Пересмотр технических требований затянул реализацию программы «88» так, что первые предсерийные Ju 88 А-0 попали в части только в марте 1939 года. В начале 1938 года RLM заказал 28 предсерийных Юнкерсов Ju 88 А-0 и 50 самолетов Ju 88 А-1. Две недели спустя Юнкерс получил заказ еще на 100 машин Ju 88 А-I. Завод Юнкерса в Ашенслебене выпускал фюзеляжи. а заводы в Хальберштадте и Леопольдсхалле – крылья и оперение. Окончательную сборку осуществляли на заводе в Бренбурге. Лицензионный выпуск осуществлялся в четырех группах. В первую группу были собраны заводы Хеншель в Берлин-Шёнефельде, Арадо в Бранденбурге (крылья) и АЕГ – Аллгемайне Электритет Гезелльшафт (оперение). Во второй группе находились заводы Дорнье-Верке в Висмаре (фюзеляжи) и Хейикель в Ораниенбурге (крылья). Третью группу составляли заводы Дорнье в Фридрихсхафене. Четвертая группа состояла из заводов АЕГ в Лейпциге и Зибель в Халле (крылья). Оснастку и дополнительное оборудование, необходимое для выпуска Ju 88, изготавливали на заводе Юнкерса в Шёнебеке.
Ju 88 А-0 был идентичен прототипу Ju 88V10. Вооружение самолета составляли три пулемета Рейнметалл-Борзиг MG 15 калибра 7.92 мм, установленные в трех точках: внизу в гондоле (Bodenwanne), в задней части кабины и в передней части кабины. Последний пулемет обслуживал штурман. Бомбы общей массой до 1000 кг располагались на внешней подвеске под крыльями и внут ри бомбоотсека. Самолет был оснащен бомбоприцелом BZA, предназначенным для бомбометания из пикирования. В качестве силовой установки на самолете использовали двигатели Jumo 211B-1 мощностью 884 кВт/1200 л.с.
Junkers 88 А-1
Первой серийной модификацией стал Ju 88А-1. Его отличие от Ju 88А-0 заключалось в использовании трехлопастных пропеллеров VDM с изменяемым шагом. Кроме того изменили размещение подфюзеляжной антенны. Была предусмотрена возможность установки дополнительных топливных баков. При бомбонагрузке 1800 кг дальность составляла 1260 км, а при установке дополнительных баков в бомбоотсеках и под крыльями дальность возрастала до 3680 км, при этом бомбонагрузка уменьшалась до 500 кг. В ходе эксплуатации в боевых частях машины Ju 88А-1 постоянно модернизировали. В основном переделки затронули оборонительное вооружение самолета. Уже первые столкновения с английскими истребителями показали, что Ju 88А-1 недостаточно вооружен. Кроме MG 15, размещенного в правом лобовом окне кабины пилота в передней части штурманской кабины устанавливали дополнительный MG 15. Если такая переделка осуществлялась, то передний пулемет MG 15 устанавливали неподвижно. Место стрелка защитили бронелистами, а в левом и в правом бортах установили по дополнительному пулемету MG 15. В дальнейшем на месте одиночного пулемета, защищавшего заднюю полусферу установили спарку из двух MG 15. Все эти переделки привели к тому, что вооружение самолета возросло с трех пулеметов до 5-8. Однако, поскольку все эти пулеметы обслуживались отдельно минутная мощность залпа существенно не возросла.
Как и все новые самолеты, Ju 88А-1 не избежал «детских болезней». Так, часто заедало воздушные тормоза в открытом положении, нагруженная конструкция корпуса не допускала маневров на большой скорости, а у самолетов, выпущенных заводами фирмы Арадо в Бранденбурге, часто отказывали шасси.
В конце 1940 года на серийные самолеты стали устанавливать новый лафет для нижнего пулемета. На самолетах этой серии кроме двигателей Jumo 211 В-1, также использовали моторы Jumo 211G мощностью 884 кВт/1200 л.с.
Четвертый прототип, V4, стал первым Ju-88 с характерным остеклением носовой части фюзеляжа – в виде «глаза жука». Экипаж самолета состоял из четырех человек, конструкция планера была рассчитана на выполнение бомбометания с пикирования. Первый полет Ju-88V-4 выполнил 2 февраля 1938 г.
V5 – специальная рекордная машина. Носовая часть фюзеляжа аэродинамически облагорожена, высота фонаря кабины пилота уменьшена, отсутствует подфюзеляжная гондола. Оснащенный двигателями JUMO-21IB пятый прототип выполнил первый полет 13 апреля 1938 г.
V6 – предсерийный Ju-88/1, выполнил первый полет 18 июня 1938 г. За шестым прототипом последовали четыре прототипа серии А, на которых отрабатывались элементы бомбардировочного вооружения, такие как тормозные щитки для бомбометания с пикирования и подкрыльевые пилоны для внешней подвески бомб.
Junkers 88А-2
Самолеты Ju 88А-2 в отличие от Ju 88А- 1 оснащались стартовыми ракетными ускорителями Walther Rb 202, которые сокращали разбег и облегчали взлет перегруженным самолетам. Ускорители крепили к крыльям самолета между фюзеляжем и мотогондолами. Отработанные ускорители сбрасывались на парашютах.
