Он воевал до лета в армии К. Е. Ворошилова, командуя 2-м отрядом левых эсеров и отступая с боями от Харькова до Царицына. Затем некоторое время находился в Москве, где вошёл во временное Центральное оргбюро созданной в сентябре 1918 г. Украинской ПЛСР, подменявшее ЦК. Партией, созданной из ряда украинских левоэсеровских групп, руководили В. М. Качинский, Б. Д. Камков, Е. П. Терлецкий; Алексеев был в числе видных организаторов. Осенью Николай Николаевич перебрался в Воронеж, где находился левоэсеровский Центр повстанческой работы. Затем нелегально вернулся на Украину и при наступлении на Харьков входил в Центральный штаб повстанческих отрядов (вместе с Дмитрием Поповым, Юрием Саблиным, Яковом Фишманом и другими известными эсерами)[3]. В январе — феврале 1919 г. украинские партизаны вместе с красными войсками захватили Харьков, Полтаву, Екатеринослав и Киев.
Политик расчётливый и способный предвидеть события, Алексеев сделал выводы из прошедших в начале 1919 г. массовых арестов левых эсеров в городах России, Украины и Белоруссии. Уже в марте 1919 г. вместе с В. М. Качинским, Е. П. Терлецким, братьями Г. и Л. Смолянскими он отколол от украинских левых эсеров радикальную группу, образовавшую Украинскую партию левых социал-революционеров (борьбистов) и начавшую активно сотрудничать с большевиками. Это событие произошло на 2-м съезде УПЛСР, где Алексеев не смог навязать делегатам решение признать большевиков. Составив Центральное оргбюро меньшинства, борьбисты захватили партийную газету «Борьба» и, по сведениям Зинченко, «взяли» кассу Киевского комитета. В Киеве в мае состоялся 3-й съезд, провозгласивший создание партии борьбистов, на котором Алексеев, разъясняя смысл этого названия, связывал его с лозунгом эсеров «В борьбе обретёшь ты право своё».
В это время политическая ситуация очередной раз резко обострилась: деникинская армия начала успешное наступление на Украину, захватив и незадолго до того освобождённый от белых Киев. В конце июля 1919 г. — перед эвакуацией из Киева — в среде борьбистов шли острые заседания с участием Н. Н. Алексеева, М. С. Горба, В. М. Качинского, Г. Б. Смолянского, С. Д. Мстиславского, В. И. Ревзиной и других виднейших украинских левых эсеров. Поскольку после разгрома в Москве так называемого левоэсеровского мятежа партия превратилась в постоянную мишень со стороны ЧК, часть её лидеров склонялась к капитуляции перед коммунистами.
Михаил Горб говорил своему знакомому Леониду Зинченко, что Алексеев прямо поставил вопрос о вступлении в РКП (б) — ради сохранения хоть какого-то политического влияния. Горб и ряд других цекистов поддержали Алексеева. Против резко выступали Вера Ревзина и некоторые другие. Во время эвакуации в Казань Зинченко плыл на одном пароходе со спасавшимися от белых сотрудниками Всеукраинской ЧК во главе с заместителем ВУЧК А. В. Шишковым. От чекистов Зинченко слышал, что Николай Николаевич несколько раз встречался с главой ВУЧК М. Я. Лацисом и что тот Алексееву якобы не доверял. О контактах Алексеева с Лацисом знали Смолянский и Качинский[4].
Не добившись сразу победы своей точки зрения, Алексеев сделал паузу. Во время деникинской оккупации Украины во второй половине 1919 г. он возглавлял подпольный обком борьбистов в Одессе, руководил боевыми группами и партизанскими отрядами. Затем, после успехов в борьбе с деникинцами, политический флирт борьбистов с коммунистами продолжился. Группировка Алексеева контактировала с большевиками, добиваясь определённых гарантий и привилегий.
Хотя борьбисты выступали за замену диктатуры пролетариата на «диктатуру всех трудящихся», были противниками комбедов и к тому же являлись изрядными националистами, украинские коммунисты сочли за благо воспользоваться поддержкой популярных в деревне эсеров. Почти 8-тысячная партия борьбистов была слишком заметна на украинской политической сцене, и большевики в конце 1919 г. согласились на вхождение её представителей в правительство, а также местные органы власти. Это вполне укладывалось в традиционную большевистскую практику использования, по словам Ленина, «полезных буржуазных идиотов».
Поскольку Алексеев оставался сторонником слияния с коммунистами, то весной-летом 1920 г. он, контролируя со своими единомышленниками Политбюро, стал одним из ликвидаторов собственной партии. 10 августа 1920 г. Алексеев подписал обращение о слиянии партии борьбистов с РКП (б). Те борьбисты, кто не согласился примкнуть к ленинцам, попытались заключить союз с левыми эсерами-интернационалистами, но образовавшаяся партия оказалась маловлиятельной. Таким образом, в течение года Алексееву удалось нанести левоэсеровскому движению на Украине два сокрушительных удара и как следует помочь большевикам «зачистить» политическое пространство.
За эти неоспоримые заслуги Алексееву (как и Терлецкому) засчитали стаж пребывания в РКП (б) с мая 1919 г., то есть с момента вступления в ряды борьбистов. В советизированной Украине Николай Николаевич сразу стал видным партийным чиновником. Когда из Одессы 7 февраля 1920 г. ушли белые, он стал членом Одесского губревкома, а в 1921 г. заведовал орготделом Харьковского губкома КП (б) У, активно занимаясь строительством партийного аппарата в провинции [5]. Для компартии размежевание среди украинских левых эсеров стало одним из важнейших политических достижений. И доверие к Алексееву, активно участвовавшему в расколе эсеров, а потом добившемуся слияния партии борьбистов с большевиками, было очень велико.
Против Савинкова и ЧайковскогоНо в республиканской партноменклатуре он не задержался. В 1920 г. Алексеев стал сотрудничать с военной разведкой, которая запланировала отправить его во главе спецгруппы за кордон. Однако в начале 1921 г. Феликс Дзержинский, озабоченный кадровым пополнением недавно созданного Иностранного отдела ВЧК, «перехватил» Алексеева для выполнения секретных операций ВЧК за рубежом, воспользовавшись его опытом матёрого подпольщика и знанием иностранных языков. Дзержинский добился принятия постановления ЦК об отправке Алексеева и ряда других украинских партийцев (И. В. Запорожца, М. С. Горба) в распоряжение ИНО. Окончание самого острого периода гражданской войны позволило ВЧК перейти к интенсивному насаждению нелегальных резидентур в Европе.
