Католики также поднимали вопрос о престолонаследии, запрещённый к публичному обсуждению в Англии, защищая права на английский престол Марии Стюарт. Затем в 1594 г. в своем сочинении “A Conference on the Next Succession” Роберт Парсонс провокационно выдвинул на английский престол кандидатуру испанской инфанты, дочери Филиппа II Изабеллы, происходившую от Джона Гонта (1340–1399), сына короля Эдуарда III (1327–1377). Католики использовали тот факт, что в 1212 г. английский король Иоанн Безземельный признал себя вассалом папы и признал его верховную власть над своим королевством, обязавшись платить Риму ежегодную дань и передать под власть папы всё королевство Англию и всё королевство Ирландию со всеми правами на них. До Иоанна Безземельного Риму подчинялись и платили деньги англо-саксонские короли Ине, Оффа, сын короля Эгберта Эдельфус (Адельфус — Адевульфус). Сам Вильгельм Завоеватель обращался за папской поддержкой перед вторжением в Англию, и папы вообще неоднократно оказывали влияние на историю Англии.
П. Холмс отрицает, что для политики Контрреформации была характерна линия на возможность сопротивления католиков светской власти, и привлекает внимание к тому, что для Контрреформации был характерен отказ от доктрины о власти папы над всеми католическими странами, но при этом успешное заключение конкордатов между римской курией и крупнейшими католическими государствами и принятие в итоге теории о суверенности королевской власти стало одним из самых важных аспектов в развитии политической мысли в католицизме в XVI–XVII вв. Эта идеология дала возможность установиться королевскому абсолютизму во Франции, Австрии, Испании. Священники-семинаристы, как считает П. Холмс, были воспитаны на новой контрреформационной идеологии несопротивления политической власти монарха. Он придерживается мнения, что действия Католической лиги во Франции, призывы английских католиков к сопротивлению со стороны Аллена и Парсонса в 1584–1596 гг. были рецидивами средневекового мышления. Важные уступки в пользу независимости и суверенитета светской власти государства были также сделаны кардиналом Робертом Беллармином в 1586 г. в сформулированной им так называемой теории «косвенной власти папы». В Риме поначалу эти идеи не принимали и внесли книгу Беллармина в Индекс запрещенных книг.
Английские католики-эмигранты, как отмечает П. Холмс, разрабатывали конкретные планы действий на тот случай, если в Англии удастся восстановить католицизм. Примером таких планов была неопубликованная работа Роберта Парсонса «Памятная записка о Реформации Англии». Здесь рассматривалось то, какие реформы должны были быть проведены в Англии, если бы в стране восстановился католицизм в результате иностранного католического вторжения или прихода к власти наследника-католика. В вопросе о собственности на церковную землю Парсонс предлагал, что церкви должна быть возвращена только земля, принадлежавшая после диссолюции тем, кто преследовал католиков или отличался особой безнравственностью. Католики же могли продолжать пользоваться доставшейся им церковной землёй, но при этом платили бы ренту органу, который руководил бы восстановлением католицизма в стране — Совету Реформации, хотя в конечном счёте вопрос о церковных землях оставлялся на усмотрение папы.
Парсонс также предлагал повысить роль духовенства в политической жизни страны. Епископы должны были принимать участие в избрании кандидатов в рыцари от графств. Совет Реформации, который должен был состоять из духовных лиц, непосредственно после восстановления католицизма в стране должен был иметь большую власть. Парсонс предлагал также ряд мер, внешне сходных с требованиями пуритан: проповедовал умеренность для светских лиц в одежде, поведении и развлечениях, сокращение дней святых, чтобы они не ограничивали чрезмерно рабочее время в течение года, что было характерными чертами контрреформационного католицизма.
