Во время Тридцатилетней войны магистры ордена отошли от Австрийского дома, вовлеченного в конфликт. Великим магистром был Иоганн фон Вестернах (1625-1627), затем Иоганн Каспар фон Штадион (1627-1641), великий командор Эльзаса и Бургундии.
Тевтонский орден вышел ослабленным из Тридцатилетней войны. Вестфальский мир 1648 г. предусматривал восстановление всего религиозного или светского имущества тех, кто им владел до 1618 г. Благодаря императорской поддержке орден возвратил, правда не без труда, имущество, которого лишился во время войны. Отныне тевтонские рыцари служили императору во всех кампаниях против турок на венгерском фронте. Минули те времена, когда тевтонские рыцари вели за собой христиан против врагов веры; тевтонские рыцари стали теперь всего лишь вспомогательным отрядом, армией под командованием светских принцев. Они принимали участие в кампании 1664 г., где магистр Иоганн Каспар фон Ампринген (1664-1684) стоял во главе контингента, привлеченного орденом, который отличился во время Сен-Готардского сражения в августе 1664 г.
Тевтонские рыцари были в Кандии в 1667 г. и поддержали эту венецианскую крепость, осажденную оттоманскими войсками. Магистр, учитывая его роль в кампании 1664 г. и опыт в венгерской войне, был назначен в 1673 г. императором Леопольдом I главой Совета правительства Венгрии (Gubernium). На этом посту он весьма разумно пытался поддерживать мир между противоборствующими сторонами, но его усилия были напрасны; он попросил отставки и окончательно покинул Венгрию в сентябре 1679 г. Назначение нового магистра в Венгрии доказывает, что Габсбурги, не колеблясь, поручали рыцарям Тевтонского ордена политические миссии, что в очередной раз меняло саму природу ордена, но в то же время способствовало его сохранению
Позже тевтонские рыцари приняли участие, в составе императорской армии, в освобождении Венгрии. Магистр Людвиг-Антон фон Пфальц-Нейбург (1684— 1694), который в сентябре 1683 г., будучи начальником штаба в армии герцога Лотарингии, принял участие в освобождении Вены, отличился в освобождении Буды 2 сентября 1686 г. Под командованием принца Евгения Савойского тевтонский магистр возглавил атакующих, которые захватили город. Пуля, выпущенная турком, расплющилась о нагрудный крест магистра, и этот крест спас ему жизнь. Другие высокопоставленные лица, так же как и многочисленные рыцари, достойно защищали честь ордена и участвовали во всех крупных сражениях, в частности в битве при Зенте 11 сентября 1697 г., которая положила конец турецкому нашествию в Венгрии.
Эти подвиги тем не менее не смогли вернуть Тевтонскому ордену его былую славу и власть. Тевтонские рыцари уже не имели прежнего влияния как на дипломатическом поприще, так и в армии. Никто не стеснялся в высших кругах указывать Тевтонскому ордену на его слабость. Это новое оскорбление добавилось к веренице уже нанесенных оскорблений. В 1695 г. император Леопольд I официально закрепил за курфюрстом Фридрихом III Брандебургским звание герцога Пруссии, что спровоцировало возмущение и протесты магистра Франца-Людвига фон Пфальц-Нейбурга (1694-1732). Орден требовал вернуть потерянную им Пруссию. Император тайным договором от 16 ноября 1700 г. признал Фридриха III королем Пруссии. Надо сказать, что в этот момент Австрийский дом нуждался в союзниках, поскольку начиналась война за испанское наследство. 18 января 1701 г. в соборе Кенигсберга герцог Фридрих III Прусский водрузил на себя королевскую корону и стал Фридрихом I, королем Пруссии.
Магистр направил императору и курфюрстам протест, подписанный всеми членами капитула. Император ответил, ссылаясь на прерогативы государства, напоминанием, что он сохранил ордену его права и привилегии. Папа Климент XI осудил в послании императору от 14 мая 1701 г. коронование Фридриха королем Пруссии, на которую у Тевтонского ордена были исконные права. Папское осуждение не возымело эффекта, как и протест великого магистра. Папство отказалось смириться со свершившимся фактом и игнорировало вплоть до 1787 г. узурпацию трона Бранденбургими принцами.
