Противостояние флота и новой власти достигло большой остроты в связи с заключением Брестского мира (3 марта 1918 года) и его последствиями. Объяснялось это во многом ростом значения большевистской революции и тем, что участие в ней становилось для матросов главным приоритетом, в то время как для миллионов солдат старой армии, с настроениями которых советская власть должна была гораздо больше считаться, революция продолжала оставаться, прежде всего, средством заключения мира и демобилизации. Другой причиной были исключительно тяжелые условия Брестского мира для флота. Он терял свои главные базы, находившиеся в Финляндии и Украине. Противостояние развернулось в Петрограде, Москве, Крыму, на Северном Кавказе, Волге, Баку, в Архангельске и ряде других ключевых политических точек страны, и оно значительно влияло на общий ход исторических событий.
В немалой степени под влиянием матросской опасности большевистским правительством было принято решение о переносе столицы из Петрограда в Москву. В период переноса столицы на основе оппозиции матросов большевистским властям возникло «Дело» наркома флота П.Е. Дыбенко, бывшее одной из главных тем газет всех направлений весны 1918 года. На основе антибрестовской позиции флота возникло также «Дело» адмирала Щастного. Главной же причиной было стремление правительства и особенно Л.Д. Троцкого определить «стрелочника» за оппозиционные выступления балтийских матросов в Петрограде.
Очень драматично проходили в это время события на Черноморском флоте. Антибрестовская политика черноморцев способствовала склонности правительств Германии и советской России к уничтожению флота, несмотря на, казалось бы, общую заинтересованность в использовании его против Антанты и войск А.И. Деникина. В результате основное ядро флота самозатопилось 18 июня 1918 года в Новороссийске. Судьба Черноморского флота приняла масштаб общенациональной трагедии и сыграла большую роль в провоцировании экстремизма с активной ролью матросов в т.н. «украинском потоке» отступавших с Украины через Юг и Волгу советских отрядов. Это вызывало недовольство местного населения и способствовало созданию почвы для распространения Белого движения в данных районах.
Черноморская трагедия явилась также важной причиной мятежа 6—7 июля 1918 года в Москве (левых эсеров), в котором военные моряки, в том числе и сошедшие на берег с затопленных кораблей, были не только основной военной силой, но и в значительной степени инициаторами и вдохновителями этого выступления. Поражение июльского «левоэсеровского мятежа» привело, как известно, к установлению однопартийной системы в стране и в то же время к решающему поражению матросской оппозиции большевикам.
Крупные антибрестовские выступления военных моряков имели место также в июле – августе 1918 года на Каспийской флотилии, которые закончились установлением в Баку антибольшевистского правительства – «Диктатуры Центрокаспия», и на Флотилии Северного Ледовитого океана в Архангельске.
Несмотря на раскол флота, гибель кораблей и поражение матросской антибольшевистской оппозиции в начавшейся широкомасштабной Гражданской войне, роль военных моряков продолжала оставаться высокой. Связано это было с общим укреплением советской власти и потребностью во флоте как в военной силе (и для «красных», и для «белых»). Моряки продолжали играть авангардную роль как в проявлениях героизма в боевых действиях, так и в процессах, сопровождавших ход Гражданской войны. Стремление к крайним мерам на начальном этапе этой войны особенно выразилось в принятии политики террора. В начале сентября 1918 года, как известно, в связи с покушениями на В.И. Ленина и другими громкими террористическими актами лета 1918 года, в каждом из которых имелось определенное матросское участие, политика «красного террора» была официально распространена на всю страну. Наибольшие жертвы и длительность она имела в Петрограде и Кронштадте. Однако здесь матросы были и в числе первых, кто стал ощущать вред этой политики и противодействовать ей. Надо сказать, что заметный след в Гражданской войне оставила и политика «белого террора». Здесь обое стороны проявили неоправданную жестокость. К сожалению, в этом принимали участие и военные моряки.
Конец 1918 года характеризовался новым всплеском революционных настроений на флоте. Он был вызван окончанием Первой мировой войны, революцией в Германии (начатой там тоже матросским восстанием) и надеждами на давно ожидавшуюся мировую революцию. Заметной формой проявления таких настроений на флоте в этот период было шапкозакидательство при проведении военных операций. Так, полным провалом закончилась попытка с помощью действий балтийских кораблей подтолкнуть революцию в Эстонии в конце декабря 1918 года.
Этот этап, сопровождаемый новыми разочарованиями в мировой революции, привел и к новому разочарованию политикой большевиков. На флоте, как отражение общей обстановки, вновь оживились оппозиционные настроения. Только теперь они отражали негативное отношение к Гражданской войне, лозунг «довольно братской крови», дезертирские настроения, особенно распространенные тогда на северо-западе страны. Результатом таких настроений в связи с приближением «белых» к Петрограду стало известное восстание военных моряков на форте Красная Горка в июне 1919 года. Восставшие наивно рассчитывали на помощь и равноправные отношения с английским флотом и «белыми». Однако последние помнили матросские самосуды над офицерами и действенной помощи не оказали. Поэтому восстание быстро потерпело поражение.
Большую роль в первой половине 1919 года продолжал играть матросский фактор в Украине. Здесь освобождение от немецкой оккупации приняло характер «Украинской Октябрьской революции», в которой матросы в Восточном освободительном потоке, направленном к приморским городам, играли авангардную роль, во многом подобную 1917 году в Петрограде. «Северные» и «южные» матросы слились главным образом в феврале 1919 года в 1-й Заднепровской дивизии под командованием П.Е. Дыбенко с комбригами Н.И. Махно и Н.А. Григорьевым. Причинами успеха их действий были как анархическая обстановка, вызванная многократной сменой властей в Северном Причерноморье, так и известные леводиктаторские методы руководства Москвы. В ходе этих выступлений матросская масса пережила очередной раскол, но в то же время рождала подлинно демократические элементы в Гражданской войне. Они особенно проявились в крупном выступлении флотского полуэкипажа в Николаеве в конце мая 1919 года, лозунги которого во многом предвосхитили лозунги Кронштадтского восстания 1921 года.
В ходе разгрома деникинских войск и выхода Красной армии в Причерноморье в начале 1920 года вновь возрастает значение флотского фактора. Вновь начинается процесс создания «красных морских сил», в котором ведущую роль играют прибывающие балтийские моряки и военспецы. Они занимают разного рода командные и комендорские должности по всему побережью и на имеемых немногочисленных судах. Однако влияние т.н. «таврических матросов», у которых имелись даже свои партизанские флотилии, и махновцев, вблизи столицы которых (Гуляй-Поля – Мариуполя) создается «главная морская сила красных на Юге» – Азовская флотилия, – также возрастает. В связи с этим возрастают «партизанщина» и подозрительность к военспецам во врангелевских симпатиях. Это способствует разобщенности действий, дилетантству, ряду военно-морских неудач, в частности, необоснованной сдаче Мариуполя и т.п.
