. Ружинский да князь А. Вишневецкий с товарищи, называючи его прежним именем, как убитый Рострига назывался, — царевичем Дмитрием Ивановичем», они были недалеки от истины. Князь Рожинский при первой же встрече со вторым Лжедмитрием продемонстрировал, какая роль отводится тому в походе на Москву. «Чтобы царь не сбежал, мы прямо на круге выбрали стражу и поставили при нем. От отчаяния он решил себя уморить и выпил немыслимо сколько водки, хотя всегда был трезвым», — пишет в своем дневнике польский ротмистр Николай Мархоцкий.
