Передав оборону отбитого участка регулярным частям, взвод заградотряда прибыл в Виртсу. Оперативная группа немедленно развернула работу, в результате чего были задержаны руководитель местной организации «Кайтселиит», два бывших члена этой организации, состоявших в созданном немецким командованием формировании «самозащиты», владелец местного ресторана, использовавшийся немцами как переводчик, а также провокатор, предавший фашистским властям двух агентов нашей погранохраны. Среди населения Виртсу было завербовано 6 осведомителей.
В этот же период была проведена операция по очистке от банд местечка Варбла и поселка Тыстамаа Пярновского уезда. Два взвода заградотряда, усиленные бронемашинами, совместно с истребительным батальоном с боем захватили указанные населенные пункты, разгромив штаб «самозащиты» и захватив станковый пулемет, 60 велосипедов, свыше 10 телефонных аппаратов, несколько охотничьих ружей и винтовок. Среди бандитов имелись убитые и раненые, захваченные в плен 4 бандита были расстреляны на месте. Наши потери — 1 убитый. В Таллине заградотрядом была вскрыта и ликвидирована контрреволюционная организация, занимавшаяся вербовкой местного населения в банды. При этом были изъяты оружие и взрывчатка.
Помимо борьбы с бандитизмом и дезертирством опергруппа заградотряда развернула работу по заброске нашей агентуры в немецкий тыл. Из заброшенных трех агентов возвратились двое. Проникнув в оккупированный город Пярну, они выяснили размещение немецких военных объектов. Используя эти сведения, авиация Балтийского флота бомбила объекты противника, результаты бомбежки оказались положительными. Кроме того, была собрана информация о местных прислужниках оккупантов из числа эстонских националистов».
Меры по наведению порядка и борьбе с изменниками и дезертирами принимались и на Северо-Западном фронте. Так, в спецсообщении № 131142 Особого отдела НКВД этого фронта от 24 июля в Военный совет Северо-Западного фронта приводятся сведения о действиях Особого отдела НКВД 8-й армии на территории Эстонии. В спецсообщении говорилось: «15 июля 1941 г. заградотрядом в районе расположения 320-го сп пойманы два шпиона из местного населения, которые сообщили противнику о расположении наших частей. Шпионы расстреляны на месте».
Генерал-майор в отставке В.А. Абызов, командир одного из пограничных отрядов, которые с отступлением в глубь страны были использованы для формирования частей охраны тыла армий Юго-Западного фронта, вспоминал: «Пограничные отряды — 92, 93, 94-й — после отхода с границы в июле 1941 года вышли на рубеж Житомир — Казатин — Михайловский хутор и были объединены в один сводный заградительный отряд. Сводный отряд по мере сосредоточения выдвигался на охрану тыла 5-й армии — 92-й погранотряд и 16-й мотострелковый полк НКВД и на охрану тыла 26-й армии — 94-й погранотряд и 6-й мотострелковый полк НКВД. Таким образом, на участке Казатин — Фастов выдвигались для несения заградительной службы вышеуказанные части. 93-й пограничный отряд, которым я продолжал одновременно командовать, оставался в Сквире и составлял резерв командира сводного отряда». Однако события развивались столь стремительно, что пограничники уже на следующий день были направлены на передовую с целью занятия обороны у станции Попельня, чтобы сдержать наступление 1-й танковой группы генерала Э. Клейста.
Генерал-лейтенант в отставке А.И. Матвеев, бывший заместитель начальника Главного управления военной контрразведки КГБ СССР, в начале августа 1941 г. был оперуполномоченным Особого отдела 253-й стрелковой дивизии. В районе Кривого Рога при отходе подразделений полка во время ночного марша отдельные красноармейцы стали отставать от походной колонны с целью дезертирства. «Что делать? Как приостановить этот опасный процесс? Опыта, конечно, никакого не было, — вспоминал А.И. Матвеев. — Надо было принимать решение самому. Обсудили обстановку с командиром полка… Решили срочно сформировать заградительный отряд. Для этого использовали взвод конных разведчиков, усилив его коммунистами и комсомольцами. Поставили задачу — задерживать всех отставших и обеспечить их передвижение отдельной группой. Оперативная задача была решена успешно, выявлены зачинщики и приняты необходимые меры».
