В следующем году Загоскину поручили командовать корветом «Елена», ранее совершившим три кругосветных плавания. Корвет направлялся в Калифорнию, в залив Бодега, к Форту Росс.
4 мая 1842 г. бриг «Охотск» оставил Ново-Архангельск. На борту брига находились Л.А. Загоскин и пятеро его спутников. Спустя два месяца после посещения островов Шумагинских, Уналашки и Прибыловых «Охотск» подошел к Михайловскому редуту.
6 августа, когда бриг «Охотск», после плавания в Мечигменскую губу и к островам Диомида (или иначе «Гвоздева острова»), вернулся в Михайловский редут, Лаврентия Алексеевича там уже не было. Он плыл в первую разведку вдоль берега Нортонова залива к северу, до устья реки Уналаклик, по пути которым предстояло пройти зимой.
Уже в записях этого периода наглядно видна широта интересов путешественника. Он расспрашивал старожилов об истории редута, жизни русских поселенцев и окружающих племен, измерял высоту приливов и отливов, собирал образцы горных пород и растений, записывал данные о приходе промысловых рыб, о прилете и отлете птиц, забирался в глубину колодца, рассматривая прорезанные им пласты вечномерзлого грунта. Изо дня в день, с 11 июля по 4 декабря, велись метеорологические наблюдения.
4 декабря 1842 г. экспедиция Л.А. Загоскина покинула Михайловский редут. Она направилась по морскому побережью к устью реки Уналаклик.
В труднейших условиях, по замерзшему руслу этой реки, Загоскин прошел в глубь материка и вышел на Квихпак. На перевале температура упала ниже 30 °C. В термометре замерзла ртуть. Снегом, как ножом, резало полозья. Не выдерживали собаки: у каждой кочки и выбоины они ложились и свертывались кольцом. Но люди шли вперед.
15 января прибыли в Нулато.
Этот пункт надолго стал опорной базой для походов Загоскина в бассейне Квихпака.
Из Нулато в конце февраля 1843 г. состоялся поход по притоку Квихпака – реке Юннаке для выяснения кратчайшего пути к заливу Коцебу.
2 августа 1843 г. Загоскин и его спутники покинули Нулато. Более семи месяцев, проведенных здесь, позволили накопить материал, который лег в основу очерка о состоянии заселения, о рельефе и климате окружающего края.
Загоскин прибыл в Икогмют. Квихпак был осмотрен и описан на протяжении более 700 км. Теперь надолго главной квартирой Загоскина стал Икогмют. Отсюда он направлялся в походы.
С 23 ноября по 3 декабря Загоскин обследовал верхний переход с Квихпака на Кускоквим, идущий через селение Паймют.
В Колмаковском редуте (на Кускоквиме) Загоскин познакомился с Семеном Лукиным. Этого замечательного русского человека, воспитанника А.А. Баранова, знали и уважали далеко в округе.
С 10 февраля по 10 марта, целый месяц, продолжался поход в бассейн нижнего течения реки Иннока. Крайней точкой похода по Иноке-Иттеге было селение Тталиты, куда в 1839 г. доходил Петр Колмаков. Отсюда без особых происшествий экспедиция вернулась на Квихпак и 10 марта прибыла в Икогмют.
5 июня экспедиция вернулась в Колмаковский редут. Через три дня по знакомому пути вышли на Квихпак. 10-го Загоскин прибыл в Икогмют. Оставался заключительный этап экспедиции: сплав в Михайловский редут.
Спустя три дня, тепло простившись с местными жителями, вместе с икогмютской артелью Загоскин отправился вниз по Квихпаку.
Л.А. Загоскин
5 августа 1844 г. бриг «Охотск» увез Загоскина из Михайловского редута. 26 сентября он прибыл в Новоархангельск.
Зима ушла на приведение в порядок коллекций, записей, путевых дневников, составление обстоятельных докладов и предложений главному правителю Русской Америки. Срок договора о службе в Российско-американской компании давно истек.
16 мая 1845 г. на корабле «Наследник», который находился под командой главного правителя русских владений, капитана 1-го ранга А.К. Этолина, Загоскин выехал в Охотск.
В конце 1845 г., после шестилетнего отсутствия, Загоскин прибыл в Петербург. Собранные им коллекции и сама экспедиция сразу же привлекли к себе внимание. Ближайшее участие в судьбе Л.А. Загоскина принял Ф.П. Врангель, тогдашний главный директор Российско-американской компании и один из организаторов созданного в 1845 г. Русского географического общества.
Зимой Загоскин получил отпуск и уехал на родину. Семейные несчастья настолько его расстроили, что он заболел и некоторое время находился на излечении в Москве. Во время его отсутствия 8 января 1847 г. в Петербурге, по предложению Ф.П. Врангеля, доклад о путешествии Л.А. Загоскина был прочитан на общем собрании Русского географического общества. Текст доклада с приложением карты части Северо-Западной Америки, составленной Загоскиным, списка астрономически определенных пунктов, словарей и других материалов был опубликован в очередном номере «Записок» общества.
В июле и августе 1847 г. первую часть записок Загоскина опубликовал журнал «Библиотека для чтения». Продолжение записок в журнале не печаталось, так как вскоре 1-я часть «Пешеходной описи» вышла в свет отдельной книгой. В 1848 г. отдельной книгой была издана и 2-я часть «Пешеходной описи».
15 января 1849 г. Русское географическое общество избрало Л.А. Загоскина своим действительным членом. Высоким признанием достоинств труда Л.А. Загоскина явилось присуждение ему премии Академии наук.
В те самые годы, когда печать и научная общественность единодушно отмечали выдающиеся заслуги Л.А. Загоскина перед отечественной географией, линия его жизни круто изменилась. 14 января 1848 г., поличному прошению, приказом по флоту он был уволен от службы.
Вскоре Загоскин был определен исполняющим должность лесного ревизора в Московской губернии, а в 1849 г. назначен начальником егерского училища и школы сельских писарей в селе Острове, находящемся в 20 км от Москвы.
Спустя некоторое время он оставил службу и переехал жить в село Абакумово, лежащее по Скопинскому тракту между Рязанью и Пронском. В этом селе жена Загоскина получила в наследство небольшое имение.
Весной 1855 г. был опубликован манифест о создании государственного подвижного ополчения. Внеочередное дворянское собрание избрало Л.А. Загоскина начальником 103-й сводной дружины ополчения Пронского уезда.
Дружина под командой Л.А. Загоскина в составе рязанского ополчения в конце июня прошла через Харьков. В октябре ополченцы вошли в Николаев и приступили к возведению укреплений около города. Но в марте 1856 г. в Париже был подписан мир.
После окончания Крымской войны Л.А. Загоскин вернулся в Абакумово.
После пресловутого «освобождения крестьян» Л.А. Загоскин в течение двух с половиной лет (с декабря 1861 г. по июнь 1864 г.) состоял мировым посредником. В июне 1864 г. Загоскин ушел с должности мирового посредника. Он продолжал жить в Абакумове.
Глубокое разочарование Л.А. Загоскину принес 1867 год, когда царь продал Аляску Соединенным Штатам Америки. Перед лицом более сильных английских и американских конкурентов царизм показал свою полную неспособность удержать русские владения в Америке.