Организация, созданная иезуитами, и режим управления во главе с Верховным священником просуществовали в единых организационных рамках лишь до 1602 г., а затем стала формироваться своя организация у белого духовенства, а иезуиты стали развивать свою организацию. С 1623 г. существовала отдельная провинция ордена иезуитов в Англии во главе с Ричардом Блаунтом, подразделявшаяся на 12 дистриктов. Провинциал ордена жил в Лондоне или в его окрестностях, поддерживал связи с руководителями дистриктов и осуществлял руководство финансовой деятельностью организации. Иезуиты были обычно хорошо укрыты в домах джентри и знати. Организация белого духовенства, по оценке А. Дюре, «была не такой спокойной во внутренних взаимоотношениях, как организация иезуитов». С 1607 г. Верховным священником был Джордж Биркхед. Верховному священнику не хватало полномочий, и некоторые его помощники были более влиятельны, чем он сам. Режим управления во главе с Верховным священником просуществовал до 1623 г.
По мнению Дж. Босси, разделение миссии в 1602 г. на иезуитов и белое духовенство привело к запутанности, дублированию в деятельности английских католиков, ограничило возможности расширения католического сообщества. Лидеры белого духовенства, как он считает, не уделяли должного внимания миссионерской деятельности. К середине XVII в. деятельность английской католической миссии в своих целях стала смещаться от решения задач но расширению миссии к её стабилизации. Это повлекло за собой всё более экономное использование средств и людей, ослабление усилий в миссионерской деятельности, особенно в территориально удаленных районах страны. Произошёл упадок численности католиков в среде простого народа. Католическое джентри, во многом подчинившее в это время католических священников, поставив их себе на службу, обеспечило священникам приют и относительно большую безопасность, чем способствовало сохранению английского католического сообщества, хотя численный его состав и уменьшился.
К 1625 г. в управлении английскими католиками в стране, наряду с должностью Верховного священника, имевшего практически положение епископа, действовали капитул каноников, которые были советниками Верховного священника, генеральные викарии, местные архидиаконы, сельские деканы. В связи с женитьбой принца Карла на французской принцессе Генриетте Марии в 1625 г. в Англию был назначен епископ. Рим долгое время не реагировал на просьбы английского белого духовенства о назначении епископа в Англию, возможно, считая, что английские власти могут истолковать назначение в страну епископа из Рима как провокацию. В течение двух лет после вступления на престол Карла I католицизм имел большие возможности для открытого исповедания при дворе, что вызвало в итоге волну протестантского гнева. Католиков вновь стали облагать штрафами, но, с другой стороны, уплатившим штрафы уже не досаждали власти. В 1623–1631 гг. двумя последовательно управлявшими в Англии католическими епископами Халкедонскими (наименование епархии было намеренно сделано не совпадающим с традиционными английскими названиями), назначенными Римом, были Уильям Бишоп и Ричард Смит. К этому времени возникли две независимые миссии, руководимые религиозными орденами — иезуитская и бенедиктинская.
Ордена в Англии уже примирились со своим миссионерским статусом, оставили мечты о создании католической церкви Англии, и служили католическому джентри, что, по словам Дж. Босси, стало напоминать сектантские группировки. Большинство католического джентри, которое во время спора о Верховном священнике ещё не занимало своей позиции, к этому времени стало вполне дружелюбно относиться к священникам из религиозных орденов. Фактически реализовался на практике план организации английских католиков вокруг имений джентри, впервые намеченный в петиции католиков 1604 г. Джентри стало осознавать большие преимущества, которые были связаны для них с режимом, установившимся в миссии, поскольку теперь джентри могли выбирать себе для службы такого священника, который был им по нраву. Теперь оказалось, что апеллянты, настаивавшие на сохранении традиционных церковных структур управления, стремились лишить мирян свободы выбора священника и подчинить их священникам, которых эти миряне не могли выбирать.
Назначение епископа грозило подрывом сложившейся системы, в которой католическое джентри стало оказывать большое влияние на деятельность священников. Второй из епископов, Ричард Смит, стремился подчинить себе бенедиктинскую и иезуитскую миссии. Смит опирался на решение Тридентского собора, согласно которому никто, кроме приходского священника, не мог слушать исповедь, отпускать грехи, если не получил на это одобрения епископа своей епархии. Епископ ставил своей задачей восстановление приходской системы в Англии, а также стремился распоряжаться денежными средствами, которые давались светскими лицами отдельным священникам, и религиозными пожертвованиями. Деятельность соборного капитула, существование должностей генеральных викариев, архидиаконов и сельских деканов были призваны подчеркнуть преемственность организации английских католиков с дореформационной церковью. Исследователи обращают внимание на то, что назначение епископа привело к чрезмерному увеличению численности управленческого аппарата — только для занятия должностей в этой системе требовалось 50 человек, и вдобавок был создан капитул в составе декана и 18 каноников, и вся эта структура имела в подчинении не более 400 представителей белого духовенства. Организация белого духовенства, как считает Дж. Босси, по сравнению с иезуитской организацией действовала гораздо менее эффективно.
Епископу Ричарду Смиту удалось подчинить себе организацию английских бенедиктинцев, созданную в 1619 г. — они получили права автономии под надзором епископа. Следующим шагом было намерение епископа подчинить иезуитов, что, как отмечают историки, обострило ситуацию в английской миссии.
Возникли также опасения, что епископ Смит может выступить за введение обязательной десятины, что и могло последовать, если бы реализовались его планы. Ещё Уильям Бишоп утвердил за собой право получать информацию обо всех завещаниях на духовные нужды католиков, а Смит требовал, чтобы эти завещания представлялись ему на утверждение, что соответствовало постановлениям Тридентского собора. Но завещания католиков в Англии того времени должны были храниться в тайне. Направление средств из завещаний на цели, намеченные епископом, вызывало недовольство. Джентри также подозревало, что Смит хочет получать доходы за утверждение завещаний. Эти притязания Смита на расширение полномочий епископа, восстановление католической церковной юрисдикции, в том числе и церковных судов, привели к тому, что, не без влияния видных английских католиков, власти в начале декабря 1628 г. выпустили прокламацию об аресте епископа Ричарда Смита с обвинением его в государственной измене, что распространялось также на лиц, которые его укрывали, поэтому с начала 1629 г. Смит стал жить во французском посольстве. В Риме тоже выступили против Смита, и 24 августа 1631 г. он вынужден был выехать во Францию, где его устроил в церкви кардинал Ришелье.
Иезуиты не подчинялись Ричарду Смиту в течение всего времени его пребывания в стране, добивались ограничения влияния епископа, что сопровождалось перебранкой в печати, породив также волну выступлений против панской курии и против иезуитов. Но Смит не смог сплотить все силы, настроенные против иезуитов, хотя сюда можно было ещё подключить бенедиктинцев и францисканцев. Смит в своих действиях отличался авторитаризмом, раздражал светских патронов, хотя они в большинстве своём были настроены против иезуитов. До своей смерти в 1655 г. Смит не признавал своего отстранения от должности в Англии, даже слал туда распоряжения, и от его имени там действовал капитул каноников, руководивший братствами местных представителей белого духовенства с численностью священников свыше 300 человек. Король Карл I считал, что правота на стороне Смита, а не Рима. В 1630-х гг. Англию посещали папские агенты, но никто из них не предлагал решение этой проблемы.
