Главной особенностью так называемого периода упадка в церковной жизни Харбина стала удаленность и, как следствие, оторванность Православной миссии в Пекине и Харбинской епархии от России, что стало причиной перехода их в управление Зарубежным синодом. Но именно тогда русская диаспора Маньчжурии дала множество примеров подвижничества и духовного братства, ревностных и просвещенных пастырей нашей Православной церкви, буквально с пеленок прививавших прихожанам любовь к далекому Отечеству и сознание того, что они — дети великого русского народа. Сама обстановка в православных общинах и дух проповедей воспитывали чувство любви к России, вот почему на протяжении десятилетий выходцы из Харбина помнили и любили этот город, сознательно или подсознательно помня сказанные А. С. Пушкиным слова: «Уважение к минувшему — вот черта, отличающая образованность от дикости». В 1920-е годы временное вынужденное ослабление православной миссионерской деятельности среди местного населения стало использоваться противниками находившегося в Пекине митрополита Иннокентия, считая это в качестве повода для реформирования церковного управления в Китае и возбуждения недовольства среди китайцев — священников и мирян. Ведь к тому же начальник миссии не был сторонником каких-либо демократических реформ в вопросах церковного управления. Его действия далеко не всегда были согласованы даже с Архиерейским синодом: фактически Пекинская епархия была самоуправляемой и мало обращала свои взоры на деятельность Харбинской епархии, что и явилось причиной нестроений, которые, однако, благодаря хорошим «администраторским» качествам начальника миссии проявились только в одном инциденте. 7 декабря 1928 года протоиерей Александр Пиняев, ушедший за штат Пекинской епархии, живописал церковные нестроения в Пекинской православной миссии (оплоте и центре русской духовной жизни во всем Китае) в частном письме в Париж к одному из виднейших иерархов русского зарубежья, митрополиту Евлогию (Георгиевскому). Жалуясь на своего правящего архиерея, он писал: «…судебные тяжбы архиепископа Иннокентия со многими русскими резидентами в Пекине, Шанхае и других городах Китая, особенно за последние 8 лет, довели Российскую Духовную Миссию в Пекине до полного разорения и нищеты. Пекинская Миссия — это фикция. Никаких просветительных и благотворительных учреждений здесь не имеется, здания полуразрушены, вид печальный». В конце этого письма автор просил благословения владыки Евлогия на образование отдельного прихода, который непосредственно подчинялся бы последнему. Митрополит Евлогий по этому поводу советовал обратиться в Москву к митрополиту Сергию (Страгородскому), начав с ним переписку. Но даже несмотря на внутренние разногласия клира, в пределах Харбинской епархии — основной территории, где проживали старые харбинцы-железнодорожники и селились новые — политические, военные эмигранты и просто беженцы, — отдельными подвижниками открывались храмы, строились учебные заведения, в том числе и семинария, печатались православные книги, и развивалась благотворительность.
