В 1928 году он был принят в члены ложи «Северная Звезда» (образована в 1924), объединявшей «старых революционных активистов» и являвшейся дочерним образованием «Великого Востока Франции». Видимо Валериан Константинович воспринял свою инициацию в масонство с большим и искренним вдохновением и в последующие годы выказывал незаурядную активность (кстати не оставшуюся без внимания французской службы безопасности «Сюртэ женераль») в «правильной постановке» русских лож в этой стране. В 1928 году, стремясь к координации деятельности русских лож, он предстает в числе инициаторов основания «Консистории Русского масонства 23-го градуса» во Франции (учреждена 23 марта, 1927 года). В декабре 1929 года он выступил здесь с докладом «Мой масонский идеал».
В этот период в публичной жизни Валериана Константиновича происходили следующие события: в 1927 году он был избран членом ревизионной комиссии Союза русских писателей и журналистов в Париже. С 20 июня 1927 года он член правления Тургеневской библиотеки в Париже (входил в состав этого органа по 1937 год включительно), один из жертвователей в библиотеку. В 1929 году читал лекции на Русских сельскохозяйственных курсах в Париже. В том же году ученый попал в автомобильную катастрофу, от которой едва смог оправиться.
В 1930–1935 годах — член правления Тургеневской библиотеки. В 1930–1931 годах входил в совет Русского научно-философского общества в Париже, был его деятельным членом по 1935 год. В 1931 году вошел в состав бюро Комитета помощи писателям и ученым Франции.
В июне 1931 года участвовал в заседаниях эмигрантской общественности, выступавшей против распродажи большевиками художественных ценностей.
Ученый считается создателем формулы «научная истина и общественная совесть».
В сентябре-ноябре 1931 года В. К. Агафонов выступил в качестве члена-основателя еще одной русской мастерской «Великого Востока Франции» — «Свободная Россия». Здесь же, в основанной им ложе, в торжественной обстановке было отмечено братьями 13 июля 1934 года 70-летие В. К. Агафонова. 19 ноября 1932 года он «кооптирован» в выделившуюся из «Астреи» ложу «Лотос», бывшую в подчинении Великой Ложи Франции. Этот период отмечен также сотрудничеством В. К. Агафонова с парижской газетой «Последние новости», значительное число сотрудников которой являлись, как и он сам, масонами.
В 1932 году его выбирают в число членов Общества друзей Русского народного университета. Тогда же он направляется для работы в Африку.
В ноябре 1933 года В. К. Агафонов получил за свои научно-практические труды по почвоведению премию Французской академии наук. В 1935 году он был избран в Сорбонне председателем комиссии по составлению почвенной карты Африки. В 1937 году стал кавалером ордена Почетного легиона. Свое высокое положение в обществе В. К. Агафонов отметил в том же году (точнее 4 марта 1937 года) в кругу тайных братьев-каменщиков, выступив в русской Консистории «Великого Востока Франции» с литературным докладом под многозначительным названием «Масонство, мораль, человечество».
В 1938 году В. К. Агафонов читал лекции о почвах в Ницце. В 1939 году был награжден золотой медалью Академии земледелия за труды по определению почв в Тунисе. Во время Второй мировой войны ученый жил в Жуан-ле-Пене, основал в Ницце патриотическое Общество помощи русским, которое, в частности, оказывало поддержку советским военнопленным и русским бойцам французского Сопротивления.
24 марта 1945 года В. К. Агафонов участвовал в работе учредительного собрания Объединения русской эмиграции для сближения с Советской Россией, и был единогласно избран в правление этого объединения, а затем — на первом же заседании правления — его председателем.
Скончался В. К. Агафонов на Лазурном берегу, в Ницце 28 января 1955 года, где и был похоронен на местном масонском кладбище.
Разумеется, что к секретным архивам заграничной агентуры российского Департамента полиции университетский профессор географии В. К. Агафонов был допущен исключительно благодаря своему особому реноме «несгибаемого борца с самодержавием», а также серьезного и ответственного человека в российских революционных и масонских кругах. И в первую очередь именно среди людей, составивших Временное правительство, глава которого А. Ф. Керенский, напомним, был членом партии социалистов-революционеров и «другом французских масонов», а абсолютное большинство министров также являлись франкомасонами.
Итак в 1917 году профессор В. К. Агафонов вместе с другим профессором, комиссаром Временного правительства С. Г. Свати-ковым (и также автором книги «Русский политический сыск за границей», Ростов-на-Дону, 1918; в московском переиздании 1941 года, подготовленном по инициативе руководства НКВД СССР, она получила название «Заграничная агентура Департамента полиции»[1]) были официально включены в комиссию Временного правительства во главе с Е. И. Раппом по ликвидации русской заграничной агентуры в Париже и разборке ее архива. Комиссия тщательно изучила секретные документы и материалы (включая персональную картотеку) этого архива. Кроме того ею были допрошены как руководитель агентуры (А. А. Красильников), так и руководители ее подразделений (жандармские подполковники В. Э. Люстих и Б. В. Лиховский). Наконец, следует иметь в виду, что в целом ряде случаев были опрошены и рядовые сотрудники агентуры, среди которых можно выделить имена настоящих мастеров русского политического сыска за границей. Это Марья Алексеевна Загорская, Зинаида Федоровна Жученко (урожденная Гернгросс), Матвей Иванович Бряндинский, Бенцион Моисеевич Долин, Михаил Иванович Гурович, Лев Дмитриевич Бейтнер, Борис Яковлевич Батушанский, Яков Абрамович Житомирский и другие.
В подготовке своей КНИГИ В. К. Агафонов использовал также и документы архива Департамента полиции в Петрограде.
Примечательно, что в процессе этой работы части архива заграничной агентуры и Особого отдела Департамента полиции (прежде всего касающиеся деятельности агентов охранки среди групп соци-алистов-революционеров) были инкорпорированы Агафоновым в свой личный архив, который хранился у него в Ницце (Франция) и которым еще в 20-30-е годы прошлого века пользовались такие известные исследователи русской революции, как писатель Марк Александрович Алданов и историк Борис Иванович Николаевский (оба между прочим «собратья» Агафонова по Парижской ложе «Свободная Россия»)[2].
В 1940 году Б. И. Николаевский вывез из оккупированной нацистами Франции в США большое собрание архивных документов, в числе которых почти полный, размещенный в отдельных папках архив Агафонова. В 1963 году он продал свою богатейшую архивную коллекцию Гуверовскому институту войны, революции и мира при Сенфордском университете (всего — 250 фондов).
