28 апреля Южная группа начала контрнаступление во фланг и тыл Западной армии. 5-я армия атаковала противника фронтально в общем направлении на Бугуруслан и Бугульму. В ходе последующего наступления потерпел поражение левофланговый 6-й Уральский корпус белых, и Ханжин вынужден был приостановить стремительный марш к Волге. Отразив контрудар противника, введшего в дело только что сформированный и плохо обученный Волжский корпус Каппеля, 27-я стрелковая дивизия 5-й армии 13 мая заняла Бугульму. Войска Ханжина, хотя и избежали окружения, но понесли тяжелые потери и утратили боевой дух. Однако колчаковский наштаверх Д. А. Лебедев и командующий Сибирской армией не осознали всей серьезности положения. Сибирцы продолжали ставшее уже бессмысленным наступление на Вятку, в тщетной надежде, что красные перебросят против войск Гайды часть сил, громивших Западную армию.
Тем временем в командовании советского Восточного фронта произошли перемены. Вместо С. С. Каменева 5 мая был назначен бывший генерал А. А. Самойло, ранее возглавлявший 6-ю Отдельную армию на архангельском направлении. Это назначение стало следствием начавшегося противостояния Троцкого с членом Реввоенсовета Восточного фронта С. И. Гусевым, поддерживавшим Каменева. Этот конфликт обострился со второй половины мая, когда выявился разгром Западной армии белых. Каменев и Гусев настаивали на продолжении генерального наступления с целью добить Колчака, не давая ему передышки — иначе за зиму колчаковцы оправятся и к весне 1920 года опять будут представлять собой грозного противника. Но главком Вацетис и Троцкий считали, что основные силы надо перебросить на юг против действовавшего всё более успешно Деникина, а на востоке ограничиться активной обороной на рубеже реки Белой после предполагавшегося взятия Уфы. Эти споры, происходившие не только в рамках военного ведомства, но и в ЦК партии, окончились только в июле, когда Каменев занял место Вацетиса, ненадолго арестованного по обвинению в «бонапартистских наклонностях».
Троцкий впоследствии признал правоту своих оппонентов: «Я считал уже тогда Южный фронт неизмеримо более серьезным и опасным, чем Восточный. Это подтвердилось впоследствии полностью. Но в оценке армии Колчака правота оказалась на стороне командования Восточного фронта… Центральный Комитет вынес решение против главного командования и тем самым против меня, так как я поддерживал Вацетиса, исходя из того, что в этом стратегическом уравнении есть несколько неизвестных, но что солидной величиной в него входит необходимость поддержать еще слишком свежий авторитет главнокомандующего. Решение Центрального Комитета оказалось правильным. Восточный фронт выделил некоторые силы для юга и в то же время победоносно продвигался в глубь Сибири по пятам Колчака».
Во время короткого командования Самойло Восточным фронтом произошли первые драматические события этого противостояния, в котором командарму-5 пришлось сыграть немаловажную роль. В 1935 году в статье в «Красной Звезде» Тухачевский так изложил ход событий: «Начавшись 25 апреля (войска Тухачевского атаковали белых на три дня раньше главных сил Южной группы, чтобы привлечь к себе резервы Западной армии и облегчить ее фланговый обход. — Б. С.), наступление Южной группы развивалось очень успешно. Правый фланг 5-й армии к 1 мая вышел в район станции Заглядино… В это время Троцкий нашел нужным вмешаться в дела Восточного фронта. Командвост тов. С. С. Каменев был освобожден от должности, и на его место был назначен тов. А. А. Самойло. Это обстоятельство совершенно испортило блестящее начало нашего контрнаступления и позволило белым упорядочить их отступление. 5-я армия была изъята из подчинения тов. Фрунзе и перешла в непосредственное подчинение тов. Самойло. 11 мая тов. Самойло нацеливает 5-ю армию на север, к устью реки Вятка, 14 мая сворачивает ее на Белебей, 17 мая опять направляет ее на север, а 19 мая на северо-восток. Вместо преследования — топтание на месте.
Начались протесты против такого командования. 21 мая командарм-5 направил командвосту телеграмму, в которой говорилось: „Начиная с 10 сего мая, вероятно, ввиду многих неизвестных мне обстоятельств вами были отданы пять задач для 5-й армии, каждый раз отменяющие одна другую… Эти отмены приказов совершенно измотали дивизии, и части совершенно перепутались, связь нарушилась и проч.“. В заключение командарм просил командвоста соблюдать статью 19 Полевого устава, издания 1918 года, в которой говорится, что прежде чем отдать приказ, надо подумать.
Большие неприятности перенес и тов. Фрунзе, которому тов. Самойло неожиданно 18 мая запретил преследовать белых. Тов. Фрунзе дал решительный отпор, и тов. Самойло отменил свой приказ, разрешив занять Уфу. Тов. Фрунзе успешно провел операцию по занятию города Уфы».
Самому Самойло посчастливилось пережить Тухачевского более чем на четверть века. И ситуация мая 1919 года виделась ему несколько иначе, чем командарму-5. В мемуарах, вышедших в 1958 году, уже после реабилитации Тухачевского, Александр Александрович признался, что был совсем не рад новому назначению, считая нелепым в момент напряженных боев с неясным исходом на Восточном фронте заменять командвоста человеком, не знакомым ни с войсками, ни с условиями театра. Вначале он отказался от назначения, узнав от своего боевого товарища П. П. Лебедева, тоже бывшего генерала, а тогда — начальника штаба Восточного фронта, что Реввоенсовет фронта грозит отказаться от своих постов в случае смещения Каменева. Однако Самойло получил категорическое предписание вступить в командование и вынужден был подчиниться. Вот как он изложил историю с чехардой приказов 5-й армии Тухачевского: «Работа моя на новом фронте, как я и опасался, сложилась в условиях, тяжелее которых трудно себе представить. Реввоенсовет возглавлял фактически Гусев — старый большевик, хорошо осведомленный в военном деле. Два других члена Реввоенсовета фронта были лишь исполнителями указаний Гусева. Каменев, как сам он потом сказал мне в Москве, правда, в шутливом тоне, таил неприязнь ко мне с той давней поры, когда в Киеве я отказался взять его, Каменева, моим помощником в штаб Киевского военного округа.
После моего приезда в Симбирск он не только оставался там, но продолжал жить на одной квартире с Гусевым и пытался через него влиять на все проводимые мной решения. Неоднократно бывало, что Гусев, соглашаясь со мной по какому-либо вопросу утром, во вторую половину дня, вернувшись с обеда и переговорив, очевидно, с Каменевым, отказывался от своего прежнего мнения. А эти колебания вызывали, разумеется, необходимость и с моей стороны в изменении, а иногда даже в перемене решений. Все мои распоряжения дискредитировались.
Положение усложнилось резким конфликтом между мной и командующим 5-й армией Тухачевским из-за неправильных его донесений о действиях своих дивизий. Сторону его принял и Гусев. На мое обжалование главкому я получил разрешение отстранить командарма-5 от командования армией. Однако осуществить это разрешение я, конечно, не счел возможным по условиям оперативной обстановки, в силу тех же соображений, по которым я сам отказывался от назначения на Восточный фронт.
Наши общие разногласия дошли до Ленина и заставили центр пересмотреть все положение. В результате Каменев был восстановлен в должности командующего фронтом, а я возвращен на свою должность командарма 6-й отдельной армии…»
