На это ушло много времени. Была утрачена внезапность нападения. Предупрежденные посыльными из Бикатунского острога казаки Кузнецкого острога успешно отбили нападение переправившихся войск.
Обозленные джунгары двинули свои трехтысячные войска на Бикатунскую крепость и обложили её с трех сторон, с тылу. В крепости на тот момент было около 80 казаков, семь пушек и ограниченный запас боеприпасов. Пока были снаряды, острог оборонялся, но на третий день осады огонь из пушек прекратился, и джунгары смогли почти беспрепятственно приблизиться к крепости, сжечь её, а оставшихся в живых защитников увести в плен.
В 1715 году Петр I писал джунгарскому хану Цэван-Рабдану: "Та земля на Бии и Катуни, где был построен город, его царского величества, и те земли сибирские, а не твои…".
В 1718 году Бикатунский острог восстановлен на новом месте – на правом берегу Бии в районе современной площади имени Фомченко. Новое место было менее опасным и более выгодным как в стратегическом, так и в экономическом отношениях. Крепость вплотную подходила к берегу реки, которая защищала её от нападения с юга, с трех сторон она была обнесена «городнями» – двойными бревенчатыми стенами, с насыпанною между бревнами землей; с наружной стороны стену окружал ров, на стене по углам располагались дозорные башни. Однако это место не соответствовало старому названию острога, и в 1732 году Бикатунский острог был переименован в Бийский.
Льготные условия для переселенцев Бийской крепости определили сравнительно быстрый рост её населения. По первой ревизии (1724 год) в ведомстве крепости учтено 72 души крестьян (учитывались только мужчины). В ревизской книге приписанных Колывано-Воскресенских заводов за 1748 год при Бийской крепости числилось 107 душ, всего же по второй ревизии (1745 год) здесь было 258 душ крестьян.
Крепость являлась центральной в ряду укреплений, построенных для защиты горных заводов и всей тнрритории Западной Сибири от набегов с юга, прежде всего, Джунгарии. В 1745 она объединяла Колыванскую и Кузнецкую линии укреплений.
Через год на Бийской укрепленной линии, в связи с недостатком хлеба, были в приказном порядке заведены казенные посевы. А через два года после этого, в 1747 году, по указу императрицы Елизаветы, население Бийской крепости было приписано к ведомству Колывано-Воскресенских заводов, с обязанностью выполнять работы по снабжению заводов дровами, углем, рудой, мукой, крупой, овсом, и поставлять кадры горнорабочих путем рекрутских наборов.
В 1747 году, после смерти уральского заводчика Демидова, алтайские горные серебряные заводы и рудники перешли к государственной казне, и на основании указа императрицы об усилении защиты территории и предприятий, размещенных на ней начались работы по строительству третьей крепости на основе второй Бикатунской крепости, которое было закончено к началу осени 1751 года.
В 1756 году, когда началась очередная джунгара-китайская война, и алтайские зайсапы попросили защиты у Российской империи, Алтай официально присоединился к России.
В 1760 году в Бийской крепости из Енисейской провинции поселилось 178 мужчин и 128 женщин (крестьян, казаков и разночинцев), они привели с собой 128 лошадей, 13 коров и 1 овцу. В 1771 году в крепости было 307 домов, одна церковь и, кроме двух драгунских команд, 1094 душ мужского пола и 986 женского. Со временем Бийск утратил оборонительные функции и стал местом хозяйственного освоения Приобья и центром развивающейся торговли.
В 1768 году началось строительство четвертой Бийской крепости в двух километрах ниже по течению Бии. Но к сожалению, место было выбрано неудачно. Крепость ежегодно подвергалась разрушению, по причине весеннего подъема грунтовых вод. А в мае 1799 года невиданным наводнением затопило солдатские слободки, госпиталь, склады с боеприпасами и продовольствием.
В 1782 году Бийск получил статус уездного города и вошел в состав Колыванского наместничества, в 1798 – в Тобольскую, в 1804 – в Томскую губернии.
В 1822–27 годах Бийск имел статус села, потом снова стал окружным (уездным) городом, в 1917–25 годах – уездным городом Алтайской губернии, с 1924 года – райцентром, в 1925–30 годах – административным центром Бийского округа.
В XVIII – нач. XIX в. Бийск представлял собой административно-военный город, население которого быстро росло. Если в 1709 году в нем проживало 646 чел. в, 1782–2,4 тыс., то в 1897 году в нем имелось 17 тыс. чел.
В годы "золотой лихорадки" (1830–1850) в составе быстро растущего населения Бийска начинают преобладать мещане и купцы. В 1855 году в Бийске открылась 1-я ярмарка – Екатерининская, проходившая ежегодно с 24 ноября по 6 декабря. К концу XIX – началу XX вв. Бийск становится крупным торгово-купеческим центром юга Сибири, торгующим с Англией, Францией, Германией. В 1897 в торговле было занято 12,4 % (692 чел.) всего городского, населения Бийска. Наиболее крупную оптовую торговлю вели купцы Е. Г. Морозова, А. Колмаков, Осиповы, Фирсовы, И. К. Платонов и Е. И. Судовская.
Бийск постепенно становится купеческим городом, купцы которого ведут торговлю в Кош-Агаче с алтайцами, монгольскими и китайскими купцами, вносят пожертвования для города, берут на себя также и расходы по содержанию переправ и паромов.
Так, П. А. Копылов, занимавшийся торговлей с Монголией, в своем завещании отписал большую сумму для благотворительных нужд. Его наследник выделил 100 тыс. рублей на строительство Народного дома, 20 тыс. руб. на организацию Городского общественного банка, вся прибыль которого шла в пользу благотворительных и просветительных обществ Бийска.
Купец Фирсов А. П. являлся почетным членом "Общества попечения о начальном образовании" и с 1907 г. входил в попечительное общество, занимавшееся выдачей пособий.
Обстановка на южных границах Западной Сибири настолько стабилизировалась к началу 1820-х годов, что в 1822 г. Бийскую крепость перевели в ранг «заштатных», в котором она просуществовала до 1848 года, и в 1852 году как утратившую военно-стратегическое значение, её передали в городскую собственность.
Развитию Бийска способствовали выгодное положение на торговых путях и благоприятные условия для земледелия и животноводства. Через Алтайские горы пролегали важнейшие караванные тропы, связывающие Северную и Центральную Азию. По территории современного Бийска в III тыс. до нашей эры проходило северное ответвление Великого шелкового пути.
К переправе, на слиянии Бии и Катуни, выходил торговый путь, начинавшийся в северных областях Сибири. В 1922 году Чуйскому тракту, который берет начало в Бийске, присвоен статус дороги государственного значения: практически все экспортно-импортные связи России, Монголии осуществлялись через Бийск.
В конце XIX – начале XX веков в Бийске начали строиться предприятия по переработке местного сырья: кожевенный, винокуренный и лесопильный заводы, махорочная и льноткацкая фабрики, паровая мельница, холодильник и ряд кирпичных заводов, а также полукустарные мастерские по металлообработке. Примечательно,
