После выздоровления в марте 1922 года Эйтингон выехал в Стерлитамак, где и приступил к выполнению обязанностей члена коллегии Башкирского отдела ГПУ. Вскоре башкирские чекисты вместе с правительством республики переехали в Уфу — новую столицу автономии.
Вновь рассказы современников: увидев по приезде в Уфу вооруженную охрану вокруг здания ГПУ, Эйтингон сказал:
«Да уберите вы пулеметы к … матери. Вы же на авторитет бандитов работаете. Их просто в город не надо пускать, а уничтожать, где мы наметим».
Но бандитизм, политический и уголовный, не был единственной головной болью для башкирских чекистов. Ситуация в этой республике была одной из сложнейших в молодых советских автономиях, уступая, как всегда, лишь Северному Кавказу.
Источником обострения национального вопроса был вопрос аграрный. Башкирское население было недовольно колонистами-переселенцами, которые получили землю в Башкирии и результате аграрных реформ П. А. Столыпина. Февральская революция 1917 года выплеснула страсти наружу. Новые башкирские национальные лидеры почти всех политических направлений выступили с требованиями территориальной автономии и решения земельного вопроса по формуле «всю землю Башкирии только башкирам», с чем не соглашались волжские татары, настаивавшие на экстерриториальной автономии российских мусульман и национализации всей земли. Башкирские лидеры, которые опасались татар, экономически более развитых, в июле 1917 года организовали свой первый всебашкирский съезд в Оренбурге, где присутствовало 70 делегатов. Лидером башкирского национального движения стал 27-летний сын сельского муллы, получивший хорошее образование, преподаватель медресе, ученый и политик Ахмет-Заки Вапидов. Под лозунгами создания национально-территориальной автономии, организации башкирской армии, возвращения башкирам всех земель, приобретенных поселенцами после 1898 года, в ноябре 1917 года Башкирское Шуро (Совет) в Оренбурге объявило о создании «Малой Башкирии», куда вошли районы Пермской, Оренбургской и Уфимской губерний. В гражданской войне башкирские националисты первоначально поддержали эсеровско-меньшевистское правительство в Самаре, затем, после его разгона, примкнули к адмиралу Колчаку. Убедившись, что белые генералы автономию башкирам (и другим национальным меньшинствам) «видели в гробу», вооруженные формирования валидовцев перешли на сторону Красной Армии, что способствовало разгрому белых на Урале. В результате в марте 1919 года по договору между Совнаркомом РСФСР и Башкирским Шуро появилась первая автономная республика в составе РСФСР — Башкирская АССР, столицей которой был тогда (до июня 1922 года) Стерлитамак. Валидов возглавил Башкирский ревком, а вскоре вступил в РКП(б). Уфимская губерния осталась в составе РСФСР.
Летом 1919 года в Башкирии по инициативе коммунистов-башкир было учреждено «Временное центральное бюро коммунистов Башкирии», независимое от РКП (б). Ответ на просьбу о признании со стороны Москвы был отрицательный — ЦК РКП(б) не одобрил организацию независимой партии. В ноябре 1919 года на первой Башкирской областной партийной конференции было объявлено, что «башкирская партийная организация есть областная партийная организация». В Москве отношение к Башкирии ухудшалось. 23 октября 1919 года на заседании Политбюро ЦК РКП(б) председатель ВЧК Ф. Э. Дзержинский заявил о ненормальных отношениях между советскими и партийными органами Уфимской губернии и Башревкомом, обвинив при этом правительство Валидова в контрреволюционной деятельности.
Еще одной миной замедленного действия был вопрос о создании объединенной Татаро-Башкирской Республики. Декрет об этом был принят еще в марте 1918 года народным комиссариатом по делам национальностей, бессменным наркомом которого был Иосиф Виссарионович Сталин, и очень не понравился башкирским лидерам, опасавшимся «татарского империализма». И хотя декрет из-за развернувшейся в регионе гражданской войны не был реализован, а решением Политбюро в декабре 1919 года и вовсе отменен, антитатарские и антирусские настроения среди башкир усилились. Плюс к этому Москвой был отвергнут предложенный башкирскими лидерами проект Башкиро-Казахской Федерации, альтернативный уже отмененной Татаро-Башкирской Республике. Последовавшее вскоре обычное вроде бы кадровое назначение вызвало политический взрыв.
