Ответа он не получил, а когда по прошествии некоторого времени решил узнать о судьбе рукописи, ответом явилось все то же молчание. Между тем в 1902 году профессор Жуковский сам начал производить опыты с аэродинамической трубой, постоянно увеличивая её размеры. В 1918 году он стал основателем и первым руководителем Центрального аэрогидродинамического института (ЦАГИ), носящего ныне его имя. Утрата рукописей очень обеспокоила Циолковского: во-первых, получалось, что он не отчитался за казенные деньги, а во-вторых, в его голове никак не укладывалось, что большой ученый способен совершить безнравственный поступок. Называя вещи своими именами, это, к сожалению, — одно из черных пятен в истории российской науки. Долгое время Жуковского всячески пытались оправдать: дескать, рассеян был старик, как все великие, забот было превеликое множество — разве всех и вся упомнишь, разве за всеми письмами и рукописями уследишь. Только А. Л. Чижевский первым не побоялся сказать нелицеприятную правду и открыть миру глаза на истинное положение дел.
По мнению Чижевского, «безумие затопило разум большого ученого»: великий специалист по вопросам аэродинамики был, судя по всему, человеком завистливым и не хотел признавать в Циолковском ученого, тем более в области воздухоплавания. Только через пять лет Жуковский повторил по сути дела опыты Циолковского и с помощью аэродинамической трубы произвел ряд классических опытов по выяснению законов аэродинамики, на которых было основано конструирование будущих винтовых самолетов. Профессор, видимо, не мог простить недипломированному самоучке из Калуги, что собственные теоретические исследования привели его к результатам, задолго до того уже полученным Циолковским. Творческое самолюбие было настолько задето, что до конца жизни не давало покоя знаменитому ученому. Он принял все меры к тому, чтобы исследование Циолковского не дошло до читателей. Петербургская Академия наук упрятала «Отчет» в архив. Копия же «Отчета», оказавшаяся в руках Н. Е. Жуковского, оказалась утерянной или уничтоженной. Затем началась целенаправленная компрометация Циолковского, его имя внесли в «проскрипционный список», и вокруг него был организован заговор молчания.
Замалчивание во все времена являлось простым, но весьма действенным приемом завистников (и не только в науке). К сожалению, в их числе оказываются и выдающиеся люди. Но Жуковский не очень-то и скрывал своей антипатии к Циолковскому. В Полном собрании сочинений «отца русской авиации» его имя ни разу не упоминается даже там, где этого невозможно было не сделать. На III Всероссийском воздухоплавательном съезде, состоявшемся в Санкт-Петербурге в 1914 году, выступая с подведением итогов, Жуковский в присутствии самого Циолковского, представившего на съезд доклад по дирижаблестроению, заявил, что в России (по сравнению с западными странами) никто не выдвинул оригинальных идей по части летательных аппаратов легче воздуха (то есть все тех же дирижаблей).
Обо всех мытарствах, связанных с продвижением идеи цельнометаллического управляемого летательного аппарата и попытками реализовать её на практике, Циолковский впоследствии рассказал в брошюре «История моего дирижабля», опубликованной в Калуге в 1924 году. Хулителей своего проекта, которые постоянно ставили палки в колеса, он охарактеризовал всего двумя словами (но зато какими точными!) — гасители духа. Эта брошюра была издана Ассоциацией натуралистов в серии «Мытарства современных изобретателей и самоучек» под № 1. На обложке была эмблема Ассоциации — Освобожденный гений.
В начале 90-х годов XIX века, Жуковский содействовал публикации статьи Циолковского «Давление жидкости на равномерно движущуюся поверхность», написанную ещё в Боровске и являющуюся 1-й частью более обширной работы «К вопросу о летании посредством крыльев». По просьбе профессора Столетова Жуковский дал на нее краткое письменное (положительное) заключение. Эта рецензия на небольшом листе некоторое время хранилась у Циолковского и даже была опубликована в одной из его брошюр. В частности, «отец русской авиации» писал: «Сочинение г. Циолковского производит приятное впечатление, так как автор, пользуясь малыми средствами анализа и дешевыми экспериментами, пришел по большей части к верным результатам. Оригинальная метода исследования, рассуждения и остроумные опыты автора не лишены интереса и, во всяком случае, характеризуют его как талантливого исследователя. (…) Рассуждения автора применительно к летанию птиц и насекомых верны и вполне совпадают с современными воззрениями на этот предмет».
Однако вскоре, когда настроение Жуковского переменилось, он решил во что бы то ни стало заполучить собственный автограф назад и неоднократно обращался к его хранителю через третьих лиц, предлагая даже денежное вознаграждение в размере 25 рублей, но неизменно получал вежливый отказ. Тогда был предпринят другой шаг. Однажды (дело было перед Первой мировой войной) к Циолковскому, как он сам рассказывал, явился незнакомый молодой человек, заявивший, что хочет написать статью о дирижабле его конструкции. Особенно просил показать ему подлинник отзыва Жуковского, дабы снять копию. Снять-то он её снял, но вот после ухода юноши вместе с ним исчез и подлинник рецензии, который перед тем Жуковский безуспешно пытался аннулировать иными средствами.
Позже Циолковский уже не питал никаких иллюзий относительно личностных качеств «отца русской авиации»; по поводу одного из самых неприятных фактов своей творческой биографии он говорил буквально следующее:
«Больно и печально вспоминать отношение ко мне профессора Николая Егоровича Жуковского. Я долгие годы не мог даже допустить мысли о том, что такой знаменитый ученый, ученый с европейским именем, может завидовать бедному школьному учителю, перебивающемуся с хлеба на воду и не имеющему за душой ни одного гроша про черный день! Какое скверное слово, какое скверное понятие… Да, я не допускал этого даже тогда, когда по воле Жуковского исчезли все экземпляры моей рукописи, его отзыв, его первоначальные признания за моей работой некоторой ценности. Чего же боялся знаменитый ученый? Я не мог быть ему конкурентом — ни в чем. Полуглухой, я не мог рассчитывать на занятие высокой должности, да я и не подходил к ней по своим внутренним качествам. У меня не было ни малейшего желания занимать высокую должность, я не имел диплома, да я и не справился бы никогда с высоким постом, с титанической работой. Я ничего не хотел от жизни, кроме возможности проводить мои работы и опубликовывать их результаты. Но и это мне не всегда удавалось, это стоило очень дорого, и даже помощь друзей не спасала положения, так как мои друзья были тружениками и не имели лишних денег. Следовательно, я не искал ничего такого, что могло бы хотя стороной задеть или умалить высокий авторитет профессора Жуковского, но отказаться от работы и признать себя неспособным к ней я не мог и не хотел. Наши пути в науке не перекрещивались и даже не соприкасались. У него была кафедра, огромное дело, сотни учеников, я же имел стол, стул и кусок черного хлеба. Больше ничего. Но я позволил себе организовать опыты с воздуходувкой и мастерить модели цельнометаллических дирижаблей. Некоторые идеи приходили мне в голову раньше, чем в ученую голову Жуковского, — вот и все. Это „раньше“ и было моим смертным грехом! Как же я смел это делать! А! Как я смел! Моя воздуходувка и все опыты, которые я производил с ней, опередили на ряд лет аэродинамическую трубу Н. Е. Жуковского и Д. П. Рябушинского, а выводы из их опытов совпали с результатами моих. Это уже было, оказывается, недопустимо. Теперь, по прошествии тридцати лет с лишком, все это кажется мелочью, но тогда это в глазах Николая Егоровича было тяжким преступлением с моей стороны, и я должен был уйти с дороги великого ученого…»
