Приближение Второго земского ополчения побудило Заруцкого поднять мятеж и покинуть осадный лагерь. Вместе с ним в Коломну бежали от двух до трех тысяч казаков.
«Боярина» обуревали честолюбивые замыслы. По словам летописца, Заруцкий постриг в монахини свою жену-простолюдинку, а сына своего заблаговременно отправил в Коломну «к ней, Марине, в стольники, а хотел на ней женитца и сести на Московское государство».
Атаман жаждал власти, но о короне он не мог и помыслить. Царствующий град, да и весь народ, никогда бы не принял на трон украинского казака. Истинные замыслы Заруцкого были иные. Он намеревался отвоевать у семибоярщины и земских людей Рязань и несколько других городов и объявить царем сына Марины Мнишек Ивана, рожденного от «законного» монарха — Лжедмитрия II.
Планы атамана имели под собой почву. Заруцкий сопровождал Лжедмитрия I в его походе на Москву, а затем Лжедмитрия II в Тушине. Он видел, как осуществлялись самые фантастические проекты. «Боярин» покинул Подмосковье накануне решающего столкновения с королевской ратью. Заруцкий мог рассчитывать на то, что противники обескровят друг друга, и тогда он с помощью московской черни посадит на трон «воренка».
Покидая Коломну, атаман разграбил город и направился в рязанские пределы. Зная, сколь важную роль играла Рязань на протяжении всей гражданской войны, он задумал овладеть этим городом, чтобы при благоприятных обстоятельствах возобновить наступление на столицу.
Под знаменами Заруцкого вскоре собралось до пяти — семи тысяч ратников. Однако добиться успеха атаману не удалось. На помощь Рязани выступили отряды татар из Казанского царства.
Тем временем в Москве Земский собор приступил к избранию государя. Сын боярский Иван Философов, попавший в плен к полякам, сообщил, что бояре, служившие прежде королю, желают видеть на троне Владислава, но, опасаясь казаков, не смеют открыто заявить об этом. Казаки же настаивают на избрании кого-нибудь из русских бояр — Михаила Романова или «сына калужского вора».
Казаки вспомнили о «царевиче Иване» в минуту крайней опасности. Сигизмунд III стоял на пороге Москвы. Мстиславский и другие члены семибоярщины могли в любой момент переметнуться в королевский лагерь. За спиной коломенского «царевича» стояло войско Заруцкого. Казаки надеялись, что в критический момент давние соратники придут им на помощь. Но расчеты на возвращение Заруцкого не оправдались. Атаман предпочел возобновить братоубийственную войну.
Казаки вынесли на себе всю тяжесть осады Москвы, длившейся полтора года. Бывшие тушинцы составляли главную силу гарнизона столицы. Как самый знатный из руководителей земского движения, Трубецкой готовился занять трон. Но соперничество между вождями ополчения расстроило его планы. В работе Земского собора участвовали представители дворянства, городов и некоторых крестьянских волостей. Кроме земских вождей, Дмитрия Трубецкого и Дмитрия Пожарского, короны домогались Голицыны, Черкасские и многие другие знатные лица.
В разгар избирательной кампании руководители двух земских ополчений решились на беспрецедентный шаг. Они выслали из столицы главу Боярской думы князя Федора Мстиславского и других членов семибоярщины, воевавших против земщины.
По свидетельству очевидцев, на соборе казаки предложили избрать в цари последовательно князя Дмитрия Трубецкого, Михаила Романова и князя Дмитрия Черкасского. Но Земский собор отклонил их всех. Свои решения о кандидатах казаки принимали на совете, на казацком круге. Круг пользовался не меньшей властью, чем Земский собор.
Попытки казаков диктовать свою волю полномочному Земскому собору вызвали возмущение земских выборных. Власти приняли решение вернуть в Москву руководство Боярской думы, чтобы положить конец своеволию казаков. Одновременно они отдали приказ о посылке казачьего войска против Заруцкого. Казаки отказались выполнить приказ, что равнозначно было форменному бунту. Руководители земского ополчения и вернувшиеся в столицу члены семибоярщины решительно противились избранию Михаила Романова. Тогда московская «чернь» и казаки осадили дворы Трубецкого и Пожарского.
21 февраля 1613 г. Земский собор под давлением казаков объявил об избрании на царский трон Михаила Романова. Чтобы положить конец кровавой гражданской войне, нужен был человек, которого приняли бы оба враждующих стана, а главное, признал своим государем народ. Им стал Михаил Романов. Он унаследовал от отца и деда популярное в стране имя. Отец Михаила, Филарет, томился в польском плену. В народе его почитали как мученика за православную веру. Михаил сидел в осаде в Кремле с Мстиславским. Но это нисколько не скомпрометировало Михаила ввиду его несовершеннолетия. Решающее значение для народа имело то обстоятельство, что Михаил в качестве племянника царя Федора был связан родством с законной династией.
Избрание новой династии приостановило развал государства и создало предпосылки для преодоления состояния анархии и смуты в стране.
Сообщение о том, что Земский собор избрал на трон Романова, посеяло раздор в войске Заруцкого. На казачьем круге часть казаков высказалась за то, чтобы вернуться в столицу и получить от нового царя заслуженные деньги. Иван Толстой бежал из лагеря вместе с 200 детьми боярскими и казаками. Явившись в Москву, дворянин сообщил властям, что в стане мятежников нет согласия: «Зарутцкой, де, будто хочет идти в Кызылбаши, а Маринка, де, с ним идти не хочет, а зовет его с собою в Литву».
Московские события отняли у «царицы» Марины надежду на возвращение в царский дворец в Кремле. Она должна была понять, что только возвращение на родину может спасти ее и сына от смерти.
Сигизмунд III пытался привлечь Заруцкого на свою сторону, чтобы использовать его отряды в войне с Россией. Не позднее февраля 1613 г. в руки земских властей попали грамоты, которые вез атаману запорожский казак. Гетман Ян Ходкевич предлагал Заруцкому вернуться на королевскую службу. Вскоре Ходкевич поручил ротмистру Синявскому доставить атаману личное послание гетмана. Царские дипломаты следующим образом излагали содержание послания. Именем короля Ходкевич обещал боярину Новгород Великий и Псков либо Смоленск, по выбору Надо вспомнить, что Лжедмитрий I подписал договоре Юрием Мнишеком о передаче Марине Новгорода и Пскова в удел. Очевидно, этот договор и имел в виду Ходкевич. По всей вероятности, гетман адресовал письмо Заруцкому и «царице» Марине.
Новгород находился в руках у шведов, и казакам еще предстояло отвоевать его. Король будто бы обещал Заруцкому, что учинит «его великим у себя боярином и владетелем».
Атаман не слишком доверял щедрым посулам литовцев. Он поступил на службу к королю и помог Жолкевскому разгромить русско-шведское войско под Клушином. Но затем он предал поляков и причинил королевскому гарнизону Кремля столько бед, сколько не мог причинить никто другой. В Речи Посполитой атаману пришлось бы держать ответ за свои действия.
Заруцкий вел переговоры с поляками втайне от казачьего круга, что подрывало доверие вольницы к атаману.
Отклонив предложение перебраться в Литву, боярин стал подумывать о том, чтобы пробиться по Волге к Каспийскому морю и вместе с казачьим войском поступить на службу к персидскому шаху. Нимало не считаясь с волей Марины Мнишек, он решил увести ее с собой.