В части подготовки молодой смены харбинскому духовенству на заседаниях архиереев неоднократно ставился вопрос о необходимости открытия в Харбине духовной семинарии. Окончательным импульсом к ее основанию послужила подготовка в 1937 году правительством Маньчжоу-го реформы русских школ. Согласно новым правилам, реальное училище при церкви в честь святителя Алексия, митрополита Московского в Модягоу было поставлено перед необходимостью закрытия. С целью предотвратить развал педагогического коллектива Алексеевского реального училища было решено преобразовать училище в народную и повышенную школу при церкви. После того как японские власти отклонили ходатайство, собрание администрации училища, правления и представителей духовенства во главе с владыкой Мелетием приняло решение обратиться от имени правящего архиерея Харбинской епархии к министру народного благополучия в столицу Маньчжоу-го Синьцзян (ныне Чанчунь) о преобразовании училища в семинарию. В 1938 году, в день памяти небесного покровителя Китая, святителя Иннокентия Иркутского, архиепископ Мелетий получил разрешение на открытие частной Харбинской духовной семинарии на следующих условиях. Срок обучения должен был составлять 4 года, а в число учащихся могли принимать лишь лица, окончившие народную повышенную школу. Общее количество учащихся не должно было превышать 60 человек, а учебным помещением должно служить церковно-общественное здание. С этого момента 1-й класс духовной семинарии существовал при Свято-Алексеевском реальном училище. В первый подготовительный класс семинарии принимались православные мальчики в возрасте от 11 до 13 лет. Семинария разместилась в старой деревянной церкви прихода, прихожане которого к тому времени отстроили новый каменный храм. К концу 1938 года японские оккупационные власти стали настоятельно требовать закрыть Свято-Алексеевское реальное училище. Для того чтобы сделать возможным самостоятельное существование духовной семинарии, указом архиепископа Мелетия 23 декабря 1938 года ректором Свято-Алексеевской семинарии был назначен протоиерей Аристарх Пономарев, которому было поручено заняться устроением семинарии. Вскоре от властей было получено официальное разрешение открыть еще два подготовительных класса и увеличить число учащихся. Первоначально семинария, не имея достаточных материальных средств, вынуждена была опираться на силы временных преподавателей, однако в скором времени, благодаря поддержке настоятелей харбинских приходов и общественных деятелей, появилась возможность формирования постоянного преподавательского состава. Средства семинарии помимо пожертвований составлялись из платы за обучение, ежегодных отчислений епархиальных собраний, из доходов печатных изданий, проведения лекций и концертов и церковных кружечных сборов. Так как семинария была создана на основе реального училища, в ее учебной программе, наряду с богословскими дисциплинами, оставалось много предметов общеобразовательного профиля. Из богословских предметов преподавались догматическое, нравственное, пастырское богословие, катехизис, история христианской Церкви, Священное Писание Ветхого и Нового Заветов, гомилетика, церковный устав, греческий, латинский и церковно-славянский языки. Свято-Алексеевская духовная семинария предоставляла возможность выпускникам поступать как во все высшие светские, так и духовные учебные заведения, и без сдачи вступительных экзаменов поступать на богословский факультет Института Святого Владимира.
После поражения Японии во Второй мировой войне в 1945 году и крушения марионеточного государства Маньчжоу-Го Маньчжурия была занята советскими войсками, а Православная церковь региона перешла в подчинение Московского патриархата. Был создан Восточноазиатский экзархат Русской православной церкви, во главе которого стал митрополит Нестор (Анисимов). Владыка Нестор намеревался реорганизовать Харбинскую семинарию, для того чтобы придать ей более четкий духовный характер и уменьшить долю светских предметов. Осуществлять реорганизацию семинарии экзарх поручил новому ректору, сменившему о. Аристарха — энергичному священнику, выпускнику и преподавателю харбинского богословского факультета Института Св. Владимира о. Симеону Новосильцеву. Впрочем, реформе семинарии не суждено было осуществиться — вскоре под давлением китайских властей она была закрыта. Правда, в короткий период, с 1946 по 1951 год в Харбине существовал Лицей Св. Александра Невского, стремившийся восполнить вакуум, образовавшийся после закрытия семинарии. В этот лицей перешли многие из бывших учеников семинарии, сочетавшие это с пастырской работой. Если говорить о повседневностях этой работы, стоит упоминания деятельность клириков, проявленная в заботах о страждущих. На земельном участке Спасо-Преображенской церкви Корпусного городка в Харбине протоиерей о. М. Филологов лично участвовал в создании «Дома-убежища митрополита Мефодия», предназначенного для вдов, сирот и престарелых лиц духовного звания. Средства на постройку дома собирались им за счет организации благотворительных концертов, лотерей и сбора пожертвований, поступавших от имущих харбинцев. Отчасти хлопоты по сбору дополнительных к тому средств ложились на представительниц дамского Комитета при приюте.
