Политические руководители Третьего рейха официально, de jure, не признали ВПЛ, немецкий военный комендант генерал майор Роберт фон Поль отказывался разговаривать с её представителями. Немцы также требовали в официальной переписке и объявлениях не употреблять слов «Литовская республика», «независимость», «министры», кроме того, немцы ввели цензуру и другие ограничения, однако правительство И. Амбразявичюса сразу не ликвидировали, придав ему функции подсобного органа немецкого военного руководства. Деятельность ВПЛ велась на территории, подконтрольной немецкой группе армий «Север», Восточная Литва находилась в компетенции группы армий «Центр», поэтому для решения вопросов гражданского населения Вильнюса и поддержания связи с немецким военным командованием был создан упомянутый выше ГКВУГ во главе с доцентом Вильнюсского университета С. Жакявичюсом. До августа 1941 г. это был второй после правительства орган литовского самоуправления в Литве, организовавший свою деятельность согласно общим указаниям ВПЛ. Фактически оба эти органа литовского самоуправления были в непосредственном подчинении немецкой военной администрации: правительство — немецкому военному коменданту Каунаса, Комитет — немецкому военному коменданту Вильнюса.
Первые несколько дней войны в Вильнюсе и Каунасе функции военной власти исполняли командиры соответствующих военных подразделений вермахта. Но вскоре были созданы немецкие военные полевые комендатуры (Feldkommandanturen): 749-я[11], 814-я — в Вильнюсе, 821-я[12] — в Каунасе. В их подчинении были срочно созданы местные комендатуры (Ortskommandamnturen). При военных полевых и местных комендатурах также действовала и немецкая полевая полиция (полевая жандармерия). Главное предназначение немецких военных комендатур было вместе с местной национальной полицией обеспечение порядка и безопасности на занятой территории.
Таким образом, в Вильнюсе и Каунасе с соответствующими территориями действовали приказы и распоряжения одного содержания и был установлен одинаковый немецкий военный порядок управления. Немецким военным учреждениям были приданы все литовские полицейские органы как в Вильнюсе и в Восточной Литве, так и в Каунасе и в западных районах Литвы (включая Кайшядорский, Укмяргский, Утянский, Зарасайский уезды).
В некоторых уездах Литвы литовская полиция создавалась по распоряжению немецких властей. Так, в Лаздияй немецкий военный комендант 24 июня 1941 г. приказал организовать литовскую вспомогательную полицию. В Утянском, Зарасайском, Укмяргском, Рокишкском уездах коменданты вермахта утверждали численность и границы деятельности литовской полиции.
Части вермахта и вместе с ними прибывшие оперативные группы (SS Einsatzgruppe) немецкой полиции безопасности и СД[13] старались подчинить себе вооруженные отряды литовцев, воссоздающуюся литовскую полицию безопасности и полицию общественного порядка и координировать их деятельность в нужном направлении. Прибывшая в Каунас оперативная команда 3/А (SS-Einsatzkommando 3/А) штандартенфюрера СС Карла Ягера (Karl Jäger) начала командовать местными вооруженными отрядами, а оперативная команда 9/Б (SS-Einsatzkommando 9/В) оберштурмбаннфюрера СС Освальда Шафера (dr. OswaldSchaefer) в июне 1941 г. в Вильнюсе забрала у вермахта под своё руководство созданную местным самоуправлением полицию.
Первым руководителем военной администрации Вильнюса был командир занявшего город военного подразделения подполковник Карл фон Остман (Karl von Ostman). Около недели он был верховным и неограниченным представителем Германии в Вильнюсе и его уезде. Своим первым приказом от 25 июня 1941 г. К. фон Остман ввёл военное положение и запретил любое хождение и движение жителей с 9 часов вечера до 5 часов утра (по германскому времени) в Вильнюсе и от захода солнца до восхода — в деревнях. В то же время было декларировано сотрудничество между немецкой военной властью и ГКВУГ в издании приказов и распоряжений. Ответственными за поддержание порядка были назначены сотрудники полиции и охранный отряд из литовских активистов. Активисты должны были на рукаве носить белую повязку со свастикой и печатью Militarbefehshaber von Vilnius[14].
Новый военный комендант Вильнюса полковник Адольф Цехнпфенниг (Adolf Zehnpfennig) в своём распоряжении от 8 июля 1941 г. утверждал, что после вступления немецких войск вся «сила приказа», т.е. вся власть, переходит к немецким военным органам, которым принадлежит и «окончательная судебная сила». Всем жителям было приказано слушать и исполнять приказы не только немецкой военной администрации, но и ею назначенных местных органов самоуправления, в том числе и литовской вспомогательной полиции. Дополняя это указание, начальник немецкой военной администрации в Вильнюсе, командир 677-й охранной дивизии генерал-майор Вольфганг фон Дитфурт (Wolfgang von Ditfurth) своим приказом от 16 июля 1941 г. констатировал, что Вильнюсом и его уездом временно управляет ГКВУГ под надзором немецких военных органов. Кроме того, он определил район деятельности ГКВУГ, сопоставив его с территорией Вильнюсской военной комендатуры. Другие местные органы немецких военно-полевых комендатур, в том числе литовская вспомогательная полиция, должны были действовать под немецким надзором, каждый в рамках, установленных соответствующей местной немецкой военно-полевой комендатурой. Приказом В. фон Дитфурта под особую защиту принимались лица, которые служили в немецких военных и других учреждениях или действовали по их указанию. Кроме того, генерал запретил литовской полиции арестовывать жителей не еврейского происхождения без заранее полученного на то письменного разрешения немецких военных или полицейских властей. То же было установлено и для литовской вспомогательной полиции в Каунаском уезде.
В распоряжении полковника А. Цехнпфеннига одной из главнейших задач местного самоуправления было названо восстановление безопасности и порядка в стране. Для этого требовалось организовать «службу восстановления», «службу самообороны», полицию, ввести трудовую повинность и с помощью перечисленных организаций выполнить все нужные мероприятия. Взаимоотношения местных литовских учреждений, в том числе и литовской национальной полиции, с органами немецкой администрации были определены так: верховное право и исполнительная власть на территории, подведомственной военно-полевой комендатуре, принадлежит военному коменданту. Он передает ГКВУГ «задачи управления низшим учреждением», т.е. уездами и волостями. Во главе уезда стоял начальник уезда. Во главе волостей — староста (и бургомистр), подчинённый в свою очередь начальнику уезда. Этим приказом все местные учреждения были обязаны тесно сотрудничать с немцами и «незамедлительно и точно исполнять все приказы немецких учреждений, совершенно не обращая внимания на указания других учреждений».
