Согласно новому «Положению», утвержденному Особым совещанием 15 июня 1916 г., председатель Комитета, который стал теперь называться главным уполномоченным по снабжению металлами, получал все властные полномочия, члены же имели теперь лишь совещательный голос. Эта реорганизация помимо выявившихся недостатков в работе Комитета в значительной мере была продиктована и позициями конкурирующих ведомств, особенно МПС и МТиП, которые стремились перехватить у военного ведомства функции по распределению заказов на металлы. Трепов, назначенный министром путей сообщения, был вообще за ликвидацию Комитета. Министр торговли и промышленности Шаховской, возглавлявший Особое совещание по топливу, предлагал создать такой орган при своем ведомстве, ссылаясь на то, что оно исторически имеет тесные связи с металлургической отраслью. В ходе обсуждения этого вопроса в специальной комиссии представители министерства заявили, что признание первенствующими потребностей обороны не должно означать, что военному ведомству надо передавать «все, связанные с обороной, отрасли государственного хозяйства», что Совещание по топливу имеет ту же конечную цель, что и Совещание по обороне. Однако в конечном счете комиссия пришла к выводу, что военное министерство, «сохраняя за собой формальные права по управлению заводами, изготовляющими снаряжение армии, было бы лишено фактической силы обеспечить поставку этим заводам необходимого металла и, следовательно, утратило бы действительное руководство мерами обороны и что результатом было бы установление двоевластия в этой важной отрасли». Реорганизованный Комитет рассчитывал взять на себя функцию распределения заказов между ведомствами. Однако Совет министров, заслушав доклад его главы о предстоящей деятельности, заметно ограничил его компетенцию: во-первых, председатель Совета министров оставил за собой окончательное утверждение ведомственной разверстки и, во-вторых, министры высказалось против использования Комитетом аппарата предпринимательских объединений, особенно синдикатов, предоставив право распределения заказов по заводам самим ведомствам. Реализация этой схемы вскоре обнаружила все ее изъяны. Ведомства запутались в распределении заказов. Прошло еще немало времени, чтобы их представители пришли к пониманию необходимости использовать учетно-распределительный аппарат Комитета и синдикатов.
Примерно такая же судьба постигла и организацию закупки цветных металлов за границей, которая также перешла в ведение Особого совещания по обороне. Созданный в августе 1915 г., также по инициативе ЦВПК, Комитет по снабжению заводов металлами заграничного производства должен был заниматься закупкой и распределением цветных металлов. Новое учреждение фактически повторило судьбу Металлургического комитета. Несмотря на противодействие министерств торговли и промышленности и путей сообщения, пытавшихся вывести снабжение заводов металлами из компетенции Особого совещания по обороне и даже получивших поддержку их притязаний Советом министров, вопросы закупки цветных металлов за границей все же постепенно перешли в ведение военного ведомства. 13 января 1916 г. Особое совещание по обороне одобрило разработанный подготовительной комиссией по артиллерийским вопросам проект — «Об уполномоченном и Комитете по снабжению заводов металлами заграничного производства», а 30 марта оба Комитета были объединены. В обоих случаях военное ведомство взяло верх. Но много времени и усилий, столь необходимых для организации снабжения предприятий металлами, было бесцельно потрачено на межведомственные дрязги.
Как уже отмечалось, на заседаниях Особого совещания по обороне по мере нарастания экономических и социальных проблем все чаще стали обсуждаться вопросы снабжения предприятий сырьем, топливом, рабочей силой, продовольственные затруднения и другие проблемы в их общероссийском масштабе, формально прямо не входившие в компетенцию военно-регулирующего органа. Ведущие министерства все чаще выступали против верховенства Особого совещания по обороне и военного ведомства вообще. На заседании 23 декабря 1915 г., обсуждавшем проблему снабжения предприятий углем, председатель Особого совещания по топливу даже заявил, что расширение имеющихся в Петрограде производств, в том числе и оборонных, может иметь место только с его согласия, на что Особое совещание по обороне в довольно жесткой форме ответило, что эти вопросы по закону находятся в компетенции исключительно его председателя.
