Участок Дуная от озера Ялуг, где река делится на два рукава (гирла), до впадения Килийского гирла в Черное море относился к району прикрытия № 6 по плану действий войск Одесского военного округа (ОдВО) по прикрытию госграницы.
Из всех планов прикрытия пяти приграничных округов план ОдВО оказался единственным, соответствующим реальной обстановке, в полном объеме выполненным в предвоенный период и успешно реализовывавшимся после начала боевых действий.
И не случайно, что ОдВО к моменту образования 25 июня Южного фронта фактически выполнил поставленную задачу по прикрытию госграницы, что и было отражено в директиве Ставки ГК о создании Южного фронта:
«Задачи Южного фронта: Общая — оборонять государственную границу с Румынией. В случае перехода и перелета противника на нашу территорию уничтожать его и быть готовыми к решительным наступательным действиям».
И именно войска ОдВО уже в течение первой недели войны смогли перенести боевые действия на территорию противника.
В плане прикрытия значительное внимание было уделено возможным действиям врага на Дунае. Основной ударной силой противника являлась румынская «речная дивизия», имевшая в своем составе 7 мониторов австро-венгерской постройки со 120-мм артиллерией, три плавучие батареи со 152-мм орудиями, 3 тральщика с 76-мм орудиями, 4 минных заградителя с 47-мм артиллерией и 13 сторожевых катеров с пулеметным вооружением, базировавшаяся в Галаце, Исакчи, Чатале и Периправе.
Ей противостояла Дунайская речная флотилия под командованием контр-адмирала Абрамова, созданная 17 июня 1940 г., после вступления в состав СССР Бессарабии, из части кораблей Черноморского флота (ЧФ) и Днепровской флотилии.
Она располагала 5 речными мониторами, переданными с расформированной Днепровской флотилии, из которых один был вооружен двумя 130-мм орудиями (остальные 102-мм) и 22 бронекатерами (16 из которых были переданы из шхерного отряда Балтфлота), имевшими по одной башне от танка Т-28 с 76-мм орудием, 5 катерных тральщиков с пулеметным вооружением, отряд глиссеров и 18 вспомогательных судов.
Флотилия базировалась на Измаил, Рени, Килию и Вилково. Совместно с флотилией базировался 4-й черноморский отряд пограничных судов (4-й ЧОПС) под командованием капитан-лейтенанта Кубышкина, включавший до 30 различных малотоннажных судов, в том числе 4 малых охотника за подводными лодками. Якорные стоянки и места базирования прикрывались 46-мм отдельным зенитным артдивизионом капитана Шило и 6 береговыми батареями.
Две батареи являлись стационарными и размещались на тщательно замаскированных закрытых позициях в орудийных двориках. Самая мощная из них, 724-я батарея, вооруженная 152-мм гаубицами, размещалась у Рени и имела сектора обстрела вверх по Дунаю до румынского военного порта в Галаце, а вниз до Исакчи.
725-я батарея, имевшая 130-мм морские пушки Б-13, прикрывала непосредственно Измаил. Еще 4 батареи имели мех. тягу и являлись подвижными. Из них 2 батареи были вооружены 45-мм пушками и являлись противокатерными, а еще две имели трехдюймовки.
С воздуха прикрытие флотилии осуществляла приписанная к ней 96-я отдельная истребительная эскадрилья ВМФ (96-я ОИАЭ) под командованием капитана Коробицына, имевшая на вооружении 17 истребителей И-153.
Также к флотилии была приписана пехотная рота, которую иногда не совсем точно именуют ротой морской пехоты, однако по документам она таковой не являлась, хотя выполняла функции этого рода войск.
Отдельная пулеметная рота, также приписанная к флотилии и имевшая 22 пулемета «максим», предназначалась для охраны 724-й батареи.
На суше оборону района прикрытия № 6 на участке от Черного моря до озера Ялуг осуществляла 51-я Перекопская стрелковая дивизия (51-я СД) генерал-майора Цирульникова, имевшая опыт финской войны.
Западнее озера Ялуг и выше по Дунаю и реке Прут размещалась 25-я Чапаевская стрелковая дивизия (25-я СД) полковника Захарченко, участвовавшая в освобождении Западной Украины. Обе дивизии входили в 14-й стрелковый корпус (14-й СК) 9-й отдельной армии.
Непосредственное прикрытие левого берега Дуная осуществлялось 79-м Измаильским погранотрядом (79 ПО) подполковника Грачева.
С самого момента создания Дунайской флотилии ее командованию была ясна сложность оперативно-тактической конфигурации участка базирования.
С верхнего течения Дуная имелась угроза действий более сильной румынской «речной дивизии», с устья флотилия могла быть заблокирована кораблями румынской «морской дивизии», базировавшейся на Сулину. И вдобавок ко всему главная база флотилии — Измаил находилась в зоне артиллерийского обстрела с противоположного румынского берега. Существовала реальная возможность разрушения сосредоточенным артиллерийским огнем Измаильского порта раньше, чем он будет подавлен имеющимися в распоряжении командования флотилии и наземных войск огневыми средствами.