В 1378 году умер Аюширидара. В начавшейся борьбе за ханский престол китайский двор поддерживал его сына, который одно время находился в китайском плену и пользовался расположением и милостями двора. Однако победил другой претендент — Тогус Тэмур, младший брат умершего хана. Отношения сторон снова резко обострились. Монгольские войска вновь овладели Инчаном. Китайская же армия во главе с воспитанником императора My Ином, воспользовавшись концентрацией сил противника под Инчаном, в 1380 году нанесла удар по Каракоруму. Монгольская столица была взята и сожжена. Было перебито много мирных жителей, захвачена большая добыча. Несмотря на все усилия Тогус Тэмура, военная удача перешла на китайскую сторону. В 1381 году войска империи Мин под начальством Сюй Да и Фу Юдэ отвоевали Ордос — северную часть провинции Шэньси, заселенную тогда преимущественно монголами. В 1382 году My Ин сломил сопротивление монгольских отрядов, стоявших на южных рубежах страны — в провинции Юньнань. В 1387 году китайские войска отвоевали последний оплот монголов в Китае — Ляодун и вынудили обитавших здесь монголов-урянхайцев подчиниться минскому двору. Их глава Нагачу перешел на китайскую службу со своей 20-тысячной армией. Наконец, в 1388 году у местечка Бойрнора в районе Инчана китайская армия под командованием полководца Лань Юя полностью разгромила основные силы Тогус Тэмура. Сам хан, бежавший после поражения, был убит одним из своих приближенных. В плен попало около 2900 монгольских сановников, включая родичей ханского дома, а также 77 тысяч солдат и простых монголов-кочевников. Было захвачено также 150 тысяч голов скота.
Вслед за Тогус Тэмуром государством Северная Юань правили друг за другом двое его сыновей и внук, но военные неудачи 80-х годов XTV века определили его дальнейшую судьбу. Раздираемое внутренними распрями, оно уже не могло всерьез претендовать на возвращение китайского престола. Где-то после 1402 года (точная дата не известна) временно захвативший власть нойон (монгольский титул знатности) Гуйличи, не принадлежавший, как прежние ханы, к потомкам Чингисхана, отказался от названия Северная Юань, назвав свое государство Дадань.
Внутренние распри среди монгольских правящих верхов имели очень важные последствия для будущей судьбы Монголии. В 1399 году произошел раскол дотоле политически объединенных монгольских племен на западные и восточные. Их политическая история в дальнейшем потекла по различному руслу и сопровождалась взаимным противоборством. Китайские историки сообщают, что еще во время крушения династии Юань в Китае (точная дата не указана) монгольский военачальник Мункэ Тэмур объявил себя правителем западных монголов — ойратов, обитавших на территории Джунгарии (в провинции Синьцзян в современном Китае) и западных районов современной Монголии. После его смерти ойратские владения распались на три части. Окончательный же распад связывается с гибелью монгольского хана Эльбека — младшего сына Тогус Тэмура в 1399 году. Легенда утверждает, что здесь не обошлось без роковой женщины. Некий Хутхай, служивший при дворе, обратил внимание хана на красоту невестки — жены одного из сыновей Эльбека. Хан поддался искушению: убил сына, а его жену взял себе в гарем. Та решила отомстить Хутхаю и ложно обвинила его в попытке изнасилования. Хан повелел казнить «насильника». Но вскоре женщина созналась, что казненный не виноват. Тогда Эльбек-хан, чтобы загладить свою вину, приблизил к себе двоих сыновей Хутхая и передал им в управление четыре тумена (административно-военная единица, выставлявшая 10 тысяч ратников). Вскоре эти ойратские властители, очевидно мстя за отца, убили Эльбек-хана. Уведя свои тумены из ставки на запад, они полностью вышли из-под власти восточномонгольских ханов.