В решение обострившегося рабочего вопроса также оказались втянуты ряд ведомств. МТиП, стремясь сохранить за собой позиции в разрешении трудового законодательства, настаивало на приоритете в разрешении трудовых конфликтов фабричной инспекции и горного надзора. На практике, как уже отмечалось, борьба с забастовочным движением и несанкционированными переходами рабочих велась на уровне местных полицейско-административных органов и районных заводских совещаний, при тесном контакте с местными обществами заводчиков и фабрикантов. Особенно «усердствовали» в подавлении стачек уполномоченные Петроградского и Московского районных совещаний (генерал Фролов, вскоре оказавшийся в Особом совещании по обороне, и С.И. Чердынцев). Но их активность не всегда была эффективна. Совет министров 13 мая 1916 г. вынужден был признать несогласованность в действиях местных властей. Специальное межведомственное совещание, проведенное по инициативе МВД 10 и 13 июля, отвергло как чрезмерные претензии Министерства торговли и промышленности, так и практику районных заводских совещаний военного ведомства. Было признано, что все мероприятия по борьбе со стачками должны объединяться на местах губернаторами при участии чинов фабричной инспекции и горного надзора и что представители Особого совещания по обороне не должны вмешиваться в их компетенцию. Совет министров 22 июня одобрил это решение. Председатели районных заводских совещаний еще некоторое время активно проводили собственную линию и даже пытались настоять на пересмотре этого решения. Военный министр вынужден был оповестить своих подчиненных, что «положение Совета министров от 22 июня с. г. пересмотру подвергнуто не будет».
Особенно активно с целью перераспределения властных полномочий среди регулирующих органов действовало МВД. А.Н. Хвостов вступил в конфронтацию с Особыми совещаниями по продовольствию и топливу, добиваясь передачи его ведомству всех вопросов по борьбе с дороговизной, а затем и вообще снабжения населения продовольствием. В записке, направленной в Совет министров 23 октября 1915 г., он утверждал, что обеспечение населения продовольствием всегда являлось «заботой» губернаторов, а на министра внутренних дел возлагались «надзор и общее руководство местными властями по этому предмету». В итоге он добился высочайшего повеления о возложении на губернаторов объединения на местах всех мероприятий по борьбе со спекулятивным ростом цен на продовольствие. Позднее при министерстве был создан Комитет по борьбе с дороговизной, что опять-таки затрагивало сферу деятельности Особого совещания по продовольствию. Что же касается Совещания по топливу, то понадобилось особое распоряжение императора от 18 апреля 1916 г., чтобы прекратить вмешательство других ведомств в его компетенцию.
Особо жесткое противостояние сложилось у МВД с Особым совещанием по обороне. Уловив негативное отношение монарха к военно-промышленным комитетам, оно даже разработало проект их реорганизации. Вопрос обсуждался 4 и 11 июля в Совете министров, где прозвучали предложения о полном их упразднении (Трепов) или о постепенном ограничении их в заказах (Шаховской) и введении в руководство комитетов представителей ведомств в количестве не менее 2/3 общего состава. Д.С. Шуваеву, сменившему в марте 1916 г. Поливанова на посту военного министра, с трудом удалось отстоять поставщиков ведомства. В обоснование своей позиции он заявил, что «само создание теперешних военно-промышленных комитетов было обусловлено несостоятельностью правительства в деле удовлетворения всех военных потребностей». Более того, по его мнению, «представляется несомненным, что своими силами оно не в состоянии будет справляться с этим делом и впредь». Проект не прошел. Правда, правительство под предлогом срыва сроков поставок стало постепенно сокращать заказы ЦВПК, Земскому и Городскому союзам. Однако полностью отказаться от их содействия в снабжении армии и организации тыла было уже практически невозможно.
