Правительственная комиссия, расследовавшая катастрофу, пришла к выводу, что причиной невыхода основного парашюта явилось "зажатие" его стенками контейнера. То, что такого не произошло во время испытаний, объяснили "вероятностным фактором". Однако после завершения работы комиссии появилась еще одна версия случившегося: спускаемые аппараты кораблей № 4 и № 5, в отличие от предыдущих беспилотных, ставились в автоклав для полимеризации теплозащиты вместе с парашютными контейнерами, но, как оказалось, они не были закрыты штатными крышками — вследствие этого стенки контейнеров могли покрыться налетом смол, который резко повысил коэффициент трения. Чтобы проверить версию, на заводе был проведен эксперимент: спускаемый аппарат незапущенного корабля "Союз-2" (№ 5) подвесили за тормозной парашют и стали медленно поднимать, замеряя усилие, при котором произойдет выход основного парашютом. Каково же было изумление инженеров, когда они увидели, что аппарат массой примерно 2800 кг болтается на тормозном парашюте, как на веревке, а основной парашют из контейнера так и не вышел. Стало ясно, что могла произойти еще более страшная катастрофа: если бы стартовал "Союз-2", то погибли бы четверо космонавтов.
По итогам расследования были проведены все необходимые доработки кораблей "7К-ОК", и в первую очередь его парашютных блоков. Двадцать седьмого октября 1967 года с 31-й площадки космодрома Байконур стартовал модифицированный "Союз" ("7К-ОК(А)" № 6), получивший обозначение "Космос-186". Тридцатого октября с 1-й площадки был запущен бывший "Союз-2" ("7К-ОК(П)" № 5) под официальным названием "Космос-188". Пассивный корабль вышел на заданную орбиту и оказался всего в 24 км от активного. Сразу же была выдана команда на сближение. И наконец-то долгожданная удача — аппараты состыковались! Таким образом, была выполнена первая в мире автоматическая стыковка двух космических кораблей, причем это произошло вне зоны видимости средств командно-измерительного комплекса.
Достижение несомненное, но детальный анализ телеметрии показал, что стыковка завершилась лишь механическим захватом: направляющий штырь активного корабля погнулся и не смог полностью войти в приемное устройство пассивного корабля. Несмотря на неисправность и перерасход топлива, корабли удалось развести. Новые проблемы начались на этапе спуска. "Космос-186" из-за сбоя солнечно-звездной ориентации выполнил посадку по баллистический траектории, приземлившись в нерасчетном районе. Пассивный корабль "Космос-188" решили сажать с помощью ионной ориентации, но и она подвела — траектория оказалась слишком пологой, и спускаемый аппарат был уничтожен системой автоматического подрыва.
Госкомиссия больше не спешила с возобновлением пилотируемых полетов, и на орбиту отправились еще два беспилотных "Союза" для выполнения повторной автоматической стыковки. Четырнадцатого апреля 1968 года стартовал "Космос-212" ("7К-ОК(А)" № 8); на следующий день запустили "Космос-213" ("7К-ОК(П)" № 7). На этот раз сближение, причаливание и стыковка были выполнены безукоризненно, а еще через пять дней спускаемые аппараты успешно приземлились в заданных районах. С 28 августа по 1 сентября 1968 года без замечаний прошел "зачетный" одиночный полет беспилотного корабля "Космос-238" ("7К-ОК(П)" № 9), и только после него Госкомиссия постановила вновь вернуться к пилотируемым полетам.
Тут нужно вспомнить, что в то самое время американцы уже завершили программу "Gemini", в ходе которой отрабатывались этапы полета на Луну, и перешли к активной реализации программы "Apollo". В октябре 1968 года на околоземной орбите побывал первый пилотируемый корабль нового типа "Apollo 7", а месяцем позже НАСА объявило о своей готовности отправить командно-служебный модуль корабля "Apollo 8" с астронавтами на борту в уникальный рейс с облетом Луны. То есть Советский Союз сильно отставал в лунной гонке и мог преодолеть разрыв лишь каким-то неожиданным смелым ходом. Советские космонавты обратились к правительству с предложением отправить экипаж из двух человек в облет Луны на корабле типа "Зонд" ("7К-Л1"), созданном на основе "Союза", и отобрать приоритет хотя бы у "Apollo 8". Но постоянные технические сбои, сопровождавшие программу, не внушали уверенности в успехе, поэтому правительство отказалось от рискованной затеи.
