9 марта, еще в ходе оборонительного сражения, Ставка Верховного Главнокомандования в директиве № 11038 поставила войскам 2-го и 3-го Украинских фронтов новые задачи на наступление, согласно которым главный удар в Венской операции должен был нанести не 2-й Украинский фронт, как планировалось ранее, а 3-й Украинский фронт (командующий Маршал Советского Союза Ф. И. Толбухин, член Военного совета генерал-полковник А. С. Желтов, начальник штаба генерал-лейтенант С. П. Иванов). Его войскам приказывалось не позднее 15–16 марта силами правого крыла перейти в наступление и, разбив врага севернее озера Балатон, развивать удар в общем направлении на Папа, Шопрон. 2-му Украинскому фронту (командующий Маршал Советского Союза Р. Я. Малиновский, член Военного совета генерал-лейтенант А. Н. Тевченков, начальник штаба генерал-полковник М. В. Захаров) предстояло после выхода войск правого крыла на реку Грон перейти к жесткой обороне на всем фронте севернее Дуная. Южнее этой реки войска левого крыла (46-я общевойсковая и 6-я гвардейская танковая армии) должны были 17–18 марта начать наступление, чтобы совместно с 3-м Украинским фронтом разбить противостоявшего противника и развить наступление в общем направлении на Дьер[60].
К выработке решений на наступление военные советы и штабы фронтов приступили еще в середине февраля (директива ставки ВГК № 11027 от 17 февраля 1945 года). Не прекращалась эта работа и в ходе Балатонской операции. Однако в полной мере она развернулась с 9 марта — с момента уточнения задач Ставкой.
По решению командующего 2-м Украинским фронтом 46-я армия должна была соединениями левого фланга прорвать оборону противника и развивать наступление в указанном Ставкой направлении — на Дьер, а частью сил выйти в район Комарома, отрезать врагу пути отхода из района юго-западнее Эстергома и, прижав его к Дунаю, уничтожить во взаимодействии с Дунайской военной флотилией. В первый день операции в полосе наступления армии планировался ввод 2-го гвардейского механизированного корпуса под командованием генерала К. В. Свиридова. К началу операции в 46-й армии имелось 12 стрелковых дивизий, сведенных в 10-й и 18-й гвардейские, 23, 68-й и 75-й стрелковые корпуса и 83-ю бригаду морской пехоты. Они насчитывали 2686 орудий и минометов разных калибров, 165 танков и САУ (из них 99 танков и САУ 2-го гвардейского механизированного корпуса).
По решению командующего 46-й армией генерал-лейтенанта А. В. Петрушевского на участке прорыва шириной 14 км создавалась ударная группировка из трех стрелковых (75, 68-й и 18-й гвардейский) и 2-го гвардейского механизированного корпусов. Оперативное построение ударной группировки было двухэшелонным. В первый эшелон входили 75-й и 68-й стрелковые корпуса, во втором эшелоне находился 18-й гвардейский стрелковый и 2-й гвардейский механизированные корпуса.
Ставилась задача и 6-й гвардейской танковой армии (9-й механизированный и 5-й танковый гвардейские корпуса, всего 423 танков и САУ на 16 марта 1945 года) под командованием генерал-лейтенанта танковых войск А. Г. Кравченко, однако действовать ей пришлось в полосе 3-го Украинского фронта. Перед фронтом 46-й армии оборонялось до семи пехотных и часть танковой дивизии противника (619 орудий и минометов разных калибров, 85 танков и штурмовых орудий). Дунайская военная флотилия контр-адмирала Г. Н. Холостякова для участия в Венской операции выделила 29 бронекатеров, 7 минометных катеров, 10 катеров-тральщиков, отдельную авиаэскадрилью в составе 78 самолетов-истребителей, батальон 83-й морской стрелковой бригады и береговой отряд сопровождения (4 122-мм орудия и 6 76-мм САУ СУ-76)[61].
