Что же касается самой церковной провинции Иерусалима, то с 1099 г. ее викарным епископством стала Лидда; также в нее входило несколько древних епархий, которым оставили автономию (епархия Акры около 1120 г., Наблуса, Иерихона, Дорона и т. д.), но подчинили патриаршему престолу. Напротив, Вифлеем, до того бывший простым приорством, зависевшим от церкви Св. Гроба, крестоносцы, ввиду известности этого городка, превратили в епископство, сразу же доверив его Арнульфу де Марторану, этому «творцу скандалов, нарушителю спокойствия», как назвал его Гильом Тирский. Учреждение епископства было незаконным, и потому Балдуин I добился от папы подтверждения на этот шаг, перенеся в Вифлеем епископскую кафедру Аскалона, который тогда находился во власти мусульман (1110 г.).
Также из соображений важности, какую представляло приорство Хеврона (Сент-Авраама) для паломников, в 1168 г. его сделали викарным епископством Иерусалима. В то же время было решено назначить митрополита во II Аравию, переместив в Крак де Моаб (Керак, который считали древней Петрой) традиционную митрополию этой провинции, Раббат Аммон (Филадельфии), где не было архиепископов с 1099 г. Архиепископ Герри принял титул «первого латинского архиепископа Петры». У него не было викарных епископов и потому было решено фиктивно подчинить ему греческого епископа Синайской горы. Наконец, патриарх Амори де Нель и король Амори I захотели в том же самом 1168 г. восстановить епископство в Яффе.
Как видим, формирование палестинского епископата продвигалось медленными темпами. Можно даже задаться вопросом, а не путаница ли в «Notices» побудила папу и патриархов действовать с особой осторожностью. Но в состав королевства также входили и земли, которые подчинялись патриарху Антиохийскому — церковная провинция Финикия (Тир). В 1104 г. Балдуин I захватил Акру, в 1110 г. Бейрут и Сидон, и на следующий год попытал счастья в отношении Тира, который пал только в 1124 г. После взятия Бейрута патриарх Гибелин попытался добиться от Пасхалия II разрешения подчинить этот город своей кафедре, под тем предлогом, что за пять веков мусульманской оккупации прежняя организация церковных округов было давно забыта. Пасхалий II решил, что раз дело обстоит подобным образом, чтобы все земли, которые завоюет Балдуин, присоединялись к Иерусалимскому патриархату. Но Антиохийский патриарх энергично протестовал: он утверждал, что все предельно ясно — Бейрут и вся Тирская провинция всегда зависели от его патриаршего престола. Узнав, таким образом, о уловках иерусалимских властей, папа объявил, что «все земли, которые некогда подчинялись Антиохии, должны отойти Антиохийской кафедре». Он спешно запретил Иерусалимскому патриарху присваивать чужые церковные земли (1113 г.). Тем не менее, во время осады Тира не кто иной, как патриарх Гормонд назначил и посвятил в архиепископы Эда, который скончался прежде, чем город был завоеван. Смерть этого прелата благоприятствовала тому, что имущество его церкви было расхищено баронами, тем более что его преемник, англичанин Гильом I был выбран только в 1129 г.: Гильом II Тирский, наш историк, сильно сожалел о неурядицах, вызванных тем, что кафедра была не занята до 1129 г. При третьем архиепископе Фульхерии Ангулемском конфликт возобновился! Посвященный в сан патриархом Иерусалимским, Фульхерий отказался принять от него палиум, за которым обратился в Рим, сославшись на то, что Тир не подчинен Иерусалиму. Тогда патриарх освободил викарных епископов Тира от обязанности подчиняться своему митрополиту и примирился с Фульхерием, только когда сам папа пригрозил ему подчинить Тир напрямую Святому Престолу. Фульхерий также рассорился с патриархом Антиохии, который подчинил себе триполийские епископства Финикии, и соглашался уступить их Тиру лишь после того, как эта провинция покорится его духовной власти. Святой Престол поддержал Фульхерия в этом стремлении восстановить свою провинцию, уточнив, однако, что сам он должен проявить покорность Антиохии. Но попытка закончилась полным провалом (1133 г.).
