Летом 1941 года лучше других были оснащены полки, действовавшие в составе Южного фронта. На 17 июля 4-й ИАП насчитывал 10 боеспособных МиГов-3 и 13 нуждавшихся в ремонте. В 55-м ИАП было, соответственно, 16 и 3 МиГа-3, в 69-м ИАП оставалось только 2 исправных МиГа, а в 299-м ШАП -18 и 12. В 131-м ИАП было 4 исправных истребителя и один в ремонте.
23 июня в районе Кишинева произошел бой межу МиГами из 4-го ИАП и Bf 109 из Stab и II./JG 77. Двадцать немецких самолетов атаковали советский аэродром, уничтожив на нем восемь самолетов. В этот момент, МиГи, поднявшиеся в воздух, перехватили противника. Афанасий Карманов заявил три сбитых Bf 109. Одним из сбитых оказался фельдфебель Ганс Ильнер из 4./JG 77. Карманов уже собирался сесть на аэродроме Ревака, когда заметил четыре Bf 109 шедшие к советскому аэродрому. У советского пилота почти не оставалось бензина и патронов, но он атаковал противника, намереваясь нарушить его замыслы. В завязавшемся бою МиГ был сбит. Карманов покинул машину, но его парашют не раскрылся. По-видимому, Карманова сбил обер-лейтенант Курт Ласе из III./JG 77, это была его четвертая победа.
В тот же день А. Покрышкин заявил свою первую победу - Bf 109. Следующий «мессер» Покрышкин сбил 24 июня. По-видимому, его жертвой стал фельдфебель Отто Кёлер из II./JG 77, сбитый в районе, где Покрышкин вел бой.
В ночь с 24 на 25 июня ст. лейтенант Константин Оборин из 246-го ПАП в районе Одессы повредил винтом Не 111 из 4./KG 27. «Хейнкель» совершил вынужденную посадку, экипаж бомбардировщика почти тут же подобрал другой Не 111. Сам Оборин хотя и пережил таран, но получил ранение, от которого умер 18 августа.
25 июня произошло сражение между четырьмя Bf 109 из 11./JG 77, ведомыми обер-лейтенантом Вальтером Хёкнером, и МиГами из 55-го ИАП, сопровождавших двенадцать бомбардировщиков СБ. Сопровождение не справилось с поставленной задачей, в результате немцы заявили десять сбитых бомбардировщиков, в том числе Хёкнер заявил восемь.
МиГи-3 из 120-го ИЛИ (с марта 1942 года 12-й ГВИАП), входящего в систему ПВО Москвы.
В тот же день боевые действия начались на границе с Финляндией. На Карельском фронте МиГи-3 имелись в составе 7-го и 153-го ИАП, в общей сложности 105 самолетов.
55-й ИАП в первые дни войны показал себя как наиболее результативный истребительный полк. А.И. Покрышкин 26 июня снова увеличил свой боевой счет, заявив два сбитых Hs 126 в районе Бельцов. Но в этом же бою был сбит ведомый Покрышкина мл. лейтенант Довбря.
На следующий день командир полка Иванов сбил Hs 126. Ведомый Иванова слишком далеко сопровождал падающий «Хеншель», и вместе с ним врезался в землю. По словам Покрышкина, пилот потерял скорость и свалился в штопор когда обстреливал горящий Hs 126.
Пять остальных МиГов, летевших с Ивановым, начало атаку колонны немецких грузовиков. В этот момент появилось восемь Bf 109 из II./JG 77. Когда Покрышкин развернулся в сторону противника, выяснилось, что остальные МиГи повернули в противоположную сторону. Немцы разделились на две четверки. Одна атаковала Покрышкина, а другая отправилась в преследование за Ивановым. Покрышкин умело маневрировал, сумел уйти от атаки и скрыться в облаках. Когда он попробовал покинуть свое укрытие, то вывалился прямо на Bf 109. Пилот не растерялся и обстрелял немца с короткой дистанции. Но в этот момент он сам оказался под огнем. Тем не менее, Покрышкин сумел избежать попадания, а вскоре немцам пришлось лечь на обратный курс - по-видимому, у них кончалось топливо.
У группы Иванова один МиГ получил попадание и совершил вынужденную посадку. Эта победа на счету фельдфебеля Рудольфа Шмидта из 5./JG 77, его пятнадцатая победа.