Усиление группировок войск на важнейших операционных направлениях, частичное восполнение понесенных ими потерь, переброска соединений и частей на запад с Дальнего Востока и юга позволили активизировать оборону и провести ряд наступательных операций. В Заполярье советские войска во взаимодействии с Северным флотом отразили удары противника и сорвали его планы по овладению Мурманском и главной базой флота — Полярным. На северо-западном направлении в результате героических действий защитников Ленинграда и мер, принятых командованием Ленинградского фронта (генерал армии Г.К. Жуков), удалось к концу сентября стабилизировать фронт и вынудить войска группы армий «Север» перейти к обороне. На Правобережной Украине и в Молдавии войска Юго-Западного и Южного фронтов сумели на некоторое время задержать группу армий «Юг». Однако противнику удалось окружить 6-ю и 12-ю армии Юго-Западного фронта в районе Умани и вынудить войска юго-западного направления отойти за Днепр. К концу августа в результате принятых Ставкой мер и упорства советских войск оборона на Днепре стабилизировалась. При этом советские войска продолжали удерживать Киев. На южном крыле советско-германского фронта в связи с угрозой глубокого охвата советские войска вынуждены были отойти за Днепр, удерживая оставшуюся в тылу врага Одессу.
На западном стратегическом направлении события развивались следующим образом. В ходе Смоленского сражения (10 июля — 10 сентября) войска восстановленного за счет стратегических резервов Западного (маршал Советского Союза С.К. Тимошенко) и созданного Центрального (генерал-полковник Ф.И. Кузнецов) фронтов в ожесточенных оборонительных боях остановили группу армий «Центр» и вынудили ее перейти к обороне. Войска Резервного фронта (генерал армии Г.К. Жуков) провели 30 августа — 8 сентября Ельнинскую наступательную операцию, в ходе которой прорвали оборону врага и ликвидировали Ельнинский выступ.
В ходе боевых действий между Резервным и Центральным фронтами образовался разрыв, для прикрытия которого 16 августа 1941 г. был создан Брянский фронт под командованием генерал-лейтенанта А.И. Еременко. В начале сентября его войска по указанию Ставки нанесли фланговый удар с целью разгрома немецкой 2-й танковой группы, наступавшей на юг. Однако, сковав весьма незначительные силы противника, Брянский фронт не смог предотвратить выход вражеской группировки в тыл войскам Юго-Западного фронта. В этой связи генерал А.И. Еременко обратился в Ставку с просьбой разрешить создать заградительные отряды. «Ставка ознакомилась с Вашей докладной запиской и разрешает Вам создать заградительные отряды в тех дивизиях, которые зарекомендовали себя как неустойчивые, — говорилось в директиве № 00165 °Cтавки ВГК от 5 сентября. — Цель заградительных отрядов — не допускать самовольного отхода частей, а в случае бегства — остановить, применяя при необходимости оружие».
Эта директива положила начало новому этапу в создании и применении заградительных отрядов. Если до этого они формировались органами Третьего управления наркомата обороны, а затем Особыми отделами, то теперь решением Ставки было узаконено их создание непосредственно командованием войск действующей армии, пока только в масштабах одного фронта. Вскоре эта практика была распространена на всю действующую армию. 12 сентября 1941 г. Верховный Главнокомандующий И.В. Сталин и начальник Генштаба маршал Советского Союза Б.М. Шапошников подписали директиву № 001919, адресованную главнокомандующему войск Юго-Западного направления, командующим фронтами и армиями, командирам дивизий:
