Черняев был отозван.
Человек ответственных решений и волевой военачальник, генерал фон Кауфман сразу оценил обстановку. Примирительная политика не удалась, злая воля Бухары стала очевидной — эту злую волю надлежало сломить. В конце апреля 1868 года Кауфман с отрядом в 4000 штыков и шашек при 10 орудиях двинулся от Ташкента к Самарканду, на подступах к которому эмир собрал до 60 000 человек.
2 мая 1868 года пехота генерала Головачева по грудь в воде перешла Зеравшан на глазах неприятельских полчищ, ударила на них в штыки, овладела высотами Чапан-Ата и обратила бухарцев в бегство. Самарканд закрыл ворота бегущим и сдался русским. В бой пришлось идти сразу же по переходе реки. Солдаты набрали полные голенища воды, разуваться же и вытряхивать воду не было времени. Наши линейцы становились на руки, и товарищи трясли их за ноги. После этого сразу пошли в штыки на бухарцев. «Халатники» решили, что постигли секрет русской тактики, и месяц спустя при Зарабулаке, подойдя на ружейный выстрел, их первые ряды стали головой вниз, тогда как задние добросовестно стали трясти их за ноги. По совершении этого обряда в победе никто из них не сомневался.
Оставив здесь гарнизон, Кауфман двинулся дальше на юг с войсками Головачева и Романовского. 18 мая он опрокинул бухарцев при Катта-Кургане, а 2 июня доконал армию эмира в жесточайшем степном побоище на Зарабулакских высотах. Зарабулак — первая проба игольчатых винтовок Карле, жестокая бойня, в которой перебито до 10 000 бухарцев, густые массы которых наш огонь косил, как траву. Наши потери всего 63 человека. Всего в этом деле против 2000 русских действовало 35 000 войск эмира. Потрясенный эмир запросил аман. Бухара признала над собой протекторат России, уступила России Самарканд и все земли до Зарабулака.
В самый день решительной Зарабулакской битвы — 2 июня — в нашем тылу предательски восстал Самарканд. К восставшим присоединились полчища воинственных горцев-шахрисябцев, и 50 000 хищников атаковали цитадель, где засел геройский русский гарнизон (700 человек) майора Штемпеля. Шесть дней защиты Самарканда навсегда останутся блистательной страницей в летописях и традициях туркестанских войск. 7 июня вернувшийся из-под Зарабулака Кауфман выручил этих храбрецов и поступил с Самаркандом с примерной строгостью. Геройская стойкость гарнизона, отбившего яростные приступы 2 и 3 июня, повела к тому, что шахрисябцы, отчаявшись в успехе, уже 4-го числа ушли к себе в горы. Мы лишились 150 человек. Дальнейшие атаки самаркандцев отбивать стало легче. Кауфман в наказание (самаркандцы присягнули на подданство России и присягу эту нарушили) приказал сжечь город.
Одновременно с подчинением России Бухарского ханства вспыхнуло восстание дунган в китайском Туркестане. Анархия эта вызвала брожение в смежной части русского Семиречья, и дунганский султан стал вести себя вызывающе. В 1869 году генерал Колпаковский предпринял экспедицию в китайский Туркестан, а в 1871 году оккупировал Кульджу. Большую часть этой провинции Россия возвратила в 1874 году Китаю, после того как китайцы управились с восстанием.
В 1869 году произошло важное событие — Россия утвердилась на восточном берегу Каспийского моря. В Красноводском заливе высадился генерал Столетов с отрядом в 1000 человек войск Кавказской армии. Таким образом, через полтораста лет возобновлена была попытка Бековича проникнуть в Среднюю Азию от Каспия. Тут мы столкнулись с новым храбрым и жестоким врагом — туркменами, населявшими закаспийские степи и пустыни. Возведение нами в 1870 году Красноводска послужило для них поводом к неприязненным действиям. В 1871 году состоялась знаменитая рекогносцировка капитана Скобелева от Красноводска до Хивинского Сарыкамыша через пустыню Усть-Урт. Скобелев произвел маршрутную съемку Усть-Урта, пройдя 760 верст в 6 дней с охраной всего из шести джигитов. В 1874 году занятые нами на восточном берегу Каспия земли составили Закаспийский отдел, подчиненный Кавказскому военному округу.
Хивинский поход и покорение Коканда 1873–1876 годов
Одна лишь Хива до сих пор не изведала силы русского оружия. Считая себя защищенными пустыней, помня двукратную неудачу русских походов на их оазис, хивинцы не желали прекращать разбоев, грабежей и прибыльной работорговли. На все представления генерала Кауфмана хивинский хан либо не отвечал, либо отвечал дерзостями, считая, что «белые рубахи» до Хивы не дойдут.
Тогда в конце зимы 1873 года было решено предпринять на Хиву поход четырьмя отрядами с трех сторон: со стороны Туркестана — Кауфман с 6000 человек при 18 орудиях, со стороны Оренбурга — генерал Веревкин с 3500 человек при 8 орудиях и со стороны Каспийского моря два отряда — Мангышлакский полковника Ломакина с 3000 человек и 8 орудиями и Красноводский полковника Маркозова с 2000 человек и 10 орудиями — оба из войск Кавказского округа. По соединении всех отрядов у Хивы все эти силы, до сих пор в Туркестане неслыханные (до 15 000 бойцов при 44 орудиях), должны были поступить под команду Кауфмана.
Веревкин, которому надлежало идти по наиболее длинному маршруту, уже в половине февраля тронулся небольшими переходами с Эмбы на Аму-Дарью северокаспийскими степями. Туркестанский отряд (колонны Кауфмана и Головачева) выступил 13 марта. Закаспийский и Красноводский — в половине марта, а Мангышлакский — в половине апреля.
Туркестанскому отряду, выступившему из Джизака, пришлось вынести всю тяжесть континентального климата — сперва резкий холод, затем в апреле ужасный зной. С половины апреля пришлось идти по безводной пустыне, запасы воды вышли, люди стали умирать, и, когда отряд 21 апреля пришел в урочище Адам-Крылган (что значит «погибель человека»), гибель его казалась неизбежной. Случайно открытые колодцы спасли войска, и Кауфман непреклонно шел вперед. 12 мая он вышел на Аму-Дарью, дал войскам отдых и направился к Хиве.
Двум закаспийским отрядам приходилось преодолеть 700-верстную пустыню Усть-Урт с ее песчаными сыпучими барханами. Красноводскому отряду это оказалось не по силам, и он вынужден был вернуться, сослужив, однако, ту службу, что удержал своим движением наиболее воинственное из туркменских племен — текинцев.
Мангышлакский отряд (где начальником штаба был подполковник Скобелев) перешел Усть-Урт в пятидесятиградусный зной, имея частые стычки с хивинцами и туркменами, и 18 мая близ Мангыта соединился с Оренбургским отрядом генерала Веревкина. 20-го числа Веревкин и Ломакин имели здесь упорный бой с хивинцами, положив их до 3000, а 26-го подошли к Хиве, куда затем прибыл и Туркестанский отряд Кауфмана.
28 мая начался штурм города, и 29-го решительная атака Скобелева завершила дело. Вслед за Кокандом и Бухарой покорилась и Хива. Хивинский хан признал себя «покорным слугой» русского царя, освободил всех невольников в пределах своей страны и уступил России все земли на правом берегу Аму-Дарьи, где к вассальному отныне ханству был приставлен