Вскоре три МиГа из 55-го ИАП вылетели на перехват группы бомбардировщиков, шедших на Кишинев. Пилотами МиГов были: Покрышки, мл. лейтенант Леонид Дьяченко и мл. лейтенант Николай Лукашевич.
Из семи Ju 88 Покрышкин и Дьяченко сбили по одному самолету. В этот момент советских пилотов атаковала четверка Bf 109. Уходить было поздно, группа Покрышкина приняла бой. Дьяченко был сбит, вероятно эта победа на счету Ганса Эсера из 5./JG 77. В свою очередь Лукашевич заявил победу. Он сбил унтер-офицера Лойя, которому пришлось совершить вынужденную посадку. За первую неделю боев Покрышкин сбил шесть самолетов: 3 Bf 109, 2 Hs 126 и Ju 88.
В субботу 28 июня командир эскадрильи 147-го ИАП ст. лейтенант Леонид Илларионович Иванов на МиГе-3 вел бой с восемью Bf 109, атаковавшими его аэродром. Иванов сбил трех «мессеров», а четвертого таранил. При таране Иванов погиб, 22 июля он был посмертно представлен к медали Герой Советского Союза.
В тот же день мл. лейтенант Николай Васильевич Яковлев из 55-го ИАП в районе Котовска таранил своим МиГом Ju 88, ведущий группу немецких бомбардировщиков.
Заправка замаскированного МиГа-3, лето 1941 года.
29 июня МиГ-3 капитана Ф.В. Атрашкевича из 55-го ИАП получил попадание в момент атаки наземных целей в районе населенного пункта Костулени в Молдавии. Не имея никаких шансов успеть покинуть горящую машину, Атрашкевич направил ее на колонну немецких грузовиков. За этот подвиг Атрашкевич посмертно был представлен к ордену Красной Звезды. Это был первый таран наземных целей, совершенный на МиГе. На Северо-Западном фронте до 30 июня советская авиация потеряла в воздухе 17 МиГов-3.
30 июня 401 -и ИАП прибыл на аэродром Зубово в Белоруссии. В тот же день 402-й ИАП приступил к боевым вылетам в районе Пскова. Командирами обоих полков были опытные пилоты из НИИ ВВС: Степан Супрун и Пётр Стефановский. Всего было сформировано шесть полков из сотрудников НИИ ВВС. 401-й и 402-й ИАП получили МиГи.
В первые дни июля пилоты 401-го ИАП совершали каждый день по пять-шесть боевых вылетов. В ходе вылетов пилоты сбили несколько немецких самолетов, в том числе четыре на счету Супруна. Известно, что KG 53 «Legion Condor» потерял в этом районе один Не 111.
1 июля Стефановский заявил сбитый разведчик Do 215. Спустя две недели Стефановского отозвали в Москву, где он получил должность заместителя командира 6-го ИАК ПВО и командира истребительной авиации западного сектора ПВО Москвы. Своим опытом Стефановский воспользовался, разрабатывая схему применения МиГов-3 в системе ПВО Москвы.
Одной из первых боевых операций 401-го ИАП с расположенного в лесу аэродрома Зубово был налет на немецкую зенитную батарею. Во время налета попадание получил МиГ Кругликова. Самолет загорелся и взорвался в воздухе. Пилот погиб. Тогда летчики полка повторили налет и подавили батарею.
На счету самого Супруна находится Bf 110. Советский пилот сумел навязать немцу маневровый бой на вертикали. Он дождался, пока Bf ПО потеряет в горке скорость и свалится на крыло, после чего сблизился и расстрелял немецкий самолет.
2 июля семь МиГов-3, ведомых Покрышкиным, сопровождали девять СБ. Группу атаковали три Bf 109 обер-лейтенанта Курта Лассе, обер-фельдфебеля Эрвина Рихла и фельдфебеля Вильгельма Банмгартнера из 9./JG 77. Банм-гартнер сбил самолет мл. лейтенанта Степана Комлева, советский пилот выпрыгнул с парашютом. В дальнейшем немцы заявили три сбитых СБ, хотя фактически им удалось сбить только два. Покрышкин заявил неподтвержденную победу над Bf 109.