Двадцать пятого октября 1968 года с 1-й площадки космодрома Байконур стартовал беспилотный корабль, получивший имя "Союз-2" ("7К-ОК(П)" № 11). Через сутки с 31-й площадки был запущен "Союз-3" ("7К-ОК(А)" № 10), пилотируемый Георгием Береговым. Активный корабль вышел точно на заданную орбиту и после отделения от третьей ступени ракеты оказался всего в 11 км от "Союза-2". Сразу прошел сигнал "захват цели" системы "Игла", и началось автоматическое сближение кораблей. На расстоянии 200 м от пассивного корабля Береговой взял управление на себя, однако ему никак не удавалось держать свой "Союз-3" по курсу, и "Союз-2" автоматически отвернул в сторону. Повторная попытка стыковки тоже не удалась. Перерасход топлива из-за всех этих маневров оказался столь велик, что его едва хватало на посадку. Заслушав доклады специалистов, Госкомиссия приняла решение завершить полет: оба спускаемых аппарата приземлились благополучно.
Расследование показало, что корабли при сближении были перевернуты друг относительно друга на 180°, чего космонавт не мог определить визуально, и автоматика, которая "видела" проблему, в последний момент разводила их. Вывод комиссии был однозначным: причиной невыполнения программы полета стала ошибка космонавта. Тем не менее вряд ли нужно всю вину перекладывать на Георгия Берегового, ведь специалисты не учли, что ему приходилось работать в экстремальных условиях: стыковаться на первом же витке, без адаптации к невесомости и новому пространству, без связи с Землей и на ночной стороне, где плохо видна цель. Кроме того, процесс сближения кораблей в перевернутом положении не отрабатывался на тренажере — почему-то конструкторы забыли о такой возможности. Разумеется, в официальных сообщениях ТАСС об этой неудаче, как и о всех прочих, кроме гибели "Союза-1", не было сказано ни слова, — наоборот, полет Берегового представили как очередной значительный успех советской космонавтики.
Несмотря на победные реляции, программа создания кораблей "Союз" продолжала преподносить сюрпризы. Запуск "Союза-4" ("7К-ОК(А)" № 12) под управлением Владимира Шаталова был произведен с 31-й площадки 14 января 1969 года. Через сутки после старта активного корабля на встречу с ним с 1-й площадки отправился "Союз-5" ("7К-ОК(П)" № 13), на борту которого находились Борис Волынов, Алексей Елисеев и Евгений Хрунов. Учитывая негативный результат предыдущего полета, с проведением стыковки не спешили, чтобы дать космонавтам время на адаптацию. Причем сам процесс сближения решено было проводить над территорией СССР, в зоне радиовидимости наземных средств связи и в светлое время суток. На этот раз все получилось идеально — 16 января корабли состыковались, а затем Хрунов и Елисеев в течение часа совершили переход через космос с борта "Союза-5" на борт "Союза-4".
В состыкованном состоянии корабли находились 4 часа 33 минуты. Семнадцатого января на Землю благополучно вернулся спускаемый аппарат "Союза-4", а 18 января на посадку пошел "Союз-5". И вот тут новый корабль в полной мере продемонстрировал свой "трудный характер": после выдачи тормозного импульса, сводящего "Союз-5" с орбиты, прошла команда на разделение отсеков, но по какой-то причине она не сработала. Приборно-агрегатный отсек, располагавшийся со стороны днища спускаемого аппарата, тащился сзади "прицепом", не позволяя развернуться по-посадочному, то есть днищем вперед к набегающему потоку. Борис Волынов сразу оценил опасность ситуации, в которой оказался, но что-либо предпринять не мог физически. С каждой минутой нарастала перегрузка, и космонавт все сильнее повисал на привязных ремнях вместо того, чтобы вжиматься в кресло, ведь из-за перевернутого положения перегрузки действовали в обратном направлении. Вскоре в кабине запахло гарью: стала плавиться герметичная резиновая прокладка люка — в любой момент резина могла не выдержать нагрева, и тогда плазма, ворвавшись в кабину, выжгла бы все внутри. Волынова спасла резервная схема разделения: по сигналу от термодатчиков сработали пирозамки, и отсеки наконец-то разделились. Спускаемый аппарат развернулся и далее падал по баллистической траектории с перегрузкой 9 g. Само приземление оказалось настолько жестким, что у космонавта выбило зубы верхней челюсти.