В XVIII столетии упадок Тевтонского ордена ускорился. Почти все магистры принадлежали к Австрийскому дому, несмотря на то что Мариенталь остался формально их официальной резиденцией, чаще всего находились в Вене. Для многих членов высшего дворянства империи принадлежность к Тевтонскому ордену и исполнение высоких должностей в его рядах стало не более чем одним из элементов их cursus honorum, позволяющим занимать самые высокие политические или военные посты в государстве. Для великих магистров ордена звание, помимо престижа, являлось еще одним среди прочих, ведь речь шла о принцах императорского дома, которые носили этот высокий титул. Чему удивляться, если набор братьев-рыцарей понемногу иссякал в кругах немецкого мелкопоместного дворянства, где в течение веков молодые люди, обуреваемые желанием служить Богу и защищать интересы христианского мира при необходимости с оружием в руках, посвящали свою жизнь этому идеалу?
Рыцарство в Европе стало анахронизмом; идеалы христианского мира ставились под вопрос лютеранской, затем кальвинистской Реформами, общественными, политическими, религиозными волнениями, которые они спровоцировали. Что оставалось рыцарям, может, искать славы, за неимением собственного государства?
В XVIII столетии тевтонские рыцари, точнее, братья-рыцари, ибо братьев-священников, исполнявших свою религиозную миссию в приходах, расположенных на землях ордена или посвятивших себя уходу за больными и нищими, становилось все меньше, все чаще они включались в мирскую жизнь; они брались за оружие только тогда, когда это было необходимо, и не для того, чтобы служить ордену, но по просьбе тех, кто использовал орден в своих политических интересах. Несмотря на затруднения и ограниченное пространство сферы деятельности, Тевтонский орден пытался выжить.
В век Просвещения братья-рыцари, а порою и некоторые высокопоставленные чины ордена контактировали с различными тайными обществами, которые расцветали почти всюду в Центральной Европе, с масонскими ложами, тогда всемогущими. Магистр Карл Лотарингский — младший брат герцога Франца, который в 1736 г. женился на императрице Марии-Терезии — и его преемник и племянник Максимилиан, принц-курфюрст Кельна и тевтонский магистр до 1801 г., были в прекрасных отношениях с масонскими ложами. Магистр Максимилиан, меценат, покровитель искусств и литературы, покровительствовал Гайдну, Моцарту и Бетховену. Известно, что Карл Лотарингский и Максимилиан были магистрами тайного общества, Приората Сиона, первый с 1766 по 1780 г., второй в течение всего срока своего магистерства в Тевтонском ордене.
* * *
В начале XIX столетия в Европе, потрясенной Французской революцией, Тевтонский орден выглядел, образно говоря, собственной тенью. Число братьев-рыцарей упало до шестидесяти одного человека в 1809 г. и практически больше не пополнялось. Зато братья-священники выглядели лучше. Орден превратился в основном в духовный, чьи высокопоставленные члены занимали, помимо всего прочего, высокие гражданские, военные или религиозные посты в империи. Имущество и владения ордена со временем значительно поредели. Некоторые командорства, за неимением достаточного штата, объединились в одно командорство. В Кобленце и Лотарингии, которые объединились, орден больше ничем не владел. В других вотчинах количество командорств исчислялось от трех (Тюрингия) до восемнадцати (Франкония). Орден только что понес потери в последней войне. Ставка ордена в Мариентале была занята французскими войсками во время кампании 1800 г., и магистр Максимилиан вынужден был укрыться в Вене. Люневильский мир от 9 февраля 1801 г. установил на Рейне границу между Францией и империей, в силу этого три вотчины, так же как имущество и земельные владения, были потеряны для ордена. Речь шла об Эльзасе и Бургундии, т. е. о девяти командорствах и девяти приходах, Кобленце и Лотарингии — но тут орден больше ничем не владел — и Альт-Бейзене, расположенном в австрийских Нидерландах, занятых Францией в 1793 г., с тринадцатью командорствами.