Действовавшая севернее Дуная 7-я гвардейская армия получила задачу с развитием наступления 46-й армии нанести удар на братиславском направлении. Совместно с ней должны были перейти в наступление и левофланговые соединения 53-й армии. Поддержка наступления с воздуха возлагалась на 5-ю воздушную армию, имевшую 800 самолетов.
Планируя удар частью войск 2-го Украинского фронта на Вену и Братиславу, советское Верховное Главнокомандование имело в виду возможность отсечения крупной танковой группировки противника, действовавшей южнее Дуная, от остальных сил немецкой армии и территории Германии, а также овладение в кратчайшие сроки Веной и Братиславой. Кроме того, обход советскими войсками с юга горных районов Западных Карпат имел большое значение для последующих действий фронта в северо-западном направлении. В ходе Венской операции войска левого крыла 2-го Украинского фронта должны были тесно взаимодействовать с 3-м Украинским, наносившим главный удар на Вену с юго-востока. Впоследствии, когда основные силы 2-го Украинского фронта предприняли действия в направлении Брно, навстречу 4-му Украинскому фронту, наступавшему с востока на Оломоуц, взаимодействие осуществлялось между этими фронтами. Развернувшиеся военные действия полностью подтвердили правильность решений Ставки.
Командующий 3-м Украинским фронтом Маршал Советского Союза Ф. И. Толбухин решил нанести главный удар из района севернее Секешфехервара, в юго-западном направлении на Варпалота, Веспрем силами правого крыла (9-я и 4-я гвардейские армии под командованием соответственно генерал-полковника В. В. Глаголева и генерал-лейтенанта Н. Д. Захватаева) прорвать оборону противостоявшего противника, окружить и совместно с войсками 27-й и 26-й армий уничтожить его танковую группировку, вклинившуюся в оборону советских войск юго-западнее Секешфехервара. В дальнейшем предполагалось продвигаться в направлении на Папа, Шопрон, выйти к венгеро-австрийской границе и создать условия для наступления на Вену. Частью сил наступать на Сомбатхей и Залаэгерсег с целью охвата с севера надьканижской группировки врага. Наступление 27-й и 26-й армий, действовавших в центре фронта, должно было начаться в момент завершения окружения 6-й танковой армии СС и развиваться в направлении Польгарди, чтобы совместно с главной группировкой фронта уничтожить противостоявшего врага. В полосах этих армий командующий фронтом решил использовать находившиеся там два танковых и механизированный корпуса.
Войска левого крыла фронта (57-я и 1-я болгарская армии) должны были перейти в наступление южнее озера Балатон с задачей разгромить 2-ю немецкую танковую армию в районе Надьканижи. В резерве фронта находился кавалерийский корпус, располагавшийся и районе Шиофок, за левым флангом 26-й армии. Наступление с воздуха поддерживалось 17-й воздушной армией фронта, имевшей в своем составе 837 самолетов. Действия 3-й югославской армии были согласованы с общим планом операции советских войск.
3-й Украинский фронт готовил наступление в ходе Балатонской оборонительной операции. Были приняты все меры к тому, чтобы не втянуть в сражение 9-ю и 4-ю гвардейские армии, которые в предстоявшем наступлении должны были составить ударную группировку фронта. Более того, соединения этих армий пополнялись людьми и материальной частью. Задача была не из легких, поскольку оборонявшиеся крайне нуждались и в резервах, и в пополнении. К началу наступления средняя численность стрелковых рот 4-й гвардейской армии была доведена до 80, а 9-й гвардейской, укомплектованной по особому штату, до 140 человек. Численность стрелковых рот 26, 27-й 57-й армий была значительно ниже, Она не превышала 50–60 человек[62]. Количество танков и самоходно-артиллерийских установок в 4-й гвардейской армии также значительно увеличилось. За 10 дней их количество возросло с 28 до 122 бронеединиц. В основном это были самоходно-артиллерийские установки. Была также проведена большая работа по перегруппировке и скрытному сосредоточению войск, накоплению запасов.