как детей «спугнул в заводе Зайцева недалеко от печки какой-то мужчина с чёрной бородой, а именно Мендель, приказчик заводской усадьбы. Вот почему я и думаю, что в убийстве этом принимал участие этот самый Мендель». Аналогичные показания дала жена Казимира Ульяна. Чаплинский распорядился арестовать Бейлиса, а так как у него не было никаких оснований для ареста в обычном порядке, то он попросил начальника охранного отделения Н.Н. Кулябко задержать Бейлиса в порядке чрезвычайного «Положения об усиленной охране». Вместе с Бейлисом был задержан и три дня содержался в охранном отделении его 9-летний сын Пинхас, друживший ранее с Андрюшей. 3 августа Фененко был вынужден выдать ордер на арест Бейлиса после письменного приказа Чаплинского.
Сосед Шаховского и Чеберяк, сапожник Михаил Наконечный, заявил Красовскому: Шаховский говорил ему, что «пришьёт» Бейлиса к делу, так как Бейлис жаловался на него сыщикам, что он ворует заводские дрова.
Мендель Бейлис в зале суда
Одним из сокамерников Бейлиса был сотрудничающий с полицией Иван Козаченко. Он вошёл в доверие к Бейлису и при освобождении получил от него записку к жене, в которой обвинение особенно выделяло просьбу дать денег Козаченко (Бейлис объяснял, что он имел в виду мелкое вознаграждение) и слова: «Скажи ему, кто на меня ещё показывает ложно». Козаченко при освобождении отдал эту записку тюремному надзирателю и заявил, что Бейлис поручал ему отравить двух свидетелей: Фонарщика, то есть Шаховского, и Лягушку – прозвище сапожника Наконечного, который последовательно свидетельствовал в пользу Бейлиса. Деньги на отравление якобы должна была дать жена Бейлиса, причём расходы брала на себя «вся еврейская нация»; стрихнин для отравления он должен был получить в еврейской больнице. Подполковник Иванов, через своих агентов проверив ряд утверждений Козаченко, выяснил их ложность. Когда он заявил об этом Козаченко, тот упал перед ним на колени и признался, что всё, о чём он показывал в отношении Бейлиса, есть ложь, просил прощения и молил не губить его. Этот факт Иванов вскоре рассказал редактору газеты «Киевлянин», члену Государственного совета Дмитрию Пихно. Иванов сообщил об этом Фененко, но Чаплинский запретил составлять протокол.
А муж Веры Чеберяк Василий показал, «что однажды, за неделю приблизительно до того дня, когда был найден труп Ющинского, Женя, придя домой из усадьбы Зайцева, рассказывал ему, что к Бейлису приехали два каких-то еврея в необычных костюмах. Этих евреев Женя видел молящимися. Сейчас же после того, когда стало известно об обнаружении трупа Ющинского, евреи те, как сообщил Женя, оставили квартиру». Также Чеберяк показал, что «незадолго до обнаружения трупа Ющинского, примерно за три-четыре дня, как-то в квартиру мою прибежал запыхавшийся Женя и… рассказал, что вместе с Андрюшей Ющинским он играл… на кирпичном заводе Зайцева и что там его увидел Бейлис, погнался за ним, а в это самое время сыновья Менделя Бейлиса стояли где-то в заводе и при этом смеялись. Куда Андрюша побежал, я не знаю и об этом Женю не спрашивал».
По инициативе еврейского общественного деятеля Генриха Слиозберга и киевского адвоката Арнольда Марголина в 1911 году был создан комитет по защите Бейлиса, который пытался выяснить реальных виновников убийства Ющинского. Деятельным членом этого расследования был журналист «Русского слова» и «Киевской мысли» Сергей Бразуль-Брушковский; к нему присоединился и сыщик Выгранов, ранее склонявший Шаховского к лжесвидетельству.
Процесс начался в Киеве 23 сентября 1913 года и длился более месяца. Бейлиса защищали киевский адвокат Дмитрий Григорович-Барский. Но первую роль играл цвет столичной адвокатуры: Александр Зарудный, Николай Карабчевский, Василий Маклаков и Оскар Грузенберг. Чеберяк предстала явной уголовницей, причём сама этому помогла: помимо вскрывшихся попыток склонить к лжесвидетельству мальчика Заруцкого она также прямо в зале суда принялась угрожать свидетельнице Черняковой, которая сделала соответствующее заявление, прибавив: «Ведь она может всё сделать». Даже гражданский обвинитель Шмаков признал правдоподобным, что Чеберяк может быть соучастницей убийства, однако – только как сообщница Бейлиса. Сингаевский всё отрицал, указывая как на алиби на то, что в ночь на 13 марта он, Рудзинский и Латышев ограбили оптический магазин на Крещатике. Вопрос Грузенберга, почему кража, совершённая в ночь на 13-е, несовместима с убийством, произошедшим утром 12-го числа, поставил его в тупик. Обвинитель Замысловский начал за него объяснять, что для ограбления нужна тщательная подготовка и поэтому одно с другим никак не совместимо; Сингаевскому оставалось только поддакивать.
Для дачи заключения в суд были вызваны профессор Д.П. Косоротов и Н. Труфанов. Адвокаты предложили своих экспертов – варшавского профессора хирурга А.А. Кадьяна и лейб-хирурга профессора Евгения Павлова. 15 октября суд предложил экспертам ответить на ряд вопросов о характере повреждений на теле Ющинского. Они не пришли к единому мнению по поставленным вопросам, и утром 16 октября суд предложил экспертам зачитать свои заключения раздельно. Согласно профессору Кадьяну, «при получаемых ранениях Ющинского, конечно, кровь терялась, но если говорить об особом обескровливании, то на это нет данных». Согласно лейб-медику Павлову, «уколы в область сердца дают, как и пулевые ранения, колоссальное кровоизлияние внутрь и незначительное наружу. Эти раны не есть средство для получения крови». Бехтерев также подтвердил, что фактически на правом виске было 14 ран, как было отмечено при первом вскрытии, а не 13, как утверждало обвинение, придавая этому числу каббалистический смысл.
При этом эксперты – медик профессор Косоротов и психиатр профессор И.А. Сикорский (известный в Киеве русский националист и отец выдающегося авиаконструктора Игоря Сикорского) – поддерживали версию обвинения. Защита протестовала против экспертизы Сикорского, указывая, что в обширной речи о еврейских ритуальных убийствах он далеко вышел за рамки своей компетенции как эксперта-психиатра. Профессор В.П. Сербский характеризовал эту экспертизу выражениями самого Сикорского как «сложное квалифицированное злодеяние».
В богословской экспертизе со стороны защиты участвовали: академик Павел Коковцов, профессор Петербургской духовной академии Иван Троицкий, крупный еврейский религиозный деятель – московский казённый раввин Яков Мазе, а также профессор П.В. Тихомиров. Они доказали абсурдность обвинения евреев в употреблении крови для ритуальных целей. При первой передаче дела в суд тот же вывод сделал профессор Киевской духовной академии А. Глаголев. Подтвердить наличие ритуальных убийств в иудаизме взялся католический священник из Ташкента Иустин Пранайтис. Защита уличила его в полном незнании еврейской религиозной литературы. Эксперты защиты указали на принципиальный запрет употребления крови в пищу, содержащийся в иудаизме.
Присяжным было задано два вопроса: о факте убийства и о виновности Бейлиса. Присяжные, состоящие в основном из крестьян и мелких служащих, по первому вопросу вынесли положительный вердикт, по второму (о виновности Бейлиса) – отрицательный, и 28 октября 1913 года в 6 часов вечера Бейлис был оправдан и