Китайские хроники сообщают, что еще до 1399 года ойраты стремились установить мирные отношения с Китаем в противовес ханской ставке. После же отделения ойратские послы стали часто появляться при китайском дворе, где встречали благосклонный прием. Раскол среди монголов был выгоден империи Мин, которая хотела видеть в ойратах своего союзника в борьбе с восточномонгольскими ханами. Поэтому неудивительно, что в 1409 году, когда вновь вспыхнули военные действия на монгольско-китайских рубежах, императорский двор пожаловал почетные титулы троим тогдашним ойратским правителям. Ойратам же, в свою очередь, добрые отношения с Китаем давали возможность восстановить и поддерживать жизненно важные для скотоводов-кочевников торговые связи с великим земледельческим соседом.
Конфликт же между Китаем и восточными монголами имел свое продолжение. Империя Мин, воспользовавшись расколом в монгольском стане, направила в 1408 году послов к хану с повелением признать вассалитет по отношению к императору. Монголы убили этих послов. Тогда в Монголию вступила 100-тысячная китайская армия. Но противник успел хорошо подготовиться к встрече, и в 1409 году на реке Тола китайские войска были наголову разгромлены. Потери монголов тоже были немалые. К тому же в монгольской правящей верхушке снова начались распри. Поэтому в следующем году, когда новая китайская армия во главе с самим императором Чжу Ди (1402–1424) вошла в Монголию, войска хана Бунияшири потерпели поражение на реке Онон. Хан бежал к ойратам, где вскоре умер, а возможно, и был убит.
В 1414 году армия Чжу Ди снова совершила поход в Монголию и нанесла поражение монгольской коннице под командованием одного из претендентов на ханский трон. Такие же походы предпринимал император в 1422,1423 и 1424 годах. Во время последнего Чжу Ди скончался в воинском стане в монгольских степях.
В 1423 году в летописях отмечено и столкновение китайских войск с ойратами, совершившими первый набег на китайские владения в Центральной Азии. Правда, ойраты прислали в Пекин, ставший с 1420 года китайской столицей, послов с извинениями. Есть основания полагать, что во искупление их вины китайский двор потребовал от ойратов помощи в борьбе с восточными монголами. В этот период обострилось военное противостояние между обеими ветвями монголов. В течение более двух десятилетий между ними то вспыхивали, то затихали столкновения, сопровождавшиеся многочисленными интригами, которые порой выливались в кровавую резню среди представителей правящей верхушки. К середине 30-х годов XV века фактическая власть в Монголии оказалась в руках ойратского властителя Тогона, официально занимавшего пост первого советника (тайши) при восточномонгольском Дайсун-хане. Эта власть значительно усилилась при сыне Тогона — Эсэне, в 1439 году унаследовавшем должность и положение отца. Он планомерно шел к объединению монголов, не останавливаясь перед истреблением противившейся этому знати и непокорных племен.
Поначалу Эсэн сохранял мирные дипломатические и торговые отношения с Китаем, который поддерживал ойратов в их противостоянии с восточными монголами. Но к концу 40-х годов XV века отношения обострились не столько из-за политических, сколько из-за торгово-экономических противоречий. Торговля с Китаем — обмен лошадей, скота и производимых кочевым хозяйством товаров на китайское зерно, шелк, чай и самые разнообразные предметы ремесленной промышленности — всегда была очень важна для монголов. Китайский двор тоже был заинтересован в этой торговле, но, исходя из своих потребностей, стремился удерживать ее в определенных рамках, ограничивая число прибывавших посольских миссий и доставляемого ими товара. Монголы же систематически нарушали эти ограничения. Порой монголы пригоняли в Китай старых и больных лошадей, а китайцы расплачивались некачественным шелком. Атмосфера накалилась, когда в 1448 году Эсэн направил в Китай посольство в составе 2 тысяч человек, которые потребовали положенного вознаграждения как для трех тысяч. Китайцы отказались вести с ними торговлю. Тогда Эсэн пошел походом на Китай.
