Д. Зиновьев прибыл на Амур в августе 1653 года и встретился с Е. Хабаровым в устье реки Зеи. По оценке Г.И. Невельского, «его пребывание не порадовало казаков, потому что он главным образом приехал для того, чтобы восстановить порядок в этой вольнице и по возможности обратить их к земледелию. Последнее было особенно необходимо, чтобы заготовить продовольствие для войска, которое предполагалось сюда отправить. Казаки не были привычны к такому труду, они до тех пор ходили по Амуру только с целью наживы».
Д.И. Зиновьев пробыл на Амуре недолго. Возвращаясь в Москву, он взял с собой Е.П. Хабарова, а старшим начальником над казаками был оставлен Онуфрий Степанов.
Осенью 1654 года Е. Хабаров был удостоен боярского звания за успешное приведение народов Приамурья в российское подданство. На далекий Амур Ерофей Павлович больше не вернулся.
Русское правительство под впечатлением рассказов Е.П. Хабарова решило создать в Даурии воеводство. В связи с этим первый даурский воевода А.Ф. Пашков получил наказ узнать, «сколь далече от Богдойской земли до Никанского царства».
Но не успел еще новый воевода добраться до места своего назначения, как борьба в Даурии разгорелась с новой силой.
Оставшиеся в распоряжении О. Степанова русские силы насчитывали всего 500 казаков. Такими силами невозможно было не только противостоять цинским войскам, но и просто контролировать огромную территорию русского Приамурья. У казаков недоставало пороха и свинца. Но самое главное — заканчивался хлеб, и казаки начали голодать. Земледелие, процветавшее в бассейне Амура, быстро умирало. Причин тому было несколько. Во-первых, маньчжурские власти запретили местным народам выращивать хлеба. Во-вторых, местное трудоспособное население Приамурья уводилось маньчжурами, насильно мобилизовывалось в армию, в результате обрабатывать землю было некому. В-третьих, казаки своими набегами и грабежами вынуждали местное население скрывать имеющиеся запасы хлеба. Сами же казаки обратиться к земледелию не имели намерения.
Весной 1654 года Степанов в поисках продовольствия вынужден был пойти вверх по реке Сунгари. После трехдневного плавания казаки столкнулись с крупными морскими и сухопутными силами маньчжур. В ходе ожесточенного боя русские прорвали маньчжурскую линию обороны из речных судов, однако подверглись сильному огневому воздействию с берега из построенных заранее укреплений. Казаки вынуждены были вернуться на Амур.
Чем дальше, тем положение отряда О. Степанова становилось все более угрожающим. Неоднократно он обращался за помощью к якутскому воеводе, запрашивая помощь людьми, оружием и продовольствием, докладывая о том, что «на великой реке Амуре стоят драки сильные с богдойскими воинскими людьми».
Наиболее серьезным русско-маньчжурским военным столкновением стала оборона Кумарского острога, длившаяся с 13 марта по 4 апреля 1655 года.
Цинские войска насчитывали 10 тысяч человек с 15 пушками. В донесении Степанова говорилось: «И щиты у них были на арбах, а те арбы были на колесах, и щиты деревянные, кожами поволочены, и войлоки были, а на тех арбах были лестницы, а по конец лестниц колеса, а в другом конце гвозди железные и палки, и на тех арбах привязаны были дрова, и смолье, и солома для зажегу, и у них острог копейчатой был же; да у них же, богдойских людей, у всякого щита были багры железные и всякие приступные мудрости».
Длительная осада, постоянные обстрелы острога и даже попытки взять его приступом ничего не дали маньчжурам. Понеся большие потери, противник обратился в бегство. В качестве трофеев русскими было взято 2 пушки, 800 ядер и более 30 пудов пороха.
Однако, несмотря на победу под Кумарским острогом, положение казаков становилось все более критическим: «Ноне все в войске оголодали и оскудали, питаемся травою и кореньем и ожидаем государева указу. А сойти с великия реки без государева указу не смеем никуда. А богдойские воинские люди под нами стоят близко, и нам против их, богдойских людей, стоять и дратца стало нечем, пороху и свинцу нет нисколько».
Пытаясь максимально изолировать и ослабить русские войска, маньчжуры полностью разорили селения местных народов: «И дючерских людей вверху Шингалы (Сунгари) нигде не объявилося до Малзинского улуса и выше, и севов нет нигде, и юрты. Улусы все выжжены и разорены, а государева ясаку взяти стало не с кого. И хлебных запасов ныне на усть Шингалы на великой реке Амуру в войске нет, с служилыми людьми и амурскими охочими казаками стали все голодны и холодны и всем оскудали, хлебных запасов в войске не стало нисколько, и свинцу и пороху нет, все издержали».
Трудным выдался для казаков в Приамурье 1657 год. Собирая ясак, Степанов пошел вверх по Амуру, однако берега великой реки были пустынны: местное население было переселено маньчжурами на юг, а все их селения выжжены и разорены. Г. Невельской дал свою оценку событиям тех лет: «По призыву китайского богдохана все жители с Амура переселились внутрь Маньчжурии; казакам, чтобы не умереть с голоду, пришлось трудиться самим. Степанов был в величайшем затруднении: казаки, не привыкшие ни к дисциплине, ни к труду, начали производить набеги на маньчжуров и грабить их. Повелений из Москвы — жить мирно с туземцами и маньчжурами и отнюдь не производить набегов и грабительства — казаки и вольница не слушали: на Амуре была полная анархия».
Летом следующего 1658 года О. Степанов с крупным отрядом казаков численностью около 500 человек решил пойти в глубь маньчжурских земель из Амура вверх по Сунгари прежде всего для того, чтобы раздобыть продовольствие. Однако в самом устье Сунгари он встретился с большими маньчжурскими силами. Жестокий и неравный бой русского отряда на нескольких речных судах с маньчжурами окончился трагически: «богдойские люди в 47 бусах (речных судах) с вогняным боем, с пушками и с пищальми, и Онофрейко с служилыми людьми с судов збили на берег, а иных и на судах побили. И на том бою ево, Онофрейка, убили, и служилых людей 220 человек побили».
По описанию Г. Невельского, 270 казаков вместе со Степановым были убиты, остальные бежали под ударами цинских войск. Некоторые из оставшихся в живых добрались до Якутска, а 17 человек уже в 1661 году явились с этим известием в Нерчинск к воеводе Пашкову.
С поражением отряда О. Степанова русское влияние в Приамурье, основанное на военном могуществе, ослабло. Однако походы небольших отрядов казаков в бассейн великой реки, главным образом для сбора ясака, продолжались. Продолжалось строительство острогов и поселков на берегах многочисленных рек, осваивались земельные угодья. Постепенно шло заселение края. К 80-м гг. XVII века владения России на Дальнем Востоке включали уже весь Приамурский край, бассейн реки Уссури и часть бассейна реки Сунгари. Российское военное и политическое присутствие в регионе обеспечивалось 8 острогами и несколькими деревнями и слободами, населенными русскими.
Таким образом, начиная с 50-х гг. XVII века отношения между Цинским Китаем и Россией, хотя еще и не оформленные дипломатически, приобретают все более конфронтационный характер. Фактически именно в этот период произошло зарождение военно-политических отношений между Россией и Цинским Китаем. Стороны вошли в непосредственное соприкосновение в бассейне реки Амур по мере распространения своего политического и военного влияния на этот регион. Произошло неизбежное столкновение интересов двух держав, которое приняло в тот период форму мелких стычек и сражений между казаками и маньчжурскими отрядами.
