С сентября 1938 г. и. о. помощника начальника 4-го (испанского) отделения 5-го отдела ГУГБ НКВД. После ареста руководителей разведки 3. И. Пассова и С. М. Шпигельгласа в ноябре-декабре 1938 г. исполнял обязанности начальника 5-го отдела ГУГБ НКВД.
В конце декабря 1938 г. ПА. Судоплатов был отстранен от дел и исключен из ВКП(б) первичной парторганизацией отдела за «связь с врагами народа». Однако благодаря вмешательству руководства НКВД это решение не было утверждено парткомом Наркомата, а П. А. Судоплатов 16 января 1939 г. получил должность заместителя начальника 4-го отделения.
С 10 мая 1939 г. он – заместитель начальника 5-го отдела ГУГБ НКВД СССР. Руководил подготовкой операции «Утка» (ликвидация Л. Д. Троцкого), успешно осуществленной 20 августа 1940 г. в Мексике Л. А. Эйтингоном и Р. Меркадером. С 25 февраля 1941 г.
П. А. Судоплатов – заместитель начальника 1-го (Разведывательного) управления НКГБ СССР.
После начала Великой Отечественной войны П. А. Судоплатов с 5 июля 1941 г. – начальник Особой группы при наркоме внутренних дел СССР, с 3 октября 1941 г. – 2-го отдела НКВД СССР. Одновременно с 30 ноября 1941 г. по 1 июня 1942 г. – заместитель начальника 1-го управления НКВД СССР. С 18 января 1942 г. – начальник 4-го управления НКВД СССР, которое было создано на базе 2-го отдела. Руководил партизанскими и разведывательно-диверсионными операциями в ближних и дальних тылах противника, координировал работу агентурной сети на территории Германии и ее союзников. С 21 ноября 1942 г. по совместительству – заместитель начальника 1-го управления НКВД СССР. С 11 мая 1943 г. – начальник 4-го управления НКГБ[17] СССР.
С февраля 1944 г. П. А. Судоплатов – начальник группы «С» при наркоме внутренних дел СССР, руководил переводом и обобщением материалов по атомной проблематике, полученных агентурным путем. С мая по август 1945 г. по совместительству – начальник отдела «Ф» НКВД СССР. Этот отдел был создан для работы на территории стран, освобожденных Красной Армией от противника, а также для сбора информации от граждан СССР, побывавших в плену или интернированных в странах Европы.
В 1945–1947 гг. под фамилией П. Матвеев и прикрытием должности советника НКИД[18] участвовал в подготовке и проведении конфиденциальных переговоров наркоминдела СССР В. М. Молотова с чрезвычайным и полномочным послом США в СССР А. Гарриманом и лидером курдского национального движения М. Барзани. С 27 сентября 1945 г. П. А. Судоплатов – начальник созданного на базе группы «С» самостоятельного отдела «С» НКВД (с 10 января 1946 г. – НКГБ) СССР. Одновременно – начальник Объединенного разведывательного бюро Специального комитета при СНК – СМ[19] СССР по проблеме № 1 (создание атомного оружия). Отвечал за координацию обеспечения разведывательными материалами руководителей и ведущих ученых советского ядерного проекта.
С ноября 1945 г. по совместительству – начальник отдела «К» НКГБ СССР, созданного для оперобслуживания атомных спецобъектов. С мая 1945 г. также являлся начальником Особого бюро – информационно-аналитической службы при наркоме внутренних дел СССР. С января 1946 г. эта служба подчинялась наркому, позднее – министру госбезопасности СССР. После образования в марте 1946 г. МГБ[20] СССР П. А. Судоплатов совмещал должности руководителя 4-го управления (до его упразднения 15 октября 1946 г.) и отдела «С» (с 4 мая 1946 г. по 30 мая 1947 г.). 15 февраля 1947 г. возглавил отдел «ДР», созданный для развертывания в случае войны разведывательно-диверсионной работы против военно-стратегических баз США и НАТО, расположенных вокруг СССР. 9 сентября 1950 г. утвержден начальником Бюро № 1 МГБ СССР по диверсионной работе за границей, созданного на базе Спецслужбы МГБ СССР. 6 января 1951 г. возглавил Бюро на правах начальника управления.
После смерти И. В. Сталина, 17марта 1953 г. П. А. Судоплатов был назначен заместителем начальника ПГУ[21] (контрразведка) МВД СССР. С 30 мая 1953 г. он – начальник 9-го (разведывательно-диверсионного) отдела МВД СССР. После ареста Берии 9-й отдел МВД был расформирован, а П. А. Судоплатов 31 июля 1953 г. переведен в ВГУ[22] МВД СССР на должность начальника отдела. Однако уже 20 августа 1953 г. он был уволен «за невозможностью дальнейшего использования», а 21 августа 1953 г. арестован в собственном кабинете. Ему предъявили обвинение в бериевском заговоре, имевшем целью «уничтожение членов Советского правительства и реставрацию капитализма».
До 1958 г. П. А. Судоплатов находился под следствием. Виновным себя не признал. 12 сентября 1958 г. на закрытом заседании ВК ВС[23] СССР было рассмотрено дело по обвинению П. А. Судоплатова в преступлениях, предусмотренных ст. 17–58 п. 16 УК РСФСР. Он был приговорен к тюремному заключению сроком на 15лет, с последующим поражением в политических правах на 3 года. 17 октября 1958 г. лишен воинского звания и наград, как осужденный ВС СССР. С сентября 1958 г. отбывал наказание во Владимирской тюрьме, где перенес три инфаркта, ослеп на один глаз, получил инвалидность 2-й группы.
В августе 1968 г. П. А. Судоплатов вышел на свободу. После освобождения занялся литературной деятельностью. Под псевдонимом Анатолий Андреев опубликовал три книги, активно участвовал в ветеранском движении. Более 20 лет боролся за свою реабилитацию. Только 10 февраля 1992 г. в соответствии с Законом РФ «О реабилитации жертв политических репрессий» от 18 октября 1991 г. он был реабилитирован Главной военной прокуратурой РФ. Незадолго до смерти в соавторстве с младшим сыном Анатолием Павловичем Судоплатовым опубликовал книгу воспоминаний о своей жизни и работе на английском, немецком, русском и других языках («Special Tasks» (США, 1994), «Der Handlanger der Macht. Enthullungen eines KGB-Generals» (Германия, 1994), «Разведка и Кремль» (Россия, 1996), ставшую международным бестселлером. Через полгода после смерти П. А. Судоплатова вышла в свет его последняя книга – «Спецоперации. Лубянка и Кремль. 1930–1950».
Похоронен на Донском кладбище в Москве рядом с женой.
Награжден орденом Ленина (1946), тремя орденами Красного Знамени (1937,1941,1944), орденом Суворова 2-й степени (1944), двумя орденами Красной Звезды (1940,1943), орденом Отечественной войны 1-й степени (1945), медалями, знаком «Заслуженный работник НКВД» (1942). В октябре 1998 г. указом президента РФ посмертно восстановлен в правах на изъятые при аресте государственные награды. В соответствии с этим семье П. А. Судоплатова возвращены его ордена и медали. [12]