Столыпин принимал самое деятельное участие в формировании правительства, добивался удаления из него нежелательных лиц. Так, в июле 1906 года он настоял на увольнении главноуправляющего землеустройством и земледелием А. С. Стишинского и обер-прокурора А. А. Ширинского-Шихматова, которые не принимали программу действий нового кабинета. В большинстве случаев премьер сам вел переговоры с будущими главами ведомств, предлагал их кандидатуры императору. Целенаправленная кадровая политика приносила свои плоды. 22 апреля 1909 года, после неутверждения Николаем II штатов Морского Генерального штаба (и, соответственно, после того как стали очевидны разногласия между царем и премьер-министром), весь состав правительства в знак солидарности со Столыпиным был готов подать в отставку (что, правда, не потребовалось).
Подобно кабинету Витте, столыпинское правительство обстоятельно готовилось к встрече со Второй Думой, разрабатывая пакет законопроектов и выступив с собственной программой реформ. Крайне критично относившийся к Столыпину государственный контролер П. Х. Шванебах так охарактеризовал эту работу: «Пошла спешная, лихорадочная реформаторская деятельность. Столыпин начертал себе какой-то календарь междудумья, в котором, вроде расписания экзаменов, распланировал чуть ли не по дням всю реформаторскую работу правительства. Канцеляриям были заданы уроки с таким расчетом, чтобы ко времени созыва Думы подоспел букет готовых реформ по всем отраслям управления».
Цитата из воспоминаний Шванебаха свидетельствует о том, что отношения в правительстве Столыпина были далеки от гармонии. Отнюдь не все министры назначались с учетом мнения премьера, а иногда это происходило вопреки его воле. В феврале 1909 года в Министерстве путей сообщения ходили небезосновательные слухи о том, что новый глава ведомства С. В. Рухлов назначен исключительно под давлением придворных сфер, сочувствовавших Союзу русского народа. Примерно тогда же, 5 февраля 1909 года, обер-прокурором Святейшего синода стал С. М. Лукьянов. Это произошло по инициативе его предшественника П. П. Извольского и без санкции премьер-министра. В 1911 году новым обер-прокурором был назначен В. К. Саблер – кандидатура, совершенно неприемлемая для Столыпина. Даже товарищ (заместитель) министра внутренних дел мог быть возведен в должность без одобрения его прямого начальства. В итоге Столыпину приходилось терпеть в качестве своего заместителя нелюбимого им П. Г. Курлова, который интриговал против премьера.
В таком правительстве не могло быть безусловной солидарности. В 1906–1907 годах государственный контролер П. Х. Шванебах открыто противостоял Столыпину. Особое положение в правительстве занимал министр финансов В. Н. Коковцов. Отчасти это объяснялось статусом «хранителя государственной казны», отчасти – характером Коковцова и заседаний Совета министров. Это были товарищеские беседы, происходившие на даче Столыпина или в Зимнем дворце, где жил премьер-министр. Председательствующий давал высказаться всем желающим, чем обычно злоупотреблял словоохотливый Коковцов. Большую часть заседаний занимали его бесконечные выступления. Они были умно составлены и не лишены изящества, однако поздний час (порой это происходило в три часа ночи) делал их нестерпимыми. Многих коробило и содержание выступлений. Согласно воспоминаниям Тимашева, «постоянное стремление Коковцова урезывать кредиты озабочивало и раздражало Петра Аркадьевича. Он прислушивался к сетованиям других министров на невозможность развивать деятельность при систематических возражениях финансового ведомства, и чувствовалось, что замена Коковцова другим, менее упорным министром, соответствовала бы его видам». И все же Коковцов не утрачивал влияния при решении сметных вопросов. Так, он регулярно добивался сокращения средств на содержание армии. В этом он находил поддержку прочих министров, рассчитывавших на увеличение сметы собственного ведомства. Но их надежды далеко не всегда оправдывались, не случайно Коковцов находился в натянутых отношениях едва ли не со всеми своими коллегами.
В столыпинском кабинете формировались коалиции министров, которые пытались совместно защищать интересы своих ведомств на заседаниях правительства. В сентябре 1909 года министр народного просвещения А. Н. Шварц отмечал «ясно выраженный, хотя по мне противоестественный» союз Коковцова с обер-прокурором Святейшего синода С. М. Лукьяновым. В мае 1908 года помощник военного министра А. А. Поливанов и товарищ морского министра И. Ф. Бострем заявили П. А. Столыпину об опасности формировании «блока» Коковцова, в который входили главноуправляющий землеустройством и земледелием А. В. Кривошеин и министр торговли и промышленности И. П. Шипов. В действительности эти опасения не оправдались: Коковцов находился в конфронтации как с Кривошеиным, так и с Шиповым. В то же время Кривошеин, Рухлов и государственный контролер П. А. Харитонов согласовывали свои действия, образуя своего рода неформальное объединение в правительстве.
В период премьерства Коковцова (9 сентября 1911 – 30 января 1914) проблемы лишь усугубились. Новое правительство охарактеризовал еще сам Столыпин в марте 1911 года, когда вопрос о его отставке казался решенным. Раздумывая о ближайших перспективах, Столыпин замечал: «Теперь два выхода: или реакционный кабинет, или бюрократический под знаменем продолжения прежней политики. По-видимому, избирается второй путь и будет назначен Коковцов».
Влияние Коковцова на министерские назначения было несопоставимым с тем, каким пользовался Столыпин. По сведениям Шварца, в 1912 году Н. А. Маклаков был назначен министром внутренних дел по предложению придворных дам, и прежде всего Е. А. Нарышкиной. В. А. Маклаков так характеризовал брата и обстоятельства его назначения: «Это обыкновенный карьерист, выдвинувшийся благодаря стоящим у трона старушкам, их прислужникам – гр. Игнатьевой, Мещерского и т. д.». Сам Коковцов полагал, что Маклаков был назначен с подачи влиятельного издателя газеты «Гражданин» князя В. П. Мещерского. При этом премьер не скрывал своего невысокого мнения о ближайшем сотруднике. «Ну блеска-то там что-то незаметно», – говорил Коковцов члену фракции кадетов М. В. Челнокову в январе 1913 года.
Коковцов чрезвычайно низко оценивал личные и деловые качества военного министра В. А. Сухомлинова: «Ведь это гусарский корнет, а в смысле военном легкомысленный человек». Сухомлинов отвечал ему взаимностью. Уезжая в отпуск, он наставлял своего помощника: «Чтобы вам ни предлагал Коковцов, не принимайте его предложения. Делайте наоборот». Осенью 1911 года председатель Совета министров безуспешно пытался убедить царя отставить Сухомлинова, которого уже тогда безосновательно подозревали в связях с австрийской разведкой. Премьер критически отзывался и о министре народного просвещения Л. А. Кассо, однако ничего с ним поделать не мог. «Положение министра народного просвещения крайне неблагоприятно, – писал Коковцов в ноябре 1911 года, – его критикуют и слева, и справа, и он дает, по правде сказать, много поводов для критики отсутствием знакомства со своим предметом. В большинстве случаев он упорно молчит, предоставляя другим разъяснять его же дела, и, таким образом, создается положение прямо-таки соблазнительное. Замена его другим лицом напрашивается, так сказать, сама собой, но произвести ее вовсе не так легко». По мнению Коковцова, сила Кассо – в поддержке «охранительной» печати. Статьи же правомонархистов в защиту его политики – серьезный аргумент для императора в пользу министра народного просвещения.
