Залог любви небесной В тебе мы, Павел, зрим, В чете твоей прелестной Зрак ангела мы чтим. Украшенный венцом, Ты будешь нам отцом!
Через архитектора В. И. Баженова, бывшего масоном, Новиков дважды посылал книги цесаревичу. Видимо, Екатерина узнала об этом. Известен ее разговор с московским генерал-губернатором князем Прозоровским, человеком необразованным, недалеким, но усердным службистом. «Для чего ты не арестуешь Новикова?» — вроде бы шутя спросила Екатерина. «Только прикажите, государыня!» — отвечал Прозоровский. «Нет, надобно найти причину», — недовольно сказала императрица. Но Новиков, к великому сожалению Екатерины, не давал повода для преследований. Не потому, что был осторожен и предусмотрителен, просто он не делал ничего противозаконного.
В сентябре 1784 года повод появился: императрице доложили, что иезуиты недовольны напечатанной Новиковым в прибавлениях к «Московским ведомостям» статьей «История ордена иезуитов». Екатерина отправляет указ московскому обер-полицмейстеру Архарову: «Уведомившись, что будто бы в Москве печатают ругательную историю ордена иезуитского, повелеваем запретить таковое напечатание; а ежели бы оная издана была, то экземпляры отобрать; ибо, дав покровительство наше сему ордену, не можем дозволить, чтоб от кого-либо малейшее предосуждение оному учинено было». Но поскольку статья прошла цензуру, дело кончилось тем, что запретили печатать ее продолжение.
Следующий демарш против Новикова происходил уже на глазах Карамзина. В октябре 1785 года на Новикова поступило несколько доносов протоиерея кремлевского Архангельского собора Петра Алексеева. Видя неприязнь Екатерины к масонам, он стал доносить о московских масонах, что они проповедуют «расколы, колобродства и всякие нелепые толкования», послал ей изданную Новиковым книгу «Братские увещания к некоторым братиям свободным каменщикам», заметив при этом, что по ней «можете рассуждать и о прочих сего рода сомнениях, здесь печатаемых к соблазну немощных совестей, и тем самым кому бы запрещать надлежало, одобряемых». Екатерина повелела московскому генерал-губернатору: «В рассуждении, что из типографии Новикова выходят многие странные книги, прикажите губернскому прокурору, сочиня роспись оным, отослать оную с книгами вместе к Преосвященному архиепископу московскому, а Его Преосвященство имеет особое от нас повеление как самого Новикова приказать испытать в законе нашем, так и книги его типографии освидетельствовать, что окажется, нам донести и Синод наш уведомить».
Архиепископ Платон дал отзыв, не удовлетворивший Екатерину: собственно литературные издания он похвалил, ибо они содействуют образованию, о масонских мистических изданиях сказал, что не понимает их, а посему и судить о них не может, о Новикове же написал: «Как пред престолом Божьим, так и пред престолом твоим, всемилостивейшая Государыня императрица, я одолжаюсь по совести и сану моему донести тебе, что молю всещедрого Бога, чтобы не только в словесной пастве, Богом и тобою, всемилостивейшая Государыня, мне вверенной, но и во всем мире были христиане таковые, как Новиков».
Тогда Екатерина поручила вести дело не духовной, а светской власти. Она предписывает губернатору вызвать «содержателя типографии в Москве Николая Новикова» и «изъяснить ему, что учреждение типографии обыкновенно предполагается для издания книг, обществу прямо полезных и нужных, а отнюдь не для того, чтобы способствовать изданию сочинений, наполненных новым расколом», книжные лавки его запечатать и запретить продажу масонских книг, выяснив, кто их сочинял, переводил и цензуровал. При этом расследовании впервые в орбиту внимания Екатерины II попало имя Карамзина: на вопрос о книге Штурма Новиков отвечал, что она «переведена была на российский язык господином Карамзиным и печатается на коште переводчика оной». На книги издания Новикова, признанные вредными, был наложен арест. Екатерина направила московскому генерал-губернатору указ, которым запрещала продление договора с Новиковым об аренде университетской типографии.
Московские масоны, понимая, что императрица преследует именно масонство, наложили временный запрет на всю масонскую деятельность, на заседания лож, переписку. Однако Новиков, прекратив заседания лож, продолжал благотворительную деятельность.
