Для обороны Керченского пролива и морских сообщений от воздействия по ним Черноморского флота, а впоследствии и Азовской военной флотилии немцы сосредоточили в этом районе и военно-морские силы: 1-ю флотилию торпедных катеров (14 единиц), 3-ю флотилию артиллерийских плавучих батарей, 3-ю флотилию катерных тральщиков, 2—3 подводные лодки, десантные баржи, сторожевые катера Южный вход в Керченский пролив был защищен пятью минными заграждениями, а на севере, со стороны Азовского моря, установлен дозор, состоявший из десантных судов и артиллерийских самоходных барж. Кроме того, вход в пролив со стороны Черного моря защищался береговой артиллерией, которая была усилена за счет установки польских трофейных 75-мм орудий. На северокавказском побережье в районе Анапы были установлены 4 береговые батареи калибром 88—150 мм, а на анапском аэродроме базировалось около 80 самолетов-истребителей.
Непосредственно для осуществления морских перевозок в портах Керченского и Таманского полуостровов было сосредоточено большое количество паромов «Зибель», десантных барж, лихтеров, буксиров и других мелких судов.
Несмотря на то что в корабельном составе полное господство на Черном море принадлежало нашему флоту, немецкие конвои у берегов Крыма ходили постоянно и, что самое главное, практически безнаказанно.
Всего за время с 23 февраля по 20 сентября 1943 года из Керчи в Анапу и обратно прошло 190 конвоев (совершено 360 рейсов). По данным немцев, из них только 30 конвоев, то есть примерно около 16 %, подвергались атакам сил Черноморского флота. Причем из 30 атак 3 были произведены нашими подводными лодками и 27 — авиацией. Все атаки наших подводных лодок были безуспешны. От наших воздушных атак погибли всего 3 десантные баржи и одно десантное судно, тяжелые повреждения получили 6 десантных судов. Несмотря на частые выходы на сообщения торпедных катеров, не было ни одного случая атаки ими конвоев.
Помимо конвоев по маршруту Керчь — Анапа противник осуществлял регулярное сообщение десантных судов, буксиров и лихтеров между Феодосией и Таманью (так называемые конвои «Банзан»). До середины июля 1943 года на этой трассе прошло 25 конвоев. Конвои обычно состояли из 3—4 десантных барж, 1—2 буксиров или лихтеров. Движение конвоев осуществлялось в основном в темное время суток. Пять из 25 конвоев подвергались атакам наших самолетов. В результате атаки 17 июня 1943 года 1 лихтер был потоплен и 1 лихтер поврежден. Более энергично действовали наши подводные лодки, которые по 8 раз атаковали немецкие конвои, но ни в одном случае не достигли успеха. Выпущенные торпеды большей частью проходили под днищем мелкосидящих транспортных средств. Одна из выпущенных лодкой 17 июля торпед попала в буксир, но не взорвалась.
Помимо этого, в 1943 году противник провел свыше 150 катеров (десантные баржи, буксиры и лихтера) от Геническа до Темрюка (условное наименование конвоев «Тони» и «Орион») и от Керчи до Темрюка (условное наименование «Теодор»). Известные помехи на этом участке коммуникации создавали минные заграждения, от которых противник потерял буксир и лихтер. Кроме того, немцы осуществляли перевозки войск и грузов своей 6-й армии, правый фланг которой выходил к Азовскому морю.
В период с начала навигации и до оставления Таганрога (конец августа) 6-й армии было доставлено морским транспортом 29 449 тонн различных грузов. Поражение немецко-фашистских войск летом 1943 года под Курском и на юге Украины сделало оперативно нецелесообразным удержание кубанского плацдарма. С 9 августа объем перевозок через Керченский пролив был сокращен до норм текущего снабжения 17-й армии. А с сентября началась эвакуация тылов немецко-фашистских войск с кубанского плацдарма. Для ежедневной переправы 6800 тонн грузов через Керченский пролив дополнительно было приведено 28 лихтеров. Несмотря на сильные воздушные налеты нашей авиации на порты Сенная и Тамань, противник переправлял через Керченский пролив войска и грузы круглые сутки. Так, 18 сентября штаб 17-й армии сообщал, что «до сих пор переправлялось больше, чем предполагалось». По данным бывшего начальника штаба немецко-фашистского флота на Черном море капитана 1-го ранга Конради, в период с 7 сентября по 9 октября 1943 года с Таманского полуострова в Крым было перевезено 200 тысяч солдат и миллионы тонн снаряжения.
Увы, как это ни горько сознавать, но осенью 1943 года в районе Керчи происходило нечто в высшей степени странное. При стратегической инициативе нашей стороны, при примерном равенстве в воздушных силах и подавляющем превосходстве Черноморского флота немцы ПРАКТИЧЕСКИ БЕЗНАКАЗАННО осуществляли эвакуацию огромной армии!
Только за первые два дня октября в Крым были отправлены три больших конвоя, в составе которых насчитывалось 240 кораблей и судов. При этом от подводных лодок и авиации Черноморского флота, по словам Конради, погибли только артиллерийская баржа и саперный понтон. Уходя в Севастополь, противник поставил дополнительно несколько минных заграждений в Керченском проливе и у южного выхода из него. Таким образом, Черноморский флот до октября 1943 года не смог прервать морские сообщения таманской группировки немецко-фашистских войск, не удалось ему также создать даже серьезной помехи в эвакуации этой группировки в Крым и в уводе из Азовского моря и Керченского пролива в Севастополь большого количества плавсредств. Впоследствии все эти плавсредства были использованы противником для снабжения, а затем эвакуации крымской группировки войск.
Для того чтобы понять причины, в результате которых Черноморский флот не мог выполнить поставленные перед ним задачи, необходимо рассмотреть его боевые действия на морских сообщениях таманской группировки немецко- фашистских войск в 1943 году. Напомним, что, несмотря на понесенные потери за два минувших года войны, Черноморский флот по-прежнему полностью доминировал на море. В его составе были линейный корабль, четыре крейсера, десяток эсминцев, десятки подводных лодок, торпедных и иных катеров. Авиация флота была полностью переоснащена новейшими типами самолетов.
Во второй половине марта 1943 года командованию ЧФ стало ясно, что противник не собирается панически «бежать» с Таманского полуострова. Напротив, после высадки нашего морского десанта у Мысхако немецкое командование начало усиливать свои войска на Кубани, особенно в районе Новороссийска. Заметно возросла боевая деятельность вражеской авиации. В районе боевых действий у Анапы, Новороссийска появились немецкие торпедные катера, подводные лодки, артиллерийские десантные баржи. В то же время противник усиленно налаживал переправу через Керченский пролив. Начались перевозки грузов из Керчи в Анапу.
Учитывая эти обстоятельства, командование Черноморского флота отказалось от блокадных действий в том виде, в каком они проводились до сих пор. Директивой Военного совета ЧФ № оп-338 от 14 марта 1943 года боевая деятельность подводных лодок была перенесена на морские сообщения, связывающие Севастополь с портами западного побережья Черного моря. Для действий у южного берега Крыма от Ялты до мыса Чауда была оставлена одна подводная лодка. Задача борьбы с морскими перевозками противника на сообщениях Керчь — Анапа и Керчь — Феодосия была возложена на торпедные катера и авиацию, а в районе Керченского пролива — исключительно на авиацию.