В соответствии с заключенной конвенцией французы должны были разоружиться и сдать Дрезден, а взамен получали право свободного прохода во Францию. Но главнокомандующий австрийской армией фельдмаршал К. Шварценберг не утвердил эту конвенцию. Уже дошедшие до Альтенбурга (около 60 км восточнее Йены) французы (всего 34,5 тыс. человек), несмотря на протест Сен-Сира против вероломного нарушения австрийцами заключенного соглашения, были объявлены военнопленными и отведены в Венгрию. Самому маршалу место содержания в плену было определено на знаменитом судетском курорте Карлсбад (Карловы Вары), где он и провел почте 7 месяцев, проживая в весьма комфортных условиях. Таким образом, судьба сыграла с Сен-Сиром злую шутку — он оказался единственным из наполеоновских маршалов, оказавшемся во вражеском плену. На этом его боевая карьера и закончилась.
Во Францию Сен-Сир вернулся только после падения Наполеона и 1-й Реставрации Бурбонов, в июне 1814 года. Король Людовик XVIII встретил вернувшегося их плена маршала милостиво и возвел его в пэры Франции (июнь 1814 года). Когда в Париже было получено известие о высадке во Франции Наполеона, король назначил Сен-Сира командующим войсками, собранными в районе Орлеана (март 1815 года).
Считая себя обязанным сохранять верность королю и данной ему присяге, маршал развил активную деятельность по наведению порядка в подчиненных войсках, деморализованных развернувшимися политическими событиями. С большим трудом ему удалось сдержать бывших наполеоновских солдат, готовых в любую минуту перейти на сторону императора. Но когда он узнал, что король бежал за границу, а Наполеон уже в Париже, то покинул свою армию и направился к границе, намереваясь эмигрировать. Однако на границе ему был вручен пакет от императора с приказанием немедленно возвратиться в Париж.
Не желая иметь Сен-Сира в числе своих врагов, Наполеон сделал вид, что ничего не знает о его деятельности в Орлеане. Но вернуться на службу к Наполеону Сен-Сир категорически отказался. Тем не менее император иногда пользовался советами маршала. Понимая, что новая война со всей Европой неизбежна, Сен-Сир не хотел воевать за Бурбонов против Франции, равно как и на стороне Наполеона против новой антифранцузской коалиции, считая эту борьбу безнадежной, а предпринятую Наполеоном попытку вернуть себе трон — авантюрой.
В событиях «Ста дней» Сен-Сир никакого участия не принимал, хотя в течение всего этого периода и находился в Париже. После вторичного отречения Наполеона и возвращения Бурбонов (2-я Реставрация) Сен-Сир получил портфель военного министра, но под давлением не доверявших ему роялистов в том же 1815 году был вынужден уйти в отставку.
Однако даже за столь короткий промежуток времени нахождения на посту военного министра он успел запятнать свое имя честного воина, поставив свою подпись под так называемыми проскрипционными списками. Эти списки были составлены одержимыми жаждой мести роялистами. В них попали имена многих боевых товарищей Сен-Сира по республиканской и императорской армиям, примкнувших к Наполеону во время «Ста дней». Эти одобренные властями списки как бы придавали видимость легитимности развязанному с началом 2-й Реставрации роялистами и их сторонниками «белому террору» против своих политических противников. Но усердная служба новому режиму старого республиканца и маршала Империи не помогла ему обрести доверие бывших врагов. Люди, прошедшие через кровавую купель революции, потерявшие в результате ее все, долгие годы сражавшиеся с оружием в руках против Республики и Империи, испытавшие тяжелое лихолетье эмиграции, не могли так быстро и легко все это забыть, а тем более сразу проникнуться доверием к людям, в той или иной мере причастным к выпавшим на их долю невзгодам.
Но в 1817 году король снова решил прибегнуть к услугам Сен-Сира, назначив его морским министром, а вслед затем — и военным министром. Независимый, равнодушный к почестям, любивший более всего свободу и самостоятельность, он принял этот пост, несмотря на все интриги недоброжелателей, огорчения и разочарования последних лет, исключительно ради любви к армии. Важнейшим итогом его деятельности на посту военного и морского министра явился закон о конскрипции, принятый 10 марта 1818 года. Суть этого закона состояла в переходе к новому способу комплектования армии и флота. Вместо добровольной вербовки солдаты и матросы теперь стали призываться на военную службу по жребию. Срок военной службы был определен в 6 лет. Этот закон просуществовал во Франции 50 лет (до 1868 года).
Кроме нового подхода к проведению рекрутских наборов Сен-Сир ввел льготы для рекрутов по семейному положению, впервые в государстве создал контингент военнообученного резерва, провел ряд других усовершенствований в деятельности военного ведомства. Даже противники Сен-Сира в те годы говорили, что он является единственным из королевских министров, кто способен со знанием дела управлять своим ведомством.
Его плодотворная деятельность на посту военного и морского министра была отмечена титулом маркиза и Большим крестом ордена Св. Людовика (сразу был награжден высшей степенью этого ордена). Однако, несмотря на все свои заслуги перед Бурбонами, в 1819 году под давлением ультрароялистов Сен-Сир снова вынужден был уйти в отставку, и на этот раз окончательно. Удалившись в свои поместья, он полностью отошел от государственной деятельности и занялся сельским хозяйством.
Последние годы жизни Сен-Сир посвятил работе над воспоминаниями и военно-историческими трудами. Важнейшими из них являются: «Журнал операций Каталонской армии 1808—1809 гг.», «Воспоминания и материалы для описания сражений Рейнской и Мозельской армий», «Материалы для военной истории времен Директории, Консульства и Империи».
Умер Сен-Сир от апоплексического удара (инсульт) в возрасте 66 лет. Кроме французских наград он имел высшую степень итальянского ордена «Железная корона», которым был награжден в 1809 году (в составе его корпуса в Испании находились и итальянские войска). Свое последнее пристанище маршал Гувион Сен-Сир обрел на парижском кладбище Пер-Лашез среди других наполеоновских маршалов.
Имя Сен-Сира французы увековечили в названии одного из бульваров Парижа, разбитых на месте бывших укреплений французской столицы. Это бесконечно бегущее кольцо парижских бульваров носит имена героев великой эпопеи Первой империи, к славной когорте которых принадлежит и маршал Франции Гувион Сен-Сир.
* * *
Как и все наполеоновские маршалы, Сен-Сир был храбрым и мужественным воином, выдающимся боевым генералом, затем маршалом Империи, долгие годы доблестно сражавшимся с врагами Франции сначала под революционными знаменами, затем под императорскими орлами. Военные способности и боевые заслуги Сен-Сира в годы Великой французской революции помогли ему сделать блестящую военную карьеру в рядах революционной армии — за неполных 2 года он сумел пройти путь от рядового волонтера до дивизионного генерала. Как и большинство его коллег, маршалов Империи, Сен-Сир обладал ярким военным талантом, но его дарования не выходили за рамки тактического масштаба, отдельно взятого боя или сражения, когда требовалось решение какой-то конкретно взятой, частной боевой задачи. Это был отличный дивизионный генерал, но никак не полководец в полном значении этого слова, способный к самостоятельному командованию крупными оперативными объединениями.