Тридцатого апреля в 8 часов 40 минут поезд прибыл в Екатеринбург — один из самых антимонархически настроенных центров Сибири и Урала. Для проживания царской семьи там срочно подготовили дом Ипатьева. Особняк обнесли высоким деревянным забором. Уральский историк И. Ф. Плотников полагает, что сама «срочность» подготовки дома Ипатьева к приему пленников говорит о многом. «Не значит ли это, — пишет ученый в книге «Правда истории: Гибель Царской Семьи», — что был расчет на то, что Семья по дороге обязательно „погибнет“, и подготовка к ее приему была вовсе ни к чему до предотвращения готовившегося акта убийства, широкой огласки этого по Уралу и Сибири и требования „гарантий“? Да, Мячин из-за очевидного недопонимания подлинной задачи (при реализации которой он мог оказаться и „козлом отпущения“) стремился доставить семью именно живой и спутал кое-кому карты». Возвращаться в Тобольск и перевозить цесаревича и великих княжон в Екатеринбург он не стал. В мае операцию провели силами ВЧК и уральцев.
Вместе с цесаревичем и великими княжнами в Екатеринбург приехали 27 человек из окружения и прислуги. Но в Дом особого назначения допустили не всех. Некоторых арестовали и впоследствии расстреляли, некоторым даровали свободу. «Я и сейчас не могу понять, чем руководствовались большевистские комиссары при выборе, который спас нашу жизнь, — вспоминал воспитатель цесаревича П. Жильяр, не допущенный в Дом особого назначения. — Зачем было, например, заключать в тюрьму графиню Гендрикову и в то же время оставлять на свободе баронессу Буксгевден, такую же фрейлину Государыни? Почему их, а не нас? Произошла ли путаница в именах и должностях? Неизвестно». Получилось так, как получилось. Придворные и слуги последнего самодержца оказались, как и он сам, заложниками гражданской войны.
В сложившихся условиях и монархическая Германия не пришла на помощь царским узникам. Конкретное решение о судьбе «немецких принцесс» (Александры Федоровны и ее дочерей) немцы не могли принять, понимая важность сохранения Брестского мира с Советской Россией, с одной стороны, и, с другой, — учитывая запутанность политической обстановки в самом русском монархическом лагере. Но в истории действуют не только «объективные законы», есть и пресловутый «человеческий фактор». Исходя из этого можно сказать, что, по большому счету, кайзер Вильгельм II принес в жертву государственным интересам (достаточно узко понимаемым) своих лишенных власти родственников. Жертва оказалась напрасной: ноябрьская революция 1918 года навсегда покончила с династией Гогенцоллернов, а Вильгельм II вынужден был бежать из собственной страны. Предсказания Дурново оправдались и здесь! Гибель Российской империи повлекла за собой и гибель Германской империи. Война, ради победы в которой кайзер был готов на все, завершилась поражением. Увы, Николай II не узнал об этом. Его жизнь оборвалась на четыре месяца раньше…
Итак, начиная с весны 1918 года судьба Романовых полностью зависела от воли большевиков, — как руководивших страной из Кремля, так и уральских. Ненависть последних к династии была хорошо известна и проявилась уже в день приезда царя в Екатеринбург. На станции Екатеринбург-1 скопилась толпа, выкрикивавшая требования вывести царя на обозрение. Стоявшая на платформе охрана не могла сдерживать ее натиск. Яковлев приказал приготовить пулеметы — это подействовало отрезвляюще. Народ отпрянул, проклиная уже самого Яковлева. Но время было выиграно: длинный товарный состав отделил кричащих от царского поезда. Через несколько минут поезд остановился у безопасной станции Екатеринбурга. «Стояли целую вечность и вместе с поездом двигались то назад, то вперед, пока наши 2 ком[иссара] Яковлев и Гузаков вели с Совд[епом] переговоры о здешних обстоятельствах, — записала в тот день в дневнике Александра Федоровна. — В 3 [часа] приказали выбираться из поезда. Яковл[еву] пришлось передать нас Ур[альскому] Областн[ому] Совету. Их начальник посадил нас 3-х в открытый автомобиль, нас сопровождал грузовик с вооруженными до зубов солдатами. Ехали по окольным улицам, пока не приехали к небольшому домику, вокруг которого был сооружен высокий деревянный забор. Здесь новая охрана, и офицер, и другие гражданские лица просмотрели весь наш багаж». Сопровождавшие пленников восемь солдат отряда особого назначения в тот же день были разоружены и посажены в тюрьму, откуда, правда, благодаря заступничеству Яковлева через два дня были выпущены. С того времени ответственность за жизнь Романовых взяли на себя уральцы. Председатель исполкома Уралоблсовета А. Г. Белобородов и был тем начальником, о котором написала Александра Федоровна. Вскоре он станет одним из главных организаторов убийства семьи и многие годы спустя будет гордиться этой страницей собственной биографии. Но закончит он плохо — в 1938 году его расстреляют в подвале НКВД. А в 1950-е годы реабилитируют — посмертно.
Как жила семья последнего самодержца в последние несколько месяцев? Как и в Тобольске, только хуже. Караул размещался в нижнем, полуподвальном этаже дома, семья и слуги — наверху. В одной комнате разместились Николай II и Александра Федоровна, общую, примыкавшую к ней, заняли великие княжны, а отдельную выделили наследнику. Слуги разместились на кухне и в соседней с ней проходной комнате. Комнатная девушка А. Демидова ночевала в столовой. Позднее, когда наследник стал жить в общей с матерью и отцом комнате, перебралась в его комнату. Доктор Боткин спал в зале-гостиной. Стесненность была не главной проблемой екатеринбургского житья царской семьи и их верных людей. Не стоит акцентировать внимание и на вопросе о питании, хотя оно, несомненно, ухудшилось. Важнее было другое: режим содержания узников в целом ужесточился: были введены крайние ограничения на прогулки, запрет открывать окна в знойное время суток, никак не пресекались хамство и хулиганство охранников по отношению к великим княжнам, процветало и не наказывалось воровство. Если в Тобольске отряд особого назначения состоял из солдат, прошедших войну, дисциплинированных и в большинстве своем честных, то в Екатеринбурге новая охрана заставляла желать много лучшего.
Царская семья коротала время за чтением, игрой в карты и беседами. Иногда в дом приглашали священников и служили обедню. «Несносно сидеть так взаперти и не быть в состоянии выйти в сад, когда хочется, и провести хороший вечер на воздухе! Тюремный режим!!» — записал однажды царь в дневнике.
Режим был действительно тюремным. Весной 1918 года он применялся уже ко всем членам бывшего Императорского дома, не исключая и тех, кто никакой политической роли в жизни страны не играл. Большевики стремились уничтожить Романовых не только «идеологически», но и физически. Окончательно это стало ясно после убийства брата царя, великого князя Михаила Александровича. Он открыл романовский мартиролог. Цареубийство, совершенное в подвале Ипатьевского дома, было предварено драмой в Перми.
Первый раз Михаила Александровича лишило свободы Временное правительство — в конце августа 1917 года. Вместе с ним под домашним арестом оказалась его супруга графиня Н. С. Брасова. Аналогичным образом поступили и с семьей великого князя Павла Александровича — княгиней Палей и их сыном Владимиром. Сообщая об аресте Михаила Александровича, великий князь Сергей Михайлович писал брату, что по распоряжению Керенского в Гатчину, где жил тогда брат последнего самодержца, явился лейб-гвардии Стрелковый полк. «Можно предположить, — писал Сергей Михайлович, — что после ареста кое-каких контрреволюционных организаций открыт был заговор без участия самого Миши, клонившийся к его воцарению. По-моему, арест это неосторожный шаг правительства. Могли арестовать контрреволюционные организации, но его не надо было трогать». Неосторожность была вскоре исправлена, и великого князя освободили. Но сам факт ареста показывал, куда качнулся исторический маятник. «Левые» настроения брали верх, борьба с «контрреволюцией» становилась самоцелью, даже когда за этим странным словом ничего не стояло.