Конфликт обострился, когда у архиепископа Тирского отняли викарное епископство Хайфу: он же утверждал, что этот город ранее был финикийским Порфирионом; Иерусалимский патриарх отклонил эту версию (спор об этом продолжается и сейчас). Гильом Мессинский, в продолжение дела о палиуме, присоединил Хайфу к архиепископству Цезарейскому, исходя из утверждения, что Хайфа принадлежит к провинции Палестины. Архиепископы Тирские так и не смогли добиться подчинения Хайфы, несмотря на поддержку Иннокентия II. Из четырнадцати викарных епископов Тира те, что входили в графство Триполи, были отобраны Антиохийским патриархом. Лишь епископства Сидона (который объединили с епископством Сарепты), Бейрута, Акры и Баниаса остались в подчинении у своего митрополита, пострадавшего от борьбы за влияние между двумя патриархами.
Таким образом, полный перечень латинских викарных епископов Иерусалимского патриархата включал в себя пять архиепископств (Тира, Назарета, Цезареи, Крака и Босры) и восемь епископств. Эти прелаты были необычайно богаты, и до нас дошли тексты соглашений между Иерусалимским патриархом и капитулом его кафедрального собора, могущественного капитула церкви Святого Гроба, о разделе «патриаршего манса» и «манса капитула». В 1103 г. Эвремар распределил манс капитула по пребендам (пребенды главного певчего, преподавателя соборной школы, казначея, иподьякона, младших певчих; каждый из перечисленных получил «ассизу» (ренту) в 150 безантов, а ризничий 100 безантов; в то же время архидьякон, которым тогда был Арнульф де Роол, сохранил для себя львиную долю доходов), но в 1114 г. Арнульф изменил условия этого дележа, не замедлив — к великому возмущению Гильома Тирского — заменить белых каноников черными, то ли руководствуясь задачами религиозной реформы, то ли (на что намекает наш историк) желая иметь более послушных подчиненных… Святой Гроб был очень состоятелен: в его картулярии зафиксирована протяженность его владений в Палестине, и нам известно, что его домены простирались вплоть до Грузии, куда в XIII в. каноники направляли своего представителя, чтобы собрать доходы с принадлежавших им ста поместий.
В Иерусалиме находилось множество аббатств, а некоторые из них возникли еще в I в.: перед крестовыми походами купцы из Амальфи, маленькой торговой республики на неаполитанском побережье, добились разрешения построить в Иерусалиме церковь Пресвятой Девы, возле которой они возвели два монастыря — мужской монастырь Ла Латин (Св. Марии Латинской), и женский, посвященный Св. Магдалине Латинской. Рядом с ними возник гостеприимный дом Св. Иоанна Крестителя; крестоносцы, придя в Иерусалим, были встречены блюстителем монастыря и гостеприимного дома, Жираром, и аббатиссой женской обители, знатной римлянкой по имени Агнесса. Они тут же поспешили основать другие монастыри: монахи, пришедшие в свите Готфрида Бульонского, получили от него Иосафатское аббатство. Еще одним монахам он пожаловал монастырь на Сионской горе; во владении этого аббатства находился Сионский холм, и Балдуин I уступил ему маленькую часть Иерусалима, разрешив пробить ворота в крепостной стене. Остальные монахи обосновались в Оливьерском саду и Храме Господа. Эти четыре аббатства — Храма, Оливьера, Сионской горы и Иосафата — занимали первое место по важности наряду со Св. Гробом: но приходилось допускать каноников за их стены на время некоторых праздников, что приводило к стычкам с монахами, постоянно проживавшими возле этих святых мест. Неподалеку от Святого Града черные каноники из ордена премонстрантов построили монастырь Св. Иакова Аримафейского (Сен-Абакук), а монахи возвели еще несколько в Сен-Самуэль де Монжуа (холм, возвышавшийся над Иерусалимом) и на горе вблизи Иерихона (Quarantaine). В удалении располагались монастыри Св. Иоанна в Севастии (позднее епископство), Мон-Фавор, Мон-Кармиль и Ла Помере.