С рубежа XVI–XVII вв. Парсонс стал переходить на позиции политического непротивления английским властям. Его обвиняли в том, что он не хочет утверждения для католиков в Англии религиозной терпимости, но он был лишь против того, чтобы этого добились его противники-апеллянты путем изгнания иезуитов из Англии. Парсонса вдохновляло то, какие свободы имели протестанты во Франции, и он хотел подобных свобод для английских католиков. Деятельность апеллянтов Парсонс даже рассматривал как заговор Елизаветы с тем, чтобы ослабить английских католиков. Он заявлял, что согласится лишь на самую широкую по характеру религиозную терпимость для католиков в Англии: отмену антикатолического законодательства, разрешение иметь церкви, епископов и учебные заведения в Англии. Но ещё и в начале XVII в., как выявлено, Парсонс вёл политические переговоры с Римом, Испанией, что может служить указанием на то, что он не оставлял мыслей о политическом сопротивлении английским властям: в нескольких английских архивах сохранился рукописный документ, озаглавленный “A Discourse of the Providence Necessary to Be Had for the Setting up the Catholic Faith When God Shall Call the Queen out of this Life”, в котором планировалась организация восстания английских католиков после смерти Елизаветы при поддержке Испании. Из всех английских иезуитов современные историки уделяют изучению деятельности Парсонса наибольшее внимание.
Яков I, сын католички Марии Стюарт, не оправдал надежд католиков на ослабление антикатолического законодательства. Как показали исследователи, в начале правления с мая 1603 г. Яков I приказал начать сбор штрафов с католиков, но в июле 1604 г. отменил эти штрафы после того, как с просьбой об этом к нему обратился французский посол. Король учитывал и то, что папа Климент VIII не отлучал Якова I от церкви после восшествия на престол. Но отмена штрафов продержалась лишь до ноября 1604 г.: в парламенте Яков I заявил, что будет взимать штрафы с католиков, так как нуждается в субсидии. Испания в 1604 г., заключая мирный договор с Англией, дала обязательство не поддерживать подрывную деятельность католиков в Англии.
Современные британские историки перестали активно обвинять английских католиков конца XVI — начала XVII в. в заговорщической деятельности и подрывных наклонностях. Как отмечает Дж. Эйвлинг, упоминая об отношении ныне работающих исследователей к одному из наиболее широко известных эпизодов в истории английского католического сообщества XVI–XVII вв. — Пороховому заговору, «фанатизм Гая Фокса и его сообщников, которые все происходили из респектабельных семей католического джентри, и подготовка ими Порохового заговора сейчас преуменьшаются в значении или игнорируются».
Пороховой заговор, как полагают, был ответом на прокламацию февраля 1604 г., в которой Яков I требовал высылки из Англии католических священников. Вдохновителем Порохового заговора считается Роберт Кэтсби, имевший связи с испанским королевским двором и привлекший к участию в этом предприятии Гая Фокса, офицера на испанской службе во Фландрии. Участники Порохового заговора происходили из католического джентри Мидленда и юго-запада, где особенно чувствовалось давление властей по сбору штрафов с рекузантов.
В конце октября 1605 г. главные организаторы Порохового заговора Кэтсби, Уинтер, Перси и Фокс были выданы католиком Фрэнсисом Трэшемом, который не хотел, чтобы при взрыве палаты лордов погиб его брат католик лорд Монтигл, и якобы написал ему письмо от имени неизвестного лица, но достоверность этого письма вызывала большие сомнения. Утверждали, что заговорщики завезли в подвал под зданием парламента, арендованный Томасом Перси, дрова и 36 бочек пороха, которые должен был поджечь непосредственный исполнитель — Гай Фокс, схваченный в ночь на 5 ноября 1605 г. и под угрозой повешения на дыбу выдавший имена остальных заговорщиков. Как предполагают, подкоп в здание парламента был придуманной впоследствии деталью, поскольку подкоп вдруг куда-то бесследно исчез. Узнав об аресте Фокса, остальные заговорщики бежали в графство Уорикшир, где хотели захватить жившую там старшую дочь Якова I Елизавету (1596–1662) и провозгласить её королевой. Со всеми своими слугами участники заговора насчитывали около 80 человек. Против них были направлены вооружённые жители графства по главе с шерифом. Кэтсби и Перси были убиты в бою, остальные арестованы, преданы суду, который приговорил четверых участников заговора — Дигби, Руквуда, Уинтера, Фокса, а также знавшего о заговоре главу английских иезуитов Гарнета к смертной казни.
