Дрейк отпустил захваченные испанские корабли, перегрузив на свои суда все имеющееся на них продовольствие и другие нужные ему предметы. Один корабль он задержал у себя, дав его владельцу взамен «Бенедикт». Испанское же судно Дрейк переименовал, назвав его «Христофор», и оно продолжало с ним плавание.
21 января корабли Дрейка покинули мыс Бланко, взяв курс на острова Зеленого Мыса. 30 января Дрейк был уже у острова Майо (в группе островов Зеленого Мыса), а на следующий день — у острова Сантьягу, где захватил отличный испанский корабль, груженный вином, мешками с шерстяной и полотняной одеждой, шелком и бархатом. Но самым ценным было то, что среди экипажа испанского судна оказался опытнейший португальский штурман Нуньеш да Сильва, особенно хорошо знакомый с побережьем Бразилии. А туда-то и лежал теперь путь экспедиции Дрейка. Дрейк отпустил весь экипаж захваченного судна, но задержал да Сильву, который оставался с ним в течение пятнадцати месяцев плавания.
Да Сильва, небольшого роста, смуглый 60-летний человек, был очень наблюдателен и после освобождения его Дрейком, попав к инквизиторам Мексики, дал очень интересные показания как об экспедиции Дрейка, так и о нем самом.
Да Сильва нашел корабль Дрейка прекрасно приспособленным для длительного плавания, а самого Дрейка — опытнейшим мореходом. Он заметил, что Дрейк очень интересовался книгами по навигации, испытывал особое пристрастие к географическим картам. На каждом захваченном судне Дрейк прежде всего искал карты, компасы, астролябии и, как только их находил, сразу забирал. Он внимательно изучал книгу о плавании Магеллана, с которой не расставался. Двоюродный брат Дрейка Джон по его поручению постоянно делал зарисовки берегов тех гаваней, куда заходили корабли. Дрейк считал это очень полезным.
2 февраля Дрейк оставил острова Зеленого Мыса и направился к Бразилии. 19 февраля английские суда пересекли «линию раздела», как в то время называлась проведенная папой римским на карте линия, разделявшая испанские и португальские владения. 1 апреля показался бразильский берег. Этот длинный отрезок пути корабли шли безостановочно.
В течение всего этого длительного плавания, замечает Ф. Флетчер, мы не переставали удивляться и восхищаться «Господом великим, создавшим неисчислимое количество как маленьких, так и огромных тварей в необозримых морях». Мы установили, продолжает он, что великие философы древности, такие как Аристотель, Пифагор и многие другие, как греки, так и римляне, ошибались, считая тропическую зону не населенной вследствие невыносимой жары. Напротив, эта зона оказалась поистине раем как на суше, так и на море, с которым ничто сравниться не может. «Ничто не может быть более приятным для жизни человека, чем эта зона». Единственной неприятностью было то, что иногда не хватало пресной воды, но и то «Господь давал нам воду с небес»».
С удивлением смотрели англичане на невиданных морских животных и рыб, особенно поразили их летающие рыбы. Ф. Флетчер пишет, что если бы он сам не видел летающих рыб, то не поверил бы рассказам о них и назвал бы рассказчиков лжецами.
5 апреля корабли подошли к берегу у устья Ла-Платы. Люди Дрейка нуждались в отдыхе после долгого плавания. Но сойти на землю не удалось. Внезапно разразилась страшная буря. Стало темно. «Наступила тьма египетская», — замечает Флетчер. Корабли понесло к берегу, где оказались опасные отмели. И вот здесь на выручку пришел Нуньеш да Сильва. Ему экспедиция была обязана своим спасением. Он благополучно вывел корабли в море. Лишь один «Христофор» наскочил на мель, но скоро снялся и присоединился к остальной флотилии.
Да Сильва объяснил своим спутникам причину столь неожиданной бури вполне в духе времени. Берег, который они видели, рассказывал да Сильва, назван португальцами Землей Дьявола. Дело в том, что, когда португальцы, выгнав коренных жителей из их деревень, жестоко преследовали их, те, чтобы спастись, продали свои души дьяволу. И теперь, продолжал да Сильва, когда они видят какой-либо корабль у своих берегов, то начинают бросать в воздух песок, отчего внезапно поднимается густой туман, потом наступает такая тьма, что невозможно отличить небо от земли. Поднимается такой страшный ветер и дождь, что никто не может спастись. Так они погубили множество португальских судов, разбивавшихся у здешних берегов. Думая, что подошедшие корабли тоже принадлежат португальцам, они и на них наслали бурю.
Когда шторм кончился, все корабли, кроме «Христофора», оказались в сборе. Дрейк решил опять идти в устье Ла-Платы, где заранее был намечен сбор судов, если они потеряют друг друга при переходе через Атлантический океан.
Через два дня после прихода туда английских кораблей к ним присоединился и «Христофор». Дрейк поэтому назвал место их стоянки Мысом Радости. Затем около недели корабли Дрейка шли вверх по реке. Это было весьма приятное для экипажа путешествие. Матросы отдыхали, на кораблях пополнялись запасы пресной воды. 27 апреля Дрейк повернул назад и, выйдя в открытое море, направился на юг вдоль побережья. Потерялся «Лебедь», которым командовал Томас Доути. Огорчение Дрейка объяснялось тем, что он к тому времени начал серьезно подозревать Доути в намерении сорвать экспедицию. Дрейку нашептывали об этом еще в Англии, указывая на связь Доути с лордом Берли, к которому тот хотел даже поступить личным секретарем. А лорд Берли, как уже говорилось выше, продолжал оставаться сторонником «мягкой линии» в отношении Испании, и его пугала возможность обострения англо-испанских отношений в случае успеха плавания Дрейка.
Дрейк, однако, не обнаруживал своих подозрений. Более того, он проявлял к Доути очевидное расположение. Доути был назначен капитаном флагманского корабля «Пеликан». Когда был захвачен испанский корабль, на борту которого находился да Сильва, Доути был переведен на него, а еще спустя некоторое время назначен на «Лебедь». И вот теперь именно «Лебедь» исчез. Подозрения Дрейка в отношении Доути перешли в уверенность.
12 мая, подойдя к 47° ю.ш., Дрейк обнаружил гавань, которая ему понравилась как удобное место стоянки. Дрейк решил сам, взяв лодку с «Елизаветы», обследовать бухту. Но не успел он вернуться на борт корабля, как повторилось то, что англичане наблюдали в первые дни, подойдя к бразильскому берегу: неожиданно стемнело, и началась сильнейшая буря. Наутро Дрейк обнаружил исчезновение второго судна — «Златоцвета». Свою поредевшую флотилию Дрейк повел дальше на юг, к порту Святого Юлиана, где останавливался еще Магеллан. Через два дня корабли бросили якорь. Найдя место очень удобным для стоянки, Дрейк тем не менее решил направиться сначала на поиски пропавших кораблей. Капитану «Елизаветы» Винтеру он приказал идти на юг, а сам на «Пеликане» отправился на север и вскоре встретил «Лебедя». Когда «Пеликан» подошел вплотную к борту «Лебедя», Дрейк приказал перенести весь груз с него на свой корабль. Переведена была и команда, в том числе и Доути. Затем Дрейк распорядился уничтожить «Лебедь». После этого Дрейк приказал судить Доути. Судьями он назначил офицеров кораблей.
В число судей вошел друг Доути — Викари, который заявил, что подобный суд не правомочен решать вопрос о лишении Доути жизни. «Я и не поручал вам решать этот вопрос, — ответил Дрейк. — Оставьте его решение мне. Вы должны только определить, виновен он или